Получив развод, Василий III в начале следующего года женился второй раз. Его избранницей стала двадцатилетняя княжна Елена Васильевна Глинская (она принадлежала к княжескому роду, который возводят к одному из сыновей темника Золотой Орды Мамая. Род этот владел в Поднепровье г. Глинском, давшем ему название. Глинские служили литовским князьям, в начале XVI века перешли на службу к Московскому князю. Дядя Елены Михаил, знаменитый на всю Европу воин, служил Германской империи, Ордену, Литве и России и за попытку вернуться в Литву в это время находился в заточении). Интересно отметить, что государь после женитьбы, по словам H. М. Карамзина, «вопреки добрым московским нравам», в угоду молодой жене «обрил себе бороду и пекся о своей приятной наружности».
Второй брак также не сразу имел счастливый исход. Первенец государя родился только на пятом году его супружества, что дало повод злым языкам предполагать, что он, как Святополк Окаянный (сын то ли Ярослава, то ли Владимира Великого), по словам летописца, был «от двою отцю». Последующая близость великой княгини к князю Ивану Федоровичу Оболенскому-Телепневу прямо указывала и на того, о ком говорила сплетня. (Этой сплетни придерживаются и некоторые современные российские историки. Свои выводы они обосновывают неуравновешенным характером Ивана и слабоумием его брата Юрия. Признаки таких заболеваний имелись и у фаворита Елены Глинской.)
Но пора вернуться к младенцу. Государь Василий, в отличие от сплетников, сомнений не имел. Он с большим церемониалом крестил сына Ивана в Троице-Сергиевом монастыре. Тогда же, по существовавшей еще в период Киевской Руси традиции, он приказал в честь такого важнейшего семейного события построить церковь. И на правом высоком берегу реки Москва, в подмосковном селе Коломенское, русские мастера возвели великолепную каменную шатровую церковь во имя Вознесения Господня (1530–1532 гг.). При постройке здания впервые на Руси в камне были воплощены формы, характерные для русского деревянного зодчества. Новизной и красотой своих форм, легкостью и изяществом силуэта, органической связью с окружающей природой храм Вознесения по праву считается выдающимся памятником русского зодчества.
Спустя год после рождения сына в день его ангела, 29 августа 1531 года, государь в присутствии годовалого Ивана торжественно построил, по вековому русскому обычаю, в один день «обыденку» – церковь на Ваганькове в Москве. Это была еще одна благодарность за рождение наследника. Летопись отмечает, что в этот день великий князь «совершил обет свой и, начав дело своими царскими руками раньше всех делателей, и по нем начали делать, и сделали ее [церковь] единым днем: того же дня и освещена была».
Отец заботился о сыне и в дальнейшем. По крайней мере в письмах к Елене он интересовался его здоровьем. В одном из них Василий спрашивает, «что такое появилось у Ивана на шее?». В другом – «что Иван прокричал?». К сожалению, отец заботился о сыне недолго. В конце сентября Василий заболел. «Болячка» на ноге, причинявшая тяжкие страдания, мучила его два месяца и вызвала общее заражение крови. Предчувствуя наступление смерти, Василий передал, как сообщают летописи, «великое княжение сыну своему большому князю Ивану и нарече его сам при своем животе великим князем и приказа его беречи до пятнадцати лет своим боярам немногим». Историк H. М. Карамзин добавляет: «Отпустив митрополита и братьев, [князь] так говорил боярам: “Ведаете, что государство наше идет от великого князя киевского, Святого Владимира: что мы природные вам государи, а вы наши извечные бояре. Служите сыну моему, как мне служили: блюдите крепко, да царствует над землею: да будет в ней правда! Не оставьте моих племянников, князей Вельских: не оставьте Михаила Глинского: он мне ближний по великой княгине. Стойте все за едино как братья, ревностные ко благу отечества! А вы, любезные племянники, усердствуйте вашему юному государю в правлении и в войнах: а ты, князь Михаил [Глинский], за моего сына Ивана и за жену мою Елену должен охотно пролить кровь свою и дать тело свое на раздробление”». Василий III, призывая бояр верой и правдой служить своему сыну, одновременно создал при малолетнем наследнике опекунский совет. (Интересно заметить, что Василий не включил Елену в состав опекунского совета. Она, как издавна повелось на Руси, получала вдовий удел и отстранялась от власти.) Правда, Синодальная летопись говорит об обратном: «Приказывает [Василий] Елене скипетр Великой Руси до возмужания сына: зная ее как боголюбивую и милостивую, тихую и справедливую, мудрую и мужественную, и всякого царского разума исполненного сердца ее, всем любимой Великой Елене русской…»