На 4 февруари, в деня, когато царят учредява опричнината, започват и екзекуциите. Мъченията се извършват на Кремълския площад, близо до църквата „Света Богородица Застъпница“ (храма „Василий Блажени“), която току-що е завършена и чиито натруфени с орнаменти и ярко оцветени куполи весело блестят. Знаменитият княз Александър Шуйски, героят от превземането на Казан, и седемнадесетгодишният му син Петър са сред първите жертви. И двамата са обвинени, че са заговорничели заедно с Андрей Курбски срещу живота на монарха, царицата и техните деца. Трябва най-напред да отсекат главата на сина, но бащата моли за милостта той да умре първи. Палачът се съгласява и Александър Шуйски поставя главата си на дръвника. Брадвата се стоварва. Синът прибира главата на баща си, целува я нежно и на свой ред коленичи, за да бъде посечен. Още шест боляри са обезглавени в същия ден. Седмият, княз Димитрий Чевирев, е набит на кол. Агонията му продължава двайсет и четири часа, с пробити меса и изкривено от болка лице, той пее песни за възхвала на Господа. Други боляри избягват брадвата и само са изпратени в манастирите или заточени надалеч. От някои Иван изисква гаранция от двайсет и пет хиляди рубли, за да е сигурен, че няма да напуснат страната. И най-сетне, за да покаже, че умее не само да наказва, но и да прощава, той връща в Москва болярите Михаил Воротински, заточен в Белозерск, и Яковлев, близък роднина на Анастасия.
Духовенството приема тази проява на снизходителност като божествена милост. Но колкото повече Иван потиска страната, толкова повече чувства, че е ненавиждан, а колкото повече се чувства ненавиждан, толкова по-яростно желае да открие тези, които искат да посегнат на живота му. Болезнена тревожност му пречи да спи. Биенето на стенния часовник през нощта го изпълва с ужас като злокобно предзнаменование. Гледката на падаща звезда в небето го кара да коленичи треперещ пред иконите. Новата крепост, която си е построил в Москва, вече не му се струва сигурно убежище. Намразва столицата и се настанява в Александровская слобода в дворец, заобиколен с ровове и укрепления. Вътрешната подредба на тази зловеща сграда напомня душевните състояния на владетеля. Някои зали са пищно украсени, други са натъпкани с ценни книги и пергаменти, има ниски и сводести помещения, които са по монашески голи, а подземието е разделено на килии, където гният затворниците. По този начин великолепието, учението, молитвата и мъчението присъстват едновременно в любимия дом на царя. Във всяко от тези отделения той се чувства добре. Придворните му заемат отделни жилища. Цели улици в града са отредени на опричниците. Малкото селище, загубено сред мрачни гори, гъмжи от въоръжени хора. Набързо се строят къщи и църкви; прииждат търговци, привлечени от богатата дворянска клиентела. Иван нарежда да донесат реликви и да украсят олтара на църквата „Св. Богородица“ със злато, сребро и скъпоценни камъни. По негова заповед на всяка тухла от сградата е издълбан кръст.
Но тази проява на набожност не го спасява от угризения. Внезапно решава да превърне двореца в манастир, а опричниците — в монаси. Той назовава „братя“ триста от тях, избрани сред най-извратените. Той самият си дава титлата архиерей, княз Афанасий Вяземски е ковчежник, а Малюта Скуратов — клисар. Всеки брат облича черно расо върху златовезания си, украсен със самурени кожи кафтан. Това, което би трябвало да се приеме за обикновен маскарад, в ума на Иван се превръща в почит към Господа. Той искрено вярва, че е създал нов монашески орден, написва правилник и следи за спазването му. В три часа сутринта отива с децата си в камбанарията, за да удари камбаните за утринната служба. Незабавно всички братя се втурват в дворцовата църква. Нарушителят на това задължение се наказва с осем дни затвор. По време на богослужението, което продължава цели три или четири часа, царят пее, моли се и коленичи, удря челото си в плочите. Той носи дълго черно расо пристегнато в кръста с въже, наметка от груб вълнен плат и дървен кръст на гърдите. От време на време, вместо любимата си пика, носи владишки жезъл.