В руках государя опричнина стала мощной военно-карательной организацией. Сразу после ее введения был казнен человек большого ума, талантливый военачальник, ростовский боярин А. Б. Горбатый-Шуйский. Князя Куракина и князя Немого-Оболенского, которые поддерживали Старицкого, постригли в монахи. Жертвами опричнины стали и двое знатных дворян – князь Иван Кашин и князь Дмитрий Шевырев, – которые не входили в думу. В официальном летописном отчете об учреждении опричнины сказано, что после казни изменников царь «положил опалу» на некоторых дворян и детей боярских, «а иных сослал в вотчину свою в Казань на житье з женами и з детми». Там они получали земли, хотя значительно меньших размеров, чем те, которыми владели раньше. Бывшие же их земли царь забирал в опричнину. Жертвами Ивана стали не обычные дворяне, а титулованная знать: князья Ярославские и Ростовские. По подсчетам историка Р. Г. Скрынникова, в ссылку попало примерно 180 человек. Причем не дворяне вообще, как утверждал историк Б. Веселовский, а верхушка княжеской аристократии (княжеский титул носили две трети ссыльных).
К весне 1566 года начало усиливаться всеобщее недовольство опричниной. Царь пошел на компромисс – возвратил из ссылки некоторых бояр и созвал Земский собор. Членами собора 1566 года стали 205 представителей знати и дворян и 43 дьяка и подьячих. Правда, никто из них не избирался, а все получили назначение от правительства. Впервые на собор приглашались представители купечества. По подсчетам Р. Г. Скрынникова, они составляли пятую часть от общего числа членов собора. С помощью собора Иван IV надеялся ввести новые налоги, переложить на плечи земщины военные расходы, все бремя Ливонской войны. Члены собора пошли навстречу пожеланиям властей и утвердили введение чрезвычайных налогов для продолжения войны. Однако взамен они потребовали от царя политических уступок – отмены опричнины. На соборе более 300 земских служилых людей «биша ему челом и даша ему челобитную за руками о опришнине, что не достоит сему быти». По словам царского слуги лейб-медика Альберта Шлихтинга, земцы обратились к царю с протестом против произвола опричных телохранителей, причинявших земщине нестерпимые обиды. За этот поступок 300 челобитчиков попали в тюрьму, откуда вскоре были выпущены. Однако 50 человек, признанных зачинщиками, подверглись торговой казни: их отколотили палками на рыночной площади, нескольким урезали языки, а дворян В. Пронского, И. Карамышева и К. Бундова обезглавили.
Оппозицию поддержало влиятельное духовенство. 19 мая 1566 года митрополит Афанасий демонстративно сложил с себя сан и удалился в Чудов монастырь. Распри с духовными властями, обладавшими большим авторитетом, поставили царя в трудное положение, и он пошел на уступки в выборе нового кандидата в митрополиты. Им стал игумен Соловецкого монастыря Филипп (в миру Федор Степанович Колычев). В его лице земская оппозиция обрела одного из самых деятельных и энергичных вождей. Колычев согласился занять митрополичий престол, но при этом потребовал распустить опричнину. Это вызвало недовольство Ивана. И после «серьезных» переговоров Филипп публично отрекся от своих требований и обязался «не вступаться» в опричнину и в царский «домовной приход». Он обещал не оставлять митрополию из-за опричнины. Однако Филипп делал все возможное, чтобы не допустить казней представителей земской оппозиции. (Впоследствии Колычев был зарезан в монастыре одним из руководителей опричнины – Малютой Скуратовым.) Как видим, попытки политического компромисса на этот раз не удались.
После выступления членов собора власти не только не отменили опричнину, но маховик репрессий и террора стал раскручиваться с ужасающей быстротой. Поводом стал донос, видимо В. А. Старицкого, о заговоре в его пользу с конюшим боярином И. П. Федоровым во главе. Федорова обвиняли якобы в стремлении выдать Ивана IV польскому королю Сигизмунду. Опричные отряды «прошлись» по вотчинам Федорова, разгромив усадьбы, конфисковав его имущество и казнив около 500 боевых холопов и крестьян, а царь лично заколол боярина.