Разтреперан от гняв, Иван удря по плочите със своята пика и се провиква: „Нещастни монаси, прекалено добър бях към вас досега, бунтовници такива! Занапред ще бъда какъвто ме представяте!“ И той излиза от църквата, последван от своята свита от убийци. Но тъй като все още не смее да нападне пряко митрополита, той се задоволява да задържи и измъчва само някои членове на духовенството. Опричниците бързо разширяват полето на репресиите. През юли 1568 г. в полунощ една група опричници начело с фаворитите на Иван: Вяземски, Малюта-Скуратов, Грязной нахлуват в няколко богати къщи на боляри и търговци, отвличат жените, известни с красотата си и ги завеждат вън от града. При изгрев-слънце към тях се присъединява царят, който избира най-привлекателните пленнички, за да ги изнасили лично. Другите са предадени на верните му служители. За забавление подпалват няколко чифлика и изколват добитъка. След това цялата компания се прибира в Москва, жените са върнати по домовете им и „много от тях, казва хронистът, умрели от срам и болка“[1].
След няколко дни, на 28 юли 1568 г., царят и неговите главорези се намират в манастира „Св. Богородица“, когато Филип извършва богослужение. Забелязвайки, че един опричник стои с шапка на главата, митрополитът укорява царя, че търпи подобно нещо в Божия храм. Това вече е много! Иван решава да съди Филип. Изпраща емисари в Соловецкия манастир да съберат сведения за лицемерието и безчестието на неговия „враг“. Повечето монаси, искрено предани на бившия си игумен, го посочват като образец на святост. Но новият игумен, заместник на Филип, някой си Паисий, воден от надеждата да стане епископ, се съгласява да обвини предшественика си. Повикват го в Москва. Пред съд, съставен от царя, епископите и болярите, той повтаря клеветите си спокойно и уверено. Филип, който смята, че е недостойно да се оправдава, се задоволява само с думите „лошото семе не може да даде добри плодове“ и пожелава да се откаже от поста си. „По-добре да умра като невинен мъченик, отколкото като митрополит да понасям мълчаливо ужасите и безчестието на това злочесто време, заявява той. Правете с мен каквото поискате. Ето митрополитския жезъл, ето бялата митра и мантията, символи на честта, която вие ми оказахте!“ Но царят не разбира нещата по този начин. „Ти не можеш да се съдиш сам!“, отговаря той и му заповядва да си вземе обратно митрополитските отличителни знаци и да продължава да служи както преди до произнасянето на присъдата.
На 8 ноември 1568 г. в деня на Св. Архангел Михаил въоръжени опричници нахлуват в Успенския събор, докато Филип в богослужебни одежди отслужва празнична литургия пред голямо множество хора. Алексей Басманов прекъсва службата, размахва лист хартия и чете на висок глас присъдата, която лишава митрополита от неговия пост. Опричниците незабавно разкъсват дрехите на върховния духовник, обличат го с разкъсано расо, оковават го, прогонват го от църквата, удряйки го с метли, и го отвеждат на шейна в Богоявленския манастир. Уплашеният народ тича с викове и сълзи след впряга и се събира пред манастира, очаквайки чудо. Но чудото не става. Филип е признат за виновен в магьосничество и осъден на доживотен затвор. За последен път той заклева Иван да се смили над Русия. Но само утежнява положението си. Докато умира от глад, окован в килията си, все повече поклонници се тълпят около манастира „Св. Николай“ на р. Москва, където са го преместили. Загледани във високите стени, тези прости хорица чувстват как някакво духовно излъчване прониква в душите им. Те се вглъбяват пред убежището на „живия светец“, пожертвал себе си заради вярата. Иван разбира, че вместо да се отърве от един натрапник, е създал мъченик. Не може да търпи този факт и изпраща Филип в Отрочкия манастир в Тверска губерния. След това избират за митрополит Кирил, слаб и сговорчив човек.
Тъй като Филип вече не е опасен, Иван смекчава поведението си. Подготвяйки точно тогава наказателен поход срещу Нижни-Новгород, той мисли, че благословията на стареца ще има добро въздействие върху войските му. Изпраща най-бруталния си и садистичен фаворит, Малюта-Скуратов, в Отрочкия манастир, за да накара затворника да призове Божията милост за начинанието на Негово Величество. Когато пратеникът на царя идва, Филип се моли в килията си. В неговата животинска муцуна той вижда от пръв поглед грозящата го опасност. Малюта-Скуратов му повтаря дума по дума заръката на владетеля. Без да се ядоса свещеникът отказва гордо да подкрепи един нов акт на насилие. „Благославям, казва той, само добрите хора, който вършат добри дела. От дълго време чакам смъртта. Да бъде волята Божия“. Тогава Малюта-Скуратов, обезумял от ярост, скача върху него, сграбчва го с две ръце за врата и го удушава. После казва на игумена, че Филип е умрял в килията си, „задушен от топлината“. Изплашените монаси мълчат, а Иван решава, че в крайна сметка това убийство не противоречи на политиката му. Следователно, няма за какво да упреква Малюта-Скуратов. За да покаже одобрението си, той дори умъртвява няколко роднини на покойния[2].