След дълги колебания Филип потегля. По пътя си среща делегация от граждани, които го умоляват да се застъпи за тях пред царя, чийто гняв ги плаши. С приближаването му към Москва тъжбите на поданиците на Негово Величество стигат до него все по-смирени и настойчиви. Пищният прием в столицата не облекчава тревогата, която го потиска. Царят го кани на трапезата си и му съобщава, че го назначава за глава на Църквата. При тези думи благочестивият самотник горко се разплаква и умолява владетеля си да не поверява „такава огромна тежест на толкова слаба лодка“. След това, тъй като Иван не променя решението, той му казва:
„Добре, подчинявам се на волята ти. Но успокой съвестта ми като премахнеш опричнината! Нека има само една Русия, защото по думите на Всевишния, всяка разделена империя се превръща в пустиня. Не мога искрено да те благословя, когато виждам отечеството потънало в скръб!“
Първият порив на Иван е да изгони безумеца в манастира му. Но веднага размисля. Може ли да си позволи да отпрати още един духовник, когото лично е избрал да ръководи Църквата? Не е ли по-добре да оплете Филип така, че той да стане несъзнателен съучастник на неговата политическа дейност? По този начин зад него ще стои като морална гаранция един светец, когото цялата страна почита. Вместо да избухне, той разгорещено се оправдава. „Не знаеш ли, казва той, че собствените ми хора искат да ме унищожат, че близките ми подготвят моята гибел?“ И пред стареца, който го моли поне да отмени новото раздаване на имения и да върне наследствените владения на бившите им собственици, Иван доказва необходимостта от обширен план за реорганизация, замислен от него в полза на народа му. Смутен от този първи разговор с царя, Филип след това се среща с епископите, които до един го умоляват да приеме безусловно предложението му. Според тях за благото на църквата и народа митрополитът трябва да внимава да не гневи монарха със забележки и да използва кротост, за да успее да го убеди. След като размисля, Филип приема техните доводи не от гордост, а от чувство за саможертва. Съставят документ, според който митрополитът предварително се отказва да критикува действията на опричниците и обещава никога да не напуска поста си в знак на протест срещу поведението на царя. По този начин правомощията в светските дела му се изплъзват, а в духовните са силно ограничени. Церемонията по ръкополагането се извършва в присъствието на царя, двамата му синове, княз Владимир Андреевич, архиепископите и епископите. В своето слово Филип препоръчва на Иван да стане отново баща на поданиците си, да се пази от ласкателите, които се трупат около трона, да възцари в страната си правдата и да предпочете „любов без оръжие“ пред „военните триумфи“.
В този момент царят изглежда разчувстван от думите на митрополита. Но укротяването му е краткотрайно. Когато се оттегля в леговището си в Александровская слобода, отново го обхващат отровните съмнения. Дали Филип не служи на болярите? Дали не поиска премахването на опричнината, за да им се подчини? Въображението на Иван отново препуска в галоп. Сякаш, за да се убеди, че предположението му за обширен заговор е основателно, той научава, че Сигизмунд-Август е изпратил на болярите от земщината писма, в които ги призовава да се разбунтуват срещу царя. Несъмнено кралят на Полша мисли, че броят на недоволните дворяни е достатъчно голям, за да се започне гражданска война. Всъщност именно получателите на тези тайни послания, обхванати от ужас, са ги връчили доброволно на владетеля си, за да му докажат верността си. Сред тях са князете Белски, Мстиславски, Воротински, както и главният началник на царските конюшни Фьодоров. Иван лично диктува на болярите ироничен отговор на Сигизмунд-Август. След възмущенията от този недостоен призив към измяна приближените на полския крал заявяват, че са готови да преминат в двора му, ако даде на техния цар „цяла Литва, цял Беларус, Галиция, Прусия, Волхиния и Подолие“. Старият княз Фьодоров дори пише по заповед на господаря си: „Как можахте да си помислите, че след като съм с един крак в гроба, ще пожелая да погубя безсмъртната си душа чрез долна измяна? И какво ще правя при вас? Не съм в състояние да предвождам войски, не обичам пиршествата, не съм научил вашите танци и не познавам вашите забавления.“