Реформаторы считали, что на смену наместничеству должна прийти более эффективная система местного управления. Для этого необходимо местные органы власти избирать из местного населения. Выбранные в городах и волостях целовальники (термин происходит от обряда целования креста при вступлении в должность) и старосты становились «чиноначальными» людьми государства. Выборность и сменяемость этих лиц ставила их деятельность в пользу государства и контролировалась как государством, так и местными жителями. Система выборности местных властей, реально сокращавшая масштаб злоупотреблений и произвола, реально увеличивавшая доходы казны и реально улучшавшая правопорядок, была решительным шагом в направлении ликвидации пережитков удельно-феодальной эпохи. Замена многочисленных наместников и кормленщиков – местных «царьков» – прямыми связями между государством и его населением через органы местного самоуправления превращала жителей бывших уделов в подданных государства, подчиненных его законам. Представители местных верхов теперь принимали участие в суде вместе с наместником. «Да устроил по всем землям моего государства, – писал Иван IV, – старосты, и целовальники, и соцкие, и пятидесятские по всем градом, и по пригородом, и по волостем, и по погостом, и у детей боярских; и уставные грамоты пописал».
Земское устроение вызывало необходимость проведения и судебной реформы. «Собор примирения» принимает решение о том, чтобы исправить Судебник (1497 г.) «по старине». Приказы приступили к делу немедленно и, год спустя, передали на утверждение Думы новый Судебник. Дума утвердила Судебник в июне 1550 г. и передала его на рассмотрение церковного собора. В феврале 1551 г. Стоглавый церковный собор также утвердил Судебник. (Название «Стоглавый» собор получил от принятого документа, который содержал сто глав). Судебник предоставил право суда, кроме бояр и окольничих, ряду чиновников, как высшей, так и местной власти. Это четко прописано в первых строках Судебника: «Как судити боярам и окольничим, и дворецким, и казначеям, и дьяка, и всяким приказным людям, и по городам наместникам, и по волостям волостелям, и тиунам, и всяким судьям». Из 99 статей нового Судебника 37 оказались совершенно новыми, а в остальных текст предшествующего кодекса подвергся кардинальной переработке. Составители Судебника не внесли изменений в те законы государства, которые определяли взаимоотношения феодалов и крестьян. Нормы Юрьева дня сохранялись без больших перемен. Крестьяне по-прежнему могли покинуть землевладельца в течение двух недель на исходе осени, уплатив своему господину необходимую сумму (пожилое): «А дворы пожилые платят в поле рубль и два алтына, а в лесах, где десять верст до хоромного леса, за двор полтина и два алтына. А который крестьянин за кем живет год да пойдет прочь, и он платит четверть двора; а два года поживет, и он платит полдвора; а три года поживет, и он платит три четверти двора; а четыре года поживет, и он платит весь двор, рубль и два алтына». Между тем, барин для крестьян теперь становился «государем», и на него возлагалась ответственность за крестьянские преступления.
Новый Судебник ускорил формирование государственных исполнительных органов власти – Приказов (от слова приказать). Первые учреждения, которые выполняли общегосударственные функции, появились в конце XV столетия. К середине XVI ст. приказная система оформляется окончательно. Создаются специальные учреждения, которые руководили военными, иностранными, земельными, финансовыми, судебными и прочими делами с постоянным штатом дьяков и подьячих. Приказы были функциональные и территориальные, дворцовые и общегосударственные. Внешней политикой, например, занимался Посольский приказ. Некоторое время, начиная с 1549 по 1570 г., по указанию Ивана IV «ведать посольское дело», этот Приказ возглавлял Иван Михайлович Висковатый. По характеристике протестантского пастора Павла Одерборна: «Муж искусством красноречия значительный более прочих». Составитель Ливонской хроники Б. Руссов писал: «Иван Михайлович Висковатый – отличнейшей человек, подобного которому не было в то время в Москве: его уму и искусству как московита, ничему не учившегося, очень удивлялись иностранные послы». Разрядный приказ ведал войском, назначением воевод, определял дворянское жалованье, собирал дворянское ополчение. Поместный – землевладением феодалов. Разбойный приказ разыскивал и судил «лихих людей». А. Ф. Адашеву был поручен Челобитный приказ: там принимались жалобы на имя царя и проводилось расследование по ним. Это был, таким образом, высший орган контроля.