„Един голям, ленив и мълчалив народ съзерцаваше със смесица от любов и омраза този баща на голямото руско семейство, този жив закон, този Божи наместник на земята, чиито престъпления дори се приемаха като наказание, изпратено от Бога на неговия народ и чиято жестокост трябваше да се търпи, защото тя създаваше мъченици и им разтваряше вратите към небето.“
Иван е загрижен за нравствеността на своя народ, но не престава да мисли и за нравствеността на своята Църква. За да укрепи православната вяра срещу урагана на Реформацията, който разтърсва Западна Европа, той свиква два Събора през 1547 и 1549 г. Тези два Събора канонизират трийсет и девет забележителни руски личности, които се прибавят към вече съществуващите двадесет и двама светци. Насърчено от това подкрепление от ореоли, духовенството има основание да се смята защитено от всякаква критика. Но две години по-късно, на 23 февруари 1551 г., Иван свиква трети Църковен събор. Духовниците, водени от митрополит Макарий са приети в Кремъл от царя и от Съвета на болярите в пълния му състав. Те си въобразяват, че са ги повикали да благословят новия Царски Съдебник. И наистина тази формалност бързо е извършена. Тогава, обръщайки се към митрополита, деветимата епископи, архимандритите и игумените, Иван им припомня с патетични думи злочестините на своето детство и нещастията на страната си. Пожарът в Москва, казва той, го е направил в друг човек:
„В този момент душата ми се изпълни с ужас, тялото ми се разтрепери, а духът ми се смекчи и нежност изпълни сърцето ми. Сега, когато мразя порока толкова, колкото обичам добродетелта, разчитам на вашето усърдие, за да получа напътствия. О, вие християнски пастири, свещени водачи на князете, достойни представители на Църквата, не ме щадете, когато греша; смело порицавайте моите слабости, нека чрез вас гърми Божието слово, та да се запази чиста душата ми.“
Естествено никой от духовниците няма намерение да го упрекне, в каквото и да е. Мислейки, че церемонията е завършена, те вече искат да се оттеглят, но Иван ги задържа. И за тяхна голяма изненада, им връчва документ за реформите, които смята да извърши, за да оздрави работата на Църквата. С помощта на Силвестър и Адашев той е съставил въпросник и предложения, събрани в Стоглав или Сборник от сто глави, несъмнено по подобие на Сто и едно искания на Диетата във Вормс. Точка по точка Стоглавът говори за собствеността на манастирите, лошото поведение на монасите и поповете, скандалната търговия с реликви и грешките на преписваните при възпроизвеждането на Свещените книги. Някои от тези обвинения са толкова остри, че оскърбяват събранието. „Има монаси и попове, които се подстригват, за да си живеят весело и да се разхождат из селата за лично удоволствие…“ (Седми въпрос). „Във всички манастири игумените и монасите пиянстват, поповете от обикновените църкви пият до несвяст. В името на Бога, обсъдете зряло тези безобразия…“ (Седемнайсети въпрос). „Защо вече не се спазва забраната овдовелите попове и дякони да бъдат прикрепени към някоя църква?…“ (Осемнайсети въпрос).
След настъпилото изумление духовниците реагират и обещават, че за в бъдеще нравите на духовниците ще бъдат контролирани, а злоупотребите строго наказвани. Но други сериозни въпроси са повдигнати и решени от теоретиците на вярата. Съборът нарежда всеки православен християнин да се кръсти с трите пръста на дясната си ръка (палеца, показалеца и средния пръст), символ на Светата Троица, и тези пръсти да бъдат поставяни първо на челото, после на гърдите, след това на дясното рамо и накрая на лявото рамо. Който не прави така „бяга от Христовия кръст и се отдава на дявола“. Той ще бъде прокълнат завинаги. Прокълнат ще бъде и този, който танцува на гробищата в съботата на Светата Троица, който подскача и се весели през нощта на Свети Йоан, на Бъдни вечер и на Благовещение, който се провиква три пъти „Алилуя“ като в латинската ерес, докато един истински православен християнин трябва да го изрече два пъти и да прибави: „Слава тебе, Господи!“, този, който имитира неприличните жестове на смешниците, и се предава на содомия. Влизането в църква е забранено за хомосексуалистите. В този документ може да се прочете, че „нито развратниците, нито прелюбодейците, нито хората с женствени маниери, нито тези, които практикуват педерастия, скотоложство, онанизъм, нито покварените, нито крадците, нито магьосниците, нито пияниците ще да наследят Божието Царство. Те са изключени от Църквата докато оздравеят“. Домострой вече е препоръчал благоприличие във веселието. Стоглавът отива още по-далеч: той осъжда на адски мъки онези, които свирят на гъдулка, на гусла, на дайре, на тръба, хората, които танцуват, скачат и пляскат с ръце на публичните сборища, тези, които харесват компанията на опитомените мечки, кучета и птици, всички, които играят на зарове, шах, табла, тези, които се осмеляват да си отрежат брадата, мустаците и да носят чуждоземни дрехи. „Свещените правила забраняват на православните християни да си бръснат брадите и мустаците, решава съборът в отговор на въпрос, поставен от царя. Това е латинска ерес… Този обичай е бил въведен от императора еретик Константин Кабалинос[5]; всички знаят, че той наредил на служителите си еретици да отрежат брадите си. Следователно вие, които подобно на тях, нарушите закона, за да задоволите прищевките си, ще си навлечете омразата на Бог, който ви е сътворил по свое подобие.“ Иконописците понякога са склонни да пият и да крадат. Заповядва се занапред тези художници да бъдат „изпълнени със смирение, благост и набожност“ и да спазват правилата за изобразяване на небесните сили, на светците и светиците. Те трябва да се подготвят за работата си чрез пост и молитва, да се подчиняват на древните графични предписания, да разреждат боите си със светена вода и по този начин да станат не горди от творбите си творци, а скромни и анонимни изпълнители на волята на Всемогъщия. От друга страна, тъй като преписваните правят много грешки при възпроизвеждането на светите текстове, е решено да се преустанови ръчното преписване на литургичните книги и да се основе в Москва печатница, за отпечатването на тези книги според най-правилните образци. Но за простите хора една грешка, узаконена от времето, е по-ценна от някаква модерна поправка, дори да е основателна. Първата печатна преса, която народът нарече дяволска машина, при един бунт ще бъде бързо разбита. Впрочем малко свещеници умеят да четат. Но те знаят наизуст всички думи на различните служби. Иван, който страстно обича четенето, страда от обкръжаващото го невежество. Той успява да изиска от членовете на събора духовниците да бъдат задължени да се образоват. В цялата страна поповете ще бъдат подложени на надзора на църковни десетници. Всеки град ще има своя школа, обслужвана от свещеници и дяци[6]. В тях ще се преподава писане, четене, смятане, пеене, религия, добри нрави и отвращение от „гнусната содомия“.