Первыми в состав думы вошли руководители Казенного приказа — двое казначеев и хранитель большой государственной печати — «печатник». В 60-х годах думными дьяками стали разрядный, поместный и посольский дьяки. Они постоянно присутствовали на заседаниях думы и докладывали дела.
Боярская дума контролировала деятельность приказов, периодически посылая туда окольничих и бояр. По существу, приказы стали разветвленной канцелярией думы. С образованием приказной системы Боярская дума окончательно конституировалась в высший орган государственной власти.
Важной особенностью почти всех новшеств середины XVI в. были сугубый практицизм правительственных мер, несовершенство или отсутствие у них законодательной основы. Приказы не имели регламента, который определял бы структуру новых учреждений и порядок их деятельности.
Реформа центрального аппарата управления повлекла за собой преобразование местного управления — системы кормлений. Текст подлинного приговора думы о кормлениях отсутствует, и о его содержании можно судить только по литературному пересказу.
Незадолго до своей отставки Адашев включил в официальную летопись рассказ, ставивший целью прославить его реформаторскую деятельность. Этот рассказ окрашен в апологетические тона и требует критики. Адашев подверг решительной критике устаревшую систему местного управления, при которой провинциальные власти, наместники и волостели кормились за счет населения. Узнав о злоупотреблениях кормленщиков, царь велел «расчинить» по городам и волостям старост, которые бы участвовали в судебных делах, и заменил прежние поборы в пользу кормленщика специальным оброком — «кормленным окупом», шедшим в казну.
В приведенном «приговоре» о кормлениях имелся один существенный пробел. Закон не уточнял, на какие города и волости распространялась реформа местного управления.
Радикальная критика системы кормлений предполагала необходимость полной ликвидации устаревшей системы. Между тем из летописного текста следовало, что царь по рассмотрении вопроса о кормлениях «бояр и велмож и всех воинов устроил кормлением праведными урокы, ему же достоит по отечеству и по дородству».
Правительство приступило к ликвидации кормлений уже в самом начале 50-х годов, и именно тогда были ликвидированы крупнейшие наместничества во внутренних уездах страны (Рязанское, Костромское и др.). После взятия Казани бояре, «возжелаша богатества», разобрали доходнейшие из кормлений, а прочими кормлениями «государь пожаловал всю землю», иначе говоря, знатнейшее дворянство. Новая широкая раздача кормлений имела место в связи с первыми успехами в Ливонской войне в 1558 г.
Итак, «приговор» 1555-1556 гг. не ликвидировал систему кормлений одним ударом.
Из-за противодействия бояр и знатных дворян, пользовавшихся привилегией замещать «кормленные» должности, отмена кормлений затянулась на многие годы. Перестройка органов местного управления была осуществлена в сравнительно короткий срок только на Севере, где на черносошных (государственных) землях жило малочисленное крестьянское население и пош'и вовсе отсутствовало землевладение дворян. Суд и сбор податей, прежде осуществлявшиеся здесь кормленщиками, перешли в руки «излюбленных голов», выбранных населением. На черносошном Севере земское самоуправление дало наибольшие преимущества не дворянам, а купцам-промышленникам и богатым крестьянам. Земская реформа в целом как бы завершила общую перестройку аппарата государственного управления на новых сословных началах.
В центральных уездах земская реформа, начатая еще в 1539 г., носила с самого начала продворянский характер. Правительство передало надзор за местным управлением губным старостам и городовым приказчикам, которых и бирали из своей среды провинциальные дворяне. Губные старосты, а не наместники-кормленщики должны были теперь вершить суд по важнейшим уголовным делам. Деятельностью губных старост непосредственно руководил Разбойный приказ в Москве.
Летописный рассказ о преобразовании военно-служилой системы в 1556 г. страдает такими же противоречиями, что и повествование о кормлениях. Проблема военной службы и земельного обеспечения дворянства оказалась в центре внимания властей с первых дней реформы. В знаменитых «царских вопросах» Стоглавому собору власти впервые заявили о необходимости «уравнять дворян в землях» и обеспечить разоренных «недостальных» дворян. «И то бы приговорити, — значилось в царских вопросах, — да поверстати по достоинству безгрешно, а у кого лишек, ино недостаточного пожаловати». Не было другого вопроса, который бы так глубоко занимал и волновал всю массу дворянства, как вопрос о земельном обеспечении.
Тема «дворянского оскудения» получила наиболее полное освещение в сочинениях известного публициста 50-х годов Ермолая Еразма. Его трактат «О землемерии» содержал проект всеобъемлющей перестройки системы поземельного обеспечения служилого дворянства. Целью Еразма было спасение «скудеющего» мелкого дворянства и вместе с тем облегчение участи крестьян — «ратаев». Еразм добивался того, чтобы дворяне несли воинскую службу в строгом соответствии с размерами их земель. Для этой цели правительство должно было произвести всеобщее «землемерие».