Такие уступки, однако, не означали того, что руководство церкви полностью поддержало правительственную программу реформы. Из десяти представителей церкви – участников Стоглавого собора – девять принадлежали к иосифлянам или были их сторонниками. Поэтому понятно, что земельная программа Ивана IV и его правительства встретила ожесточенное сопротивление. Иосифлянское большинство собора безоговорочно пошло на строгую регламентацию церковных служб и других сторон церковно-монастырского быта, ибо отсутствие единообразия в этих вопросах способствовало еретическому вольнодумству и грозило отходом от официальной церкви той или иной части верующего населения. В то же время на соборе была еще раз подтверждена незыблемость церковно-монастырского землевладения, а те, кто покушается на богатства церкви, объявлялись «хищниками» и «разбойниками». Церковь категорически выступила против подсудности священнослужителей светской власти, утверждая, что церковные законы этого «не повелевают». Царским судьям передавались только дела о душегубстве и разбое.
Таким образом, решения Стоглавого собора явились своеобразным компромиссом между правительственной программой нестяжательского толка и иосифлянским большинством собора, который в разных сторонах реформы проявился по-разному. Царская программа секуляризации церковных земель в основном оказалась проваленной, что вызвало открытое недовольство Ивана IV. Сразу после собора царь издал ряд указов, которыми ограничил рост монастырского землевладения. Так, приговором от 11 мая 1551 г. покупка духовными землевладельцами вотчинных земель без «доклада» царю запрещалась под угрозой ее конфискации. Родственникам возвращались все земли, переданные в монастыри в детские годы Ивана. О действенности приговора 1551 г. говорит тот факт, что в 50-х годах не покупали земли ни Волоколамский, ни Спасо-Ефимьев, ни Троице-Сергиев, ни многие другие монастыри.
В итоге, в результате реформ в России сложилась целостная система государственных учреждений как в центре (приказы), так и на местах (губные и земские органы). Они выполняли такие основные функции государства: административные, военные, судебные, финансовые. Процесс формирования этой системы государственных учреждений шел параллельно с усилением власти великого князя Московского и государя всея Руси, с установлением самодержавия в России. В государственном аппарате России появляются черты бюрократизации, заключавшиеся в появлении цепи подчиненных друг другу учреждений и органов: Боярская дума – приказ – наместник – губной – земский староста; в создании иерархической лестницы чиновников: судья приказа – дьяк – подьячие; в появлении элементов бюрократического централизма; в сосредоточении многих распорядительных и исполнительных функций в приказах, бумажного делопроизводства, безнадзорных действий чиновников.
Государственный аппарат, созданный в период образования централизованного государства и реформированный в период установления самодержавия, являлся машиной, позволявшей господствующему сословию осуществлять власть над зависимыми сословиями, проводить активные внешнеполитические мероприятия в своих интересах.
Наводился определенный порядок в жизни церкви и церковной практике. Однако главный вопрос – о ликвидации монастырского землевладения – оставался нерешенным.
Несмотря на все преобразования, добиться эффективного управления демократическими мерами Иван IV не смог. В отличие от западноевропейского общества, в котором феодалы, духовенство и города противостояли друг другу как самостоятельные политические силы и которые были заинтересованы в монархе как посреднике для устранения конфликтов, как гаранте национального единства, в России не было отдельных самостоятельных центров власти, кроме царя и высшего боярства. Царю повиновались как охранителю православной веры, представителю Бога на земле. Но не менее сильными стали местные, родовые, коллективистские ценности, унаследованные от предшествующей эпохи. Поэтому ослабление государственной власти в результате отмены кормлений было воспринято как сигнал к неповиновению. Налоги стали платить нерегулярно, увеличилось количество преступлений. Ответом на это станет попытка царя укрепить свою власть при помощи силы. Но это произойдет позже. Сейчас же предстояло решать внешнеполитические задачи.