Университеты неоднократно пользовались этой привилегией. Так, однажды Болонский университет покинул город на целых десять лет. Это было воспринято как большое несчастье, и когда университет, наконец, вернулся и возобновил занятия, в честь этого радостного события была воздвигнута церковь Марии Мироносицы.
Университетам покровительствовали многие императоры и папы римские. Так, Фридрих Барбаросca выдал Болонскому университету хартию, согласно которой под его покровительством находился всякий, кто «предпринимает путешествия ради научных знаний».
Университетскими привилегиями пользовались и учащиеся, и преподаватели, и те, кто обслуживал учебный процесс, — книготорговцы, продавцы пергамена, переписчики книг, аптекари, содержатели бань, посыльные, трактирщики. Все они имели льготы при найме помещений, освобождались от воинской повинности, дорожных пошлин, обязанности нести в городе караульную службу.
Университеты имели четкую организационную структуру и делились на факультеты. Термин «факультет» образован от латинского слова «способность» и первоначально означал объединение ученых, способных к преподаванию, то есть преподавателей. Но затем факультетами стали называть отдельные отрасли знаний. Парижский университет имел четыре факультета: богословский, юридический, медицинский и философский, о которых говорили, что они «подобны четырем рекам рая». Преподаватели университета должны были иметь ученые степени доктора или магистра, из своей среды они избирали себе главу — декана.
«Студент» по-латыни означает «занимающийся». В университет поступали юноши четырнадцати-пятнадцати лет и начинали свое обучение с философского факультета, который также называли артистическим (от «артес» — искусство). На нем изучали семь «свободных искусств»: грамматику, риторику, диалектику, логику, арифметику, геометрию и музыку. Артистический факультет считался подготовительным, дающим основы наук, не окончив его, нельзя было двигаться дальше. Окончивший этот факультет получал низшую ученую степень бакалавра. Бакалавр имел право преподавать и одновременно мог продолжать свое образование на одном из высших факультетов. Курс обучения на артистическом, медицинском и юридическом факультетах занимал по пять-шесть лет, на богословском — целых пятнадцать. По окончании высшего факультета давалось звание доктора или магистра.
Яркой особенностью всех европейских университетов, определяющей их быт и нравы, была многонациональность студенчества. Студенты из одних и тех же мест составляли землячества, землячества объединялись в провинции, провинции — в нации. Однако понятие нации было достаточно широким и включало в себя представителей многих народов. Так, студенты Парижского университета делились на четыре нации: галльскую, в состав которой входили французы, испанцы, итальянцы и жители Востока; английскую, включавшую в себя англичан, шотландцев и немцев, пикардийскую и нормандскую. Каждая нация избирала своего главу — прокуратора, а все нации сообща — ректора, который был главой всего университета. Прокураторы следили за порядком — посещением занятий, своевременностью оплаты, поведением студентов. Ректор надзирал за прокураторами.
При университетах создавались коллегии — общежития, содержавшиеся на пожертвования благотворителей.
Учебный год продолжался с 19 октября по 7 сентября. Осенью, на Пасху и летом в самое жаркое время года в занятиях устраивались перерывы. Это время совпадало с появлением в небе созвездия Малого Пса, отсюда появилось слово «каникулы» — «маленькая собака».
Занятия в европейских университетах велись на латинском языке, и даже между собой студенты должны были говорить по-латыни.
Основным видом занятий были лекции, в основу которых были положены сочинения наиболее авторитетных авторов: на артистическом факультете — сочинения Аристотеля, на медицинском — Гиппократа и Авиценны, на юридическом — сборники декретов болонского юриста XII века Грациана. Средневековая наука была схоластической, то есть опиралась на авторитет столпов той или иной области знаний, который считался непререкаемым. Студенты следили за объяснениями преподавателя по книгам. Как правило, книга была одна на трех — пятерых человек. Часто студенты сами переписывали книги, образец для переписывания можно было за небольшую плату взять на дом. Многие преподаватели составляли учебные сборники — конспекты.
Кроме лекций важной формой обучения были диспуты — отыскание наиболее искусных доказательств тезиса какого-нибудь знаменитого автора. Такие диспуты требовали хорошего знания материала, помогали совершенствовать умение логически мыслить и четко выражать свою мысль. Доказательство велось в основном при помощи цитат. Причем нередко страсти во время диспута накалялись настолько, что дело доходило до драки. Во избежание кровопролития между участниками диспутов стали строить деревянные барьеры и в университетский устав было внесено правило, запрещающее называть оппонента бранными словами. Обычно для диспута задавалась определенная тема. Но раз в четыре года устраивался диспут «о чем угодно». Диспутант брался доказать или опровергнуть любой тезис, причем мог сам выступать и за и против.