Как Курбский считался предками с Иваном, так Бельский и Мстиславский считаются предками с Сигизмундом Августом. Князь В. И. Шуйский, вступая на престол, заявляет о старшинстве своей линии перед линией великих князей московских. Княжата в ту пору составляли особый высший разряд в Московском государстве. В виде вотчин владели они остатками своих бывших уделов. Царь в 1562 г. издаёт указ, которым ограничиваются права княжат на распоряжение своими вотчинами. Флетчер сообщает нам, что, подвергая опале княжат, Иван отнимал у них вотчины и давал поместья в других местах, разрывая, таким образом, связь между населением и бывшими удельными князьями. В актах встречаются примеры таких перемещений. В. О. Ключевский приводит любопытные примеры перемещения служилых людей, очевидно — бывших слуг удельного князя, из княженецкой вотчины в другие места. Княжата не могли помириться с титулом царя, главным образом потому, что за ними не сохранено было право руководить государя своими советами. Недовольные порядком вещей, по Курбскому, имеют право отъехать. На теорию потомка князей ярославских внук греческой царевны отвечает своей теорией. По его словам, царская власть установлена Богом; назначение царя — покровительствовать благим, карать злых. В обширном ответе Грозного замечательно, между прочим, указание на то, что духовные не должны мешаться в светские дела, составляющее опровержение слов Курбского о благих советах Сильвестра. Отъезд Курбского и его резкое послание ещё сильнее возбудили подозрительность царя. Он стал готовиться к нанесению решительного удара тем, кого считал своими врагами. Для этого нужно было убедиться, насколько можно было рассчитывать на бездействие народа.
С этой целью 3 декабря 1564 г. Иван, взяв с собой царицу Марью Темрюковну (с которой вступил в брак в 1561 г.), царевичей, многих бояр, дворян с семьями, вооружённую стражу, всю свою казну и дворцовую святыню, поехал по разным монастырям и, наконец, остановился в Александровской слободе (Владимирской губ.), Недоумение москвичей по поводу этого отъезда продолжалось до 3 января 1565 г. когда митрополит Афанасий получил грамоту от царя, в которой Иван, исчисляя вины бояр, начиная с его малолетства, обвиняя их в корыстолюбии, нерадении, измене, обвиняя духовенство в ходатайстве за изменников, объявлял, что, не желая терпеть измены, оставил своё государство и поехал поселиться, где Бог ему укажет. С тем вместе получена была грамота к православному христианству града Москвы, в которой государь писал, что на них он гнева не имеет. Странное сообщение поразило всех: духовенство, бояре и горожане в недоумении приступили к митрополиту с просьбами, чтобы он умолил царя, причём горожане указывали — просить царя, чтобы он государства не оставлял, а их на растерзание волкам не давал, «наипаче от рук сильных избавлял». И те и другие равно выразили мысль, что изменников государь волен казнить как ему угодно. С этим полномочием поехала из Москвы депутация из разных чинов людей, во главе которой стоял Пимен, архиепископ новгородский. Царь склонился на просьбу и объявил, что снова принимает власть, с тем что будет казнить изменников; при этом он сказал, что из государства и двора выделяет себе часть, которую назвал опричиной. Вслед за тем последовало определение тех волостей, городов и московских улиц, которые взяты в опричину. Наконец, государь выбрал тысячу человек князей, дворян и детей боярских, которые все должны были иметь свои поместья в отведённых под опричину волостях; всё остальное государство названо было земщиной и отдано под управление земских бояр. В 1574 г. во главе земщины, с титулом великого князя всея Руси (а после — тверского), поставлен был крещёный, под именем Симеона, касимовский царь Саип-Булат Бекбулатович. Земские бояре заведовали всеми текущими делами, но о разных вестях или великих земских делах докладывали государю. Многие подозреваемые в измене были казнены или сосланы в Казань. Значение опричины верно и метко оценено С. М. Соловьёвым. По его представлению, Иван, заподозрив бояр, не мог прогнать их всех от себя я потому удалился от них сам, окружив себя новыми людьми, построив себе новый дворец, уйдя в Александровскую слободу.
Такое удаление государя от земли имело гибельные следствия, делающие понятною общую ненависть к опричникам. Новое обстоятельство ещё усилило подозрительность Ивана: литовский гонец привёз к московским боярам грамоты от короля и гетмана. Грамоты были перехвачены, от имени бояр посланы бранчливые ответы за эту переписку поплатился жизнью конюший Челяднин с несколькими друзьями. В послании Грозного из слободы он осуждал обычай духовенства «печаловаться» за осуждённых; но самое серьёзное столкновение по этому вопросу возникло тогда, когда первосвятительскую кафедру занял соловецкий игумен Филипп, из рода Колычевых. Зная лично и уважая Филиппа, царь в 1567 г. предложил ему кафедру митрополита. Филипп, сначала отказывавшийся, согласился только под условием уничтожения опричины. Царь оскорбился. Собору удалось примирить их, и Филипп дал обещание в опричину и царский домовый обиход не вступаться. Но подозрение запало в душу Ивану, а Филипп начал ходатайствовать за опальных и обличать царя. Произошло несколько столкновений. Враги Филиппа, в числе которых был, между прочим, духовник царский, наконец восторжествовали: Филипп удалился в монастырь Николаевский, теперь греческий, на Никольской, но всё ещё служил. В крестном ходе заметил он опричника в тафье и обличал его; царь рассердился, тем более что, когда он оглянулся, тафья была снята. Тогда над Филиппом наряжен был суд, и в Соловки послана была комиссия для собирания о нём сведений: Во главе комиссии стоял Пафнутий, архиепископ суздальский. Лестью и обещаниями склонили игумена Паисия и старцев дать показания против Филиппа. 8 ноября 1568 г. Филиппа заставили служить. Во время службы on был схвачен опричниками в церкви, на другой день торжественно лишён сана и скоро свезён в тверской Отрочь монастырь, где во время похода Ивана на Новгород (дек, 1569) Филипп был задушен. Вскоре после низведения Филиппа погиб двоюродный брат царя, Владимир Андреевич, в котором Иван видел, и, быть может, не без основания, опасного претендента.
Не без связи с делом Владимира стоит новгородский погром, В январе 1570 г. Иван приехал в Новгород. По дороге он останавливался в Клину и в Твери, которые много пострадали и от казней, и от опустошения опричников. В Новгороде совершено было много казней, свергнут архиепископ, страшно грабили опричники. Ужас напал на новгородцев, Иван Васильевич, объявив милость оставшимся трепещущим горожанам, проехал во Псков, которого, однако, миновал его гнев. Возвратись в Москву, он начал следственное дело; призваны были к суду и казнены многие бояре, в том числе любимцев царя, Басмановы отец и сын, а князь Афанасий Вяземский умер от пытки.
Недоверие царя не только к старый боярам, но и к людям, им самим избранным, постоянные разочарования, которых он по характеру своему не мог избежать, ибо требовал от людей, чтобы они од, реем удовлетворяли его, должны были тяжело лечь на его душу. Мысль о непрочности его положения с особенной силой овладела им в последние годы. До нас дошло его завещание, относимое к 1572 г., где он жалуется на то, что ему воздали злом за благо и ненавистью за любовь. Он предполагает себя изгнанным от бояр, «самовольства их ради». Мысль о непрочности своего положения Иван высказывал в сношениях с Англией, где на случай изгнания искал себе убежища. Даже любимый сын, царевич Иван, не миновал подозрительности царской. В 1581 г. во время величайших неуспехов русского оружия, между отцом и сыном произошло столкновение. Говорят, будто царевич указывал на необходимость выручки Пскова. Гневный царь ударил его жезлом; через четыре дня царевич умер.
Возвратимся к делам внешним. Падение Ливонского ордена поставило лицом к лицу державы, между которыми разделилось его наследство. Швеция, заключив союз с Россией, обратилась, на Данию, а России пришлось столкнуться с Польшей. Сигизмунд Август, приняв во владение Ливонию, послал в Москву предложение вывести и русское, и литовское войско из Лифляндии. Из Москвы отвечали отказом. Попробовали завести сношения от имени епископа виленского и панов с митрополитом и боярами, но сношения кончились неудачей. Бояре, между прочим, указывали на то, что Москва есть вотчина великого государя, и делали сравнение между русскими государями «прирождёнными» и литовскими «посаженными». Ответы писаны, очевидно, самим царём. В переговорах и мелких столкновениях прошёл весь 1562 г., а в январе 1563 г. войско, предводимое царём, двинулось к Полоцку, который 15 февраля сдался. Очевидно, царь намерен был оставить его за собой: воеводам предписано было управлять, расспрося их здешние всякие обиходы; для суда избрать голов добрых из дворян, судить по местным обычаям; царь приказал поставить в Полоцке архиепископа. После взятия Полоцка пошли бесплодные переговоры, а в 1564 г. русское войско разбито было при р. Уле. Опять начались набеги и стычки, а между тем заключены договоры с Данией и Швецией. Со стороны Крыма Россия казалась обеспеченной: заключено было перемирие на два года; но, подстрекаемый дарами Литвы, хан сделал набег на Рязань. В конце 1565 г. снова начались переговоры с Литвою. Когда послы литовские готовы были уступить все города, занятые русскими, Иван решился спросить совета у земли, не прекратить ли войну. Летом 1566 г. собрался в Москве земской собор в постановил «за те города государю стоять крепко». Снова потянулись в переговоры, в стычки; только в 1570 г, заключено было перемирие, на основании uti possidetis.