Социальный смысл реформы виден уже в том, что в самом тяжелом положении оказывались черносошные крестьяне. Наиболее благоприятной она была для светских феодалов, что соответствовало общей линии реформ начала 50-х годов. Писцы при организации переписи руководствовались специальной «Книгой сошному письму», своего рода справочным пособием, в котором указывалось, какие земли и как следует класть в соху, приемы вычисления размеров налогов как с целой «сохи», так и с ее частей. В городах в «соху» включались дворы. Одновременно вводились и дополнительные налоги: на содержание стрельцов – «пищальные деньги»; на выкуп пленных из неволи – «полоняничьи».
Преобразования начала 50-х годов коснулись и церкви. 23 февраля 1551 г. в царских палатах в торжественной обстановке открылся церковный собор. На нем присутствовали иерархи Русской православной церкви во главе с митрополитом, царь, князья, бояре и думные дьяки. Иван IV подверг резкой критике внутрицерковные порядки и моральное состояние служителей церкви. Он указывал, что «попы и церковные причетники в церкви всегда пьяны и без страха стоят и бранятся, и всякие речи неподобные всегда исходят из уст их, и миряне, зря на их бесчиние, гибнут, тако же творят». Иван указывал, что пороки духовенства, небрежное выполнение церковных обрядов вызывают в народе отрицательное отношение к церкви и, соответственно, к царской власти. Государь предложил собору обсудить меры для искоренения непорядков в церковных и мирских делах, обсудить и утвердить Судебник. И действительно, все стороны жизни Русской православной церкви были поставлены на рассмотрение собора: церковное богослужение, епархиальное архиерейское управление и суд, быт духовенства белого, жизнь монастырей и монашества, христианская жизнь мирян, внешнее благочиние – все вошло в круг обсуждения собора. Результатом рассмотрения поставленных царем вопросов стала целая книга «Стоглав» – по определению историка церкви E. Е. Голубинского, «соборное уложение, по которому имели на будущее время производиться церковное управление и совершаться церковный суд».
Прежде всего, речь шла о церковном богослужении и распорядках церковной жизни. Иван IV отмечал большие поборы, взыскивавшиеся при совершении бракосочетания, критиковал судопроизводство в церковном суде (взятки, волокита). Резкой критике подвергался весь строй монашеской жизни. В осторожной форме предлагалось ликвидировать неподсудность монахов и духовенства царскому суду. Но особенно важное значение, имел вопрос о судьбах монастырского землевладения. Иван IV спрашивал: «Достойно ли монастырям…» приобретать земли, получать различные льготные грамоты, когда все это не сказывается благоприятно на положении монахов, ибо «…устроения в монастырях некоторого не прибыло, но даже и старое опустело». Ставился вопрос о лишении денежного воспомоществования тех монастырей и церквей, которые имеют села и доходы по разным статьям.
Следующая группа вопросов посвящалась сюжетам, связанным с церковной практикой XVI ст. Некоторое внимание было уделено борьбе против «скоморохов» и «гусельников», которые часто ходят «ватагами многими, а по дорогам людей разбивают». Выступление Ивана IV против скоморохов как носителей народной культуры, против народных обычаев, шедших в разрез с официальной церковностью, против «ересей» было поддержано высшими церковными иерархами, ответы которых полностью соответствовали основному устремлению царских вопросов.
Собор пошел на некоторые уступки царю: запретил монахам пить водку, а разрешил лишь виноградное вино, пиво и мед. Установил строгий контроль протопопов за священниками, чтобы они «не билися и не лаялися, и не сквернословили, и пьяни бы в церковь и во святый алтарь не входили, и до кровопролития не билися». Собором унифицированы церковные обряды, официально узаконено «двуперстное сложение» при совершении крестного знамения. Церковь получала право контроля за летописанием и иконописанием. Образцом иконописания определялись иконы Андрея Рублева. Церковным иерархам рекомендовалось: «В царствующем граде Москве и по всем градам… избрать добрых духовных священников и дьяконов, и дьяков женатых и благочестивых… и грамоте бы и читать и петь и писать горазды. И у тех священников и у дьяконов и у дьяков устроить в домах училища, чтобы священники и дьяконы и все православные христиане в каждом городе отдавали своих детей на учение грамоте книжного письма и церковного пения… И те бы священники и дьяконы и дьяки избранные учили своих учеников страху Божьему и грамоте и писать и петь и читать со всяким духовным наказанием». Собор запретил русским людям общение с иностранцами, которые все чаще стали приезжать в Россию. Это мотивировалось тем, что русские люди плохие обычаи от них перенимают и «Бог казнит их за таковые преступления».