Царь с вельможами удалился в село Воробьево (ныне Ленинские Горы) и приказал немедленно восстановить Кремлевский дворец. Бояре поспешили отстраивать свои дома. Но население города находилось в состоянии отчаяния. В голове вертелась одна мысль: как дальше жить? Но это мало интересовало государя и бояр, хотя не всех. Противники Глинских князья Шуйские, Челяднин, Захарьин, Нагой, протопоп Благовещенского собора Федор Бармин решили в разыгравшейся трагедии обвинить Глинских. Дело в том, что русские люди того времени причины таких страшных явлений искали в действиях каких-то нехристианских сил (колдунов и злодеев).
На следующий после пожара день царь с боярами поехал в Новоспасский монастырь навестить митрополита. Здесь духовник государя Федор Бармин, боярин Федор Скопин-Шуйский, Иван Челяднин начали говорить, что Москва сгорела волшебством. Царь приказал расследовать это дело. 26 июня, на пятый день после пожара, в Москву прибыла комиссия. На площади перед Успенским собором бояре собрали черных (простых) людей и начали расспрашивать их, кто поджег Москву. Из толпы раздались возгласы: «Княгиня Анна Глинская (бабка царя) со своими людьми волховала: вынимала сердца человеческие, да клала в воду, да тою водою, ездя по Москве, кропила, от того Москва и загорелась!». Конечно же, эту басню придумали противники Глинских. Но камень был брошен. Чернь взбунтовалась. Князь Юрий Глинский в это время вместе с боярами стоял на кремлевской площади. (Его брат Михаил и мать Анна находились в Ржеве, в своем имении.) Юрий, услыхав о матери и о себе такие речи в народе, понял, что его может постигнуть, и вошел в Успенский собор. Но бояре, противники Глинских, впустили в собор чернь. Толпа убила Юрия, вытащила его труп из храма и Кремля и положила перед торгом, где в то время казнили преступников. Возмущенный народ перебил много людей Глинских и разграбил их имущество. Через несколько дней толпа появилась в с. Воробьево у царского дворца, требуя у Ивана IV выдачи княгини Анны и князя Михаила. Государь в ответ приказал схватить крикунов и казнить; остальных охватил страх, и они разбежались по городам.
Много лет спустя один из первых, если не первый историк этих событий – царь Иван – обвинит бояр в том, что именно они «напустили» на него и на его родственников Глинских народ. В письме к князю Курбскому царь писал: «Чего ради нам самим жечь свое царство? Сколько ведь ценных вещей из родительского благословения у нас сгорело, каких во всей вселенной не сыщешь. Кто же может быть так безумен и злобен, чтобы, гневаясь на своих рабов, спалить свое собственное имущество? Он бы тогда поджег их дома, а себя бы поберег! Во всем видна ваша собачья измена».
Между тем, московские события стали важной вехой в жизни Ивана IV. Они заставили его удалить из Боярской думы скомпрометировавшую себя царскую родню Глинских. Казни в Москве прекратились, как по мановению руки. Закончилась целая полоса политического развития государства, известная под названием «боярского правления».
«Избранная рада»
Московское восстание 1547 г. обнаружило непрочность боярских правительств и тем самым создало благоприятные возможности для выхода дворянства на политическую арену. Именно после восстания впервые прозвучал голос дворянских публицистов, и представителям дворянства, как считает историк С. О. Шмидт, был открыт доступ на сословные совещания, или соборы, получившие позже наименование Земских соборов. Дворянские публицисты выдвинули проекты всестороннего преобразования государственного строя России.
Стержнем политики Ивана IV стало укрепление самодержавной власти. При этом идеологи самодержавия прямо опирались на восточные образцы. Один из них, И. С. Пересветов, побывавший в Турции, представил в качестве идеала правителя турецкого султана, который сумел отстранить от власти своекорыстных вельмож и добился победы над внешними врагами. Пересветов писал: «Боже, сохрани и милостив будь к благоверному русскому царю великому князю всея Руси Ивану Васильевичу и к царству его, чтобы не уловили его вельможи еретической своей ворожбой и своим коварством, чтобы не укротили его воинский дух, боясь смерти, чтобы им богачам не погибнуть».