На 2 януари 1570 г. авангардът на войската пристига под стените на Новгород. Градът е красив, богат, гъсто населен, горд с европейските си традиции. Войниците на Иван издигат високи огради, за да не може никой да избяга. Заключват църквите, за да не ги използват за убежище. Монасите трябва да напуснат манастирите, чиито врати също са залостени. Големците и търговците получават заповед да не напускат домовете си. Арестуват всички чиновници и нисши духовници. Свещениците са затворени в едно оградено място и са принудени да платят откуп от двайсет рубли на човек. Тези, които не могат да дадат посочената сума, всеки ден са удряни с пръчки. Жителите на мъртвия град все още не знаят причините за тези репресии и очакват с тревога пристигането на царя.
На 6 януари, Богоявление, той спира с войските си на две версти от Новгород. На следващия ден по негова заповед избиват с боздуган всички монаси, които не са платили глобата и ги пренасят в съответните им манастири, за да бъдат погребани. На 8 януари царят със сина си и свитата влиза в пустия и притихнал град. Архиепископ Пимен го очаква с кръстове и икони на големия Волховски мост. Вместо да сведе глава, Иван отказва благословията на свещеника и се провиква:
„Нечестивецо, в ръцете ти не виждам животворния кръст, а смъртоносно оръжие, което ти искаш да забиеш в сърцето ми. Знам какви коварни планове кроите ти и това население. Знам, че сте готови да ме предадете на Сигизмунд-Август! От този момент за мен ти вече не си духовен пастир на християните, а кръвожаден вълк, див звяр, жалък заговорник срещу короната на Мономах!“
След това той заповядва на архиепископа да се върне в църквата „Света София“ с процесията. Самият той пристига там придружен от сина си и след като е крещял на Пимен, търпеливо слуша как той отслужва литургията. Коленичи и се кръсти като образцов верующ. Дали яростта му е отминала? Дали няма да прости? Свещениците около Пимен се изпълват с плаха надежда. След богослужението Иван дава вечеря в двореца на архиепископа. На трапезата болярите му весело разговарят с духовниците. Насред угощението царят става и надава ужасен вик. Опричниците незабавно нахлуват в залата, залавят Пимен, свалят богослужебните му одежди, връзват останалите свещеници и слугите и отвеждат всички в затвора. След това плячкосват дома на архиепископа и опустошават църквата „Света София“, отнасяйки хазната и светата утвар.
Още на другия ден Иван бодро започва да раздава справедливост. Всеки ден на централния площад довеждат пред него и сина му хиляда жители — големци, търговци или обикновени граждани. Няма разпит, няма изслушване на свидетели, няма защитна реч, няма присъда. Само защото тези хора са жители на прокълнатия Новгород, те са виновни. За по-голяма „изтънченост“ на средствата за изтезание, измъчват мъжете пред жените им, майките пред децата им. Бият с камшик, чупят крайници, режат езици, разкъсват ноздри, кастрират, горят телата на бавен огън. После, кървящи и разкъсани, завързват нещастниците за главата или за краката на шейни, които стремително летят към река Волхов, до мястото, където реката не замръзва през зимата. Там, в ледената вода, хвърлят цели семейства — мъжете с жените, майките с пеленачетата. Опричниците, качени в лодки, довършват изплувалите с копия, колове, брадви. Това методично изтребление продължава пет седмици. Иван и синът му не се уморяват от зрелището. Според царя няма нещо по-поучително за любопитния човешки ум от реакциите на една беззащитна жертва, която се бори с болката и смъртта. Дори за свикналия с камерите за изтезания удоволствието е винаги неповторимо. Под влияние на страданието лицата, свикнали да си придават израз на безразличие, надменност, любезност и смелост, се разстройват. Маските падат. Зад образа на човека се показва животното. Гледката на изтезанията е така възбуждаща, както разсъбличането на млада девица, която се противи и вика. Измъчваните се гърчат, вият се, сбръчкват се, забравят всякакво достойнство. Виновни или невинни — всички са еднакви. Можете с една дума да прекратите мъченията им. Но не го правите. И наслаждението ви нараства, колкото по-низко пада другият. Седефенобели сухожилия, синкави вътрешности, зеленикава и слузеста лимфа и над всичко, веселото шуртене на кръвта и нейния топъл, блудкав, опияняващ, незаменим мирис! Какво по-хубаво от тази подготовка за любов или молитва? След като си нанасял удари, драл си, стискал си с клещи, разчеквал, горил — проникваш в жената или в Бога с нова сила. Ето защо след всяка серия от екзекуции Иван и синът му отиват на църква, настроени за общуване с Бога и успокоени. Касапницата и божествената литургия се допълват. Общият брой на жертвите е петнадесет хиляди според Курбски, осемнадесет хиляди според Третата Новгородска хроника, двайсет и осем хиляди според Траубе и Крузе, шейсет хиляди според автора на Първата Псковска хроника. Река Волхов е задръстена от трупове и вълните й влачат кръв и човешки останки до езерото Ладога.