Печать, дарованная князю Чакна Дордже, с оттиском
Чогьел Пхагпа как государственный наставник был назначен главой комиссии. Высшие комиссары осуществляли контроль за повседневными делами, а другие должностные лица, такие как субпрефекты, вице-комиссары и помощники комиссаров, находились у них в подчинении. Обычно в комиссии Сюаньчжэн-Юань было два высших комиссара, но иногда количество этих должностей сокращали до одной или увеличивали до десяти. В главе «Биографии выдающихся буддистов» в книге «История династии Юань» отмечено: «Второй верховный комиссар Сюаньчжэн-Юань должен был быть монахом, рекомендованным императорским наставником». А судя по главе «Биографии чиновников», «чиновники в комиссию Сюаньчжэн-Юань выбирались из монахов, военных офицеров или мирян». Эти сведения говорят о том, что Комиссия по буддизму и Тибету Сюаньчжэн-Юань имела право назначать чиновников.
Самым известным тибетским верховным комиссаром был Сангха, который также занимал пост премьер-министра при дворе Хубилай-хана. Верховные комиссары назначались непосредственно императорами Юань. То есть администрация Чогьела Пхагпы в Тибете была частью центральной административной системы при династии Юань. Статус Чогьела Пхагпы как главы Тибета и лидера тибетского буддизма указывал на намерение установить местную теократию. Высшие должностные лица в тибетских населенных пунктах назначались императорскими наставниками или комиссией Сюаньчжэн-Юань, а затем их назначение заверяли императоры Юань – золотой, серебряной или нефритовой печатью. Согласно историческим документам, тибетская знать и буддийские монахи были в основном рекомендованы императорскими наставниками, в то время как верховный комиссар по общественному порядку, маршал и офицер Дарукай назначались комиссией Сюаньчжэн-Юань. Комиссия Сюаньчжэн-Юань также отвечала за исполнение законов в Тибете. Ее инспекторы выезжали на места для проверки регистрации местных домашних хозяйств, разрешения споров между поселениями и ревизии судебных дел. Кроме того, комиссия сотрудничала с Тайным советом по военным операциям в районах, населенных тибетцами.
Печать Тайного совета с оттиском по системе письменности Пхагпы
Вернувшись в Тибет в 1265 году, Чогьел Пхагпа назначил местных политических и религиозных лидеров – тысячников (хилиархов) или десятитысячников (мириархов) в зависимости от размера их юрисдикции. Все они придерживались школы тибетского буддизма Сакья, одобренной династией Юань. В 1269 году Чогьел Пхагпа представил Хубилай-хану новую версию монгольской письменности и был назначен императорским наставником. В большинстве случаев эту должность занимали члены семьи Кхон Сакья, и лишь изредка она доставалась выдающимся монахам школы Сакья.
Лицевая (справа) и тыльная (слева) сторона бумажных денег династии Юань
Начиная с Чогьела Пхагпы, лидеры школы Сакья становились императорскими наставниками. Когда императорский наставник находился в Пекине, местные дела от его имени контролировал Сакья Тридзин, настоятель монастыря Сакья. У него были помощники: чиновник, должность которого называлась Сакья Пончен, занимался решением административных вопросов, а чиновник в должности Лончен осуществлял управление десятью тысячами домохозяйств, находящихся под прямой юрисдикцией Сакья. Чогьел Пхагпа создал монгольскую гвардию, подобную императорской гвардии Хешиг, и это начинание поддержали многие местные лидеры. Некоторые тысячники и десятитысячники даже получили возможность предстать перед императорами Юань и получили награды. Тибетские исторические документы свидетельствуют о том, что Тибет состоял из тринадцати мириархий в династии Юань. Это лишь приблизительное количество. Фактическое число поселений различалось в зависимости от отношений между мириархами и режимом Сакья.
Приблизительно в 1280 году в тибетской провинции У-Цанг династия Юань основала Управление верховного комиссара по общественному порядку. После подавления восстания Дрикунг Кагью против Сакьяпы в 1292 году Хубилай-хан по предложению комиссии Сюаньчжэн-Юань объединил региональные управления маршалов в У-Цанге и Нгари в единое Управление верховного комиссара по умиротворению. Глав поселений, тысячников и десятитысячников выбирали из числа местных вождей. Другими руководителями, согласно «Биографиям чиновников» в «Истории династии Юань», были пять высших комиссаров по общественному порядку, два субпрефекта, один вице-комиссар, один административный чиновник, один командир гарнизона и один следователь по раскрытию краж. Были также два маршала Нгари, два маршала монгольской армии в У-Цанге, начальник транспорта в У-Цанге, начальник почты и инспектор. Их основными обязанностями были передача приказов Центрального правительства, управление курьерскими станциями и юаньскими войсками в Тибете.