Иван «перебирал» один за другим города и уезды и отбирал владения у тех, кто ему не служил. Этим был окончательно разрушен старый порядок, по которому служба вотчинников царю носила добровольный характер. Опричнина прошлась страшным террором по княжеским и боярским владениям, уничтожив многих представителей старой знати. Царь десятками казнил родовитых бояр, разбивал боярские и княжеские гнезда и разметывал их уцелевшие остатки по разным местам, где они не представляли никакой опасности. Конфискация боярских владений производилась в виде настоящих военных вторжений опричников и в некоторых случаях даже сопровождалась сражениями с вооруженными людьми (послужильцами) вотчинников. Это давало повод для колоссальных грабежей. Иностранцы-авантюристы, служившие в опричнине, пользовались такими «походами» для собственного обогащения. Опричник Генрих Штаден, вестфалец по происхождению, рассказывал, что в один из таких походов он отправился с лошадью и двумя слугами, а вернулся с 49 лошадьми, из которых 22 были запряжены в сани, нагруженные всяким добром.
Боярская знать, придавленная террором, не имеющая сил на открытое выступление, пыталась устраивать тайные заговоры (возможно, это фабриковалось опричниками), мечтая о государственном перевороте. Однако заговоры эти раскрывались один за другим, а их участники расплачивались своими головами.
В 1568 году царю стало известно о якобы возникшем заговоре в Москве. Заговорщики планировали убить царя и на его место посадить Владимира Андреевича Старицкого. После раскрытия заговора террор опричнины принял особенно жестокий массовый характер. По словам современника, все города, большие дороги и монастыри были заняты заставами; ни один город или монастырь ничего не знал о другом. У В. А. Старицкого царь переменил всех бояр и слуг, а затем отобрал и Старицу, предоставив вместо нее Дмитров со Звенигородом. Мать князя через несколько дней постригли в монахини, а сам Владимир Андреевич умер, как полагают, от отравления.
Затем Иван, получив в декабре 1569 года известие о якобы готовящейся измене, отправляется в Новгород. По дороге опричники царя разгромили Клин, Тверь и другие населенные пункты. В одном из тверских монастырей Малюта Скуратов нашел и задушил митрополита Филиппа. В январе 1570 года опричники вступили в Новгород. Здесь в течение пяти недель людей самых разных сословий – от приказных, местных дворян, бояр, новгородского архиепископа до крестьян близлежащих сел – вешали, топили в прорубях в Волхове, рубили топорами, секли саблями, расстреливали из пищалей, травили медведями, сжигали в домах. По подсчетам историков, в ходе погрома в Новгороде погибло более 3 тысяч человек. Из них на долю дворянства приходилось не менее 600–700 человек, не считая членов их семей. В опричную казну перешли бесценные сокровища Софийского дома, была конфискована казна 27 старейших монастырей. Жестокому погрому подвергся и Псков.
Казни не прекращались и в Москве. Летом – осенью 1570 года опале подвергли цвет московской бюрократии. На одной из главных площадей Москвы казнили казначея Н. Курцева, главу Посольского приказа, печатника И. Висковатого, дьяков большинства центральных ведомств. Жертвами царского террора, по подсчетам Р. Г. Скрынникова, стали 3–4 тысячи человек, из них около 700 – земские деятели всех масштабов, среди которых было 15 бояр и 4 окольничих, и почти половина состава Боярской думы.
Но оружие опричнины обратилось и против своих же. По обвинению в изменнических связях с новгородцами на плаху пошли несколько высокопоставленных опричников, в их числе А. Д. Басманов и А. Вяземский. Через некоторое время казням подверглись: удельный князь М. Т. Черкасский, боярин и дворецкий Л. А. Салтыков, боярин В. И. Темкин, думные дворяне Н. В. Зайцев и Н. Ф. Воронцов, кравчий Ф. И. Салтыков.
Трудно предположить, как бы развивались события дальше, если бы не ухудшилось международное положение страны.
К концу 1560-х годов Турция и Крым заключают мирные соглашения с Польшей и Литвой. Крымские рати возобновляют систематические набеги на русское порубежье. В 1569 году турецкий экспедиционный корпус с артиллерией и 40-тысячной конницей из Крыма предпринял попытку захватить Астрахань. Гарнизон города устоял. Однако поход турок свидетельствовал о враждебных по отношению к России планах султана. В 1570 году крымские рати последовательно разоряют Рязанские земли и земли Каширского уезда. В мае 1571 года крымский хан со всеми силами появился под стенами Москвы. Опричное войско, совершенно разложенное грабежами и убийствами, не смогло даже собраться на оборонительном рубеже и бежало от татар. Крымский хан Девлет-Гирей расположился у стен столицы и поджег ее посад. Грандиозный пожар уничтожил столицу. В ходе похода на Москву татары подвергли погрому и разорению более 30 городов и взяли в плен 60 тысяч человек. После сожжения Москвы Иван заявил хану, что готов отдать ему Астрахань. Но крымский хан, окрыленный победой, желал большего: он мечтал захватить Москву и восстановить давнюю зависимость от татар.