Тем не менее до начала Великой Отечественной войны «довести до ума» новосозданные летные училища не удалось: учебные помещения и аэродромы во всех вновь созданных вузах не были оборудованы в полной мере, размещение личного состава не обустроено. Имел место некомплект инструкторов и преподавателей, в летных училищах хотя и насчитывалось более трех тысяч самолетов, однако абсолютное их большинство было представлено безнадежно устаревшими типами и сильно изношено. Новая техника направлялась в строевые части на их перевооружение, а старые самолеты, часть которых должны были пойти в учебные заведения, еще не были списаны.
Интенсивное развертывание сети новых учебных заведений ВВС потребовало изменения и порядка их комплектования переменным составом. Хотя по-прежнему интенсивно работал Осовиахим (только в 1938—1940 гг. аэроклубы страны направили в авиационные учебные заведения более 24 тыс. человек), однако этого было явно недостаточно. Поэтому начиная с декабря 1940 года авиационные училища, школы летчиков и пилотов стали комплектоваться за счет лиц, призывавшихся в армию, которые направлялись в одну из 20 специализированных школ (спецшкол) ВВС, созданных в системе наркоматов просвещения РСФСР и УССР на основе Постановления СНК СССР от 6 ноября 1940 года. В эти школы военизированного типа по направлению военкоматов набирались юноши с семилетним образованием, имевшие хорошие и отличные оценки. В спецшколе за три года они получали полное среднее образование и начальную военную подготовку с летной практикой, что позволяло им впоследствии успешно осваивать программы училищ и школ ВВС. Спецшколы ежегодно направляли в вузы ВВС не менее 1600 человек в качестве абитуриентов, в том числе 75— 80% — в школы первоначального обучения.
Одновременно в соответствии с Постановлением СНК СССР от 5 ноября 1940 года в 47 учебных авиационных эскадрильях ГВФ была организована первичная подготовка пилотов на самолетах У-2. К 1 октября 1941 года в этих эскадрильях прошли обучение 9910 человек, из которых 7756 были направлены в летные школы ВВС.
Новая система потребовала изменения учебных планов и программ обучения. В 1941 году они были разработаны для всех новых типов вузов ВВС. Непосредственно перед войной, в апреле 1941 года, был утвержден новый курс учебно-летной подготовки. По указанию ЦК ВКП(б) Главное управление ВВС разработало сокращенные программы подготовки летных кадров на военное время —10- и 6-месячные.
Таким образом, следует отметить, что система военно-авиационного образования до войны перетряхивалась достаточно много, что не позволило окончательно сформировать систему подготовки летчиков-истребителей, наладить ее ритмичную работу. Одновременно этим же можно объяснить и достаточно низкие профессиональные навыки летчиков-истребителей, подготовленных перед войной.
Таким образом, новые летчики, не знавшие новых самолетов и плохо знакомые с тактикой истребительной авиации, лишь разбавили собой в значительной степени опытный летный состав, имевший боевой опыт, который, вместо того чтобы заниматься собственным совершенствованием, вводил их в строй и заново сколачивал подразделения.
Так, например, к лету 1941 года среднемесячный налет летчиков Прибалтийского ВО составил 5 часов 10 мин, Западного — 3 часа, Киевского — 1 час 20 мин. Из-за недостатка летной практики в авиационных катастрофах только приграничных округов за три месяца 1941 года произошли 71 катастрофа и 156 аварий.
Не стоит забывать и о том, что в период стремительного роста численности и технического перевооружения ВВС, создания новых частей и соединений, увеличения числа командных должностей ежемесячно получали новые назначения сотни офицеров. Нередко, едва приступив к работе в новой должности, они вновь перебрасывались к следующему месту службы. Не стоит сбрасывать со счетов и репрессии 1937—1939 гг., когда были арестованы и расстреляны сотни командиров разного ранга. Все это отрицательно сказывалось на уровне дисциплины и боевой выучке войск.
В результате к началу Великой Отечественной войны среди генералов и офицеров, занимавших должности командующих ВВС округов, только 28,5% имели высшее военное образование, должности командиров истребительных авиационных дивизий и бригад лишь на 9% были укомплектованы выпускниками академий. Около 37% летчиков, занимавших командные должности в ВВС, не прошли полного курса обучения даже в средних военно-учебных заведениях. Мало того, свыше 90% командиров истребительных авиационных дивизий исполняли свои обязанности не более полугода!