Власти Ордена, таким образом, вовсе не находились в безвыходной ситуации: будучи не в состоянии дать отпор русским войскам и одновременно не желая подчиняться верховной власти Ивана IV, они приняли решение отдаться под защиту Сигизмунда II. Для этой цели и было использовано предоставленное им перемирие. 31 августа 1559 года в Вильно было заключено соглашение о переходе Ордена «под протекцию» великого князя Литовского. После этого власти Ордена стали чувствовать себя столь уверенно, что, наняв отряды наемников — «заморских немец», открыли в октябре 1559 года военные действия в Прибалтике, не дожидаясь окончания предоставленного им перемирия. Положение стало тем более сложным, что когда царь захотел послать войска на помощь своим, то «по грехом пришла груда великая и безпута» и войска не могли пройти в Прибалтику.
Как представляется, именно в этой сложной ситуации начались острые разногласия в русских правящих кругах. Их характер лишь отчасти можно установить по отрывочным свидетельствам наших источников. Позднее в Первом послании Курбскому царь с раздражением обвинил Сильвестра и Адашева в том, что во время войны в Ливонии они добивались от него «еже бы не ходити бранию». Очевидно, речь шла о прекращении дальнейшего вмешательства в Ливонии, что могло втянуть страну в войну с Великим княжеством Литовским.
Эти высказывания следует сопоставить со свидетельством Курбского о том, что после успехов, достигнутых Вишневецким и Данилой Адашевым, он и другие советники снова и снова «царю стужали и советовали: или бы сам потщился итти или бы войско великое послал на Орду». Таким образом, именно в конце 1559 года был поставлен вопрос о выборе между двумя направлениями русской внешней политики, и часть советников во главе с Адашевым и Сильвестром выступила за прекращение войны с Ливонией и продолжение наступления на Крым.
Царь, как видно из Первого послания Курбскому, пришел к иному выводу. Обсуждение вопроса о будущей ориентации русской внешней политики имело место в Можайске, где находился царь в октябре-ноябре 1559 года. Оно осложнилось вмешательством Сильвестра. Привыкнув к определенному стилю обращения с воспитанником, он и на этот раз, по-видимому, угрожал царю Божьим гневом («аще ли не так, то душе пагуба и царству разорение»), если тот не будет следовать советам его и Адашева. Свидетельством того, что Бог недоволен действиями царя, Сильвестр считал случившуюся в это время болезнь царицы Анастасии. Царь был серьезно озабочен болезнью жены. Генрих Штаден, немец на царской службе, записал рассказ некоей вдовы Екатерины Шиллинг, которую привезли в Москву из только что завоеванного Дерпта, чтобы лечить царицу. Иван IV обещал пожаловать ей половину доходов с Юрьевского уезда, если она вылечит Анастасию. Не удивительно, что внушения Сильвестра на этот раз не только не оказали желательного действия, но и вызвали раздражение царя.
У Ивана Васильевича сложилось свое понимание происходящего, которое он позднее изложил на страницах Первого послания Курбскому. Подчиняясь внушениям советников, он не вел войну достаточно решительно и «лукавого ради напоминания дацкого короля» дал возможность ливонцам целое лето собирать свои силы. «И аще бы не ваша злобесная претыкания, — писал он Курбскому, обращаясь в его лице и к другим сподвижникам Сильвестра и Адашева, — и з Божиею помощью уже бы вся Германия (то есть Ливония. — Б.Ф.) была за православием». Выход из сложившегося положения царь видел в усилении военных действий в Ливонии.
Можно спорить о том, какое решение было бы в данной ситуации более правильным, но очевидно, что заключение перемирия с Орденом было ошибкой, ответственность за которую несло то лицо, которое направляло в эти годы внешнюю политику правительства, то есть Алексей Адашев. Таким образом, у царя было серьезное основание для отстранения Адашева от государственных дел. Однако следует принять во внимание, что Адашев и ранее допускал серьезные ошибки. Так, он не сумел в начале 50-х годов XVI века добиться мирного присоединения Казанского ханства, но это не помешало в дальнейшем его успешной карьере и не ослабило доверия, которое к нему питал царь. К этому надо добавить, что немилость царя совсем не коснулась человека, который во второй половине 50-х годов был неразлучным спутником Адашева на всех ответственных дипломатических переговорах — дьяка Ивана Михайловича Висковатого, главы Посольского приказа. Все это позволяет думать, что Адашев был отстранен от государственных дел не столько за ошибки, допущенные им при решении вопросов внешней политики, сколько потому, что царь уже в то время пришел к выводу, что та внутренняя политика, которую он проводил, следуя советам Адашева и Сильвестра, не отвечает его интересам.
Судя по высказываниям царя, его окончательный разрыв с советниками произошел на дороге из Можайска в Москву, куда царь, получив тревожные известия из Ливонии, срочно выехал в конце ноября 1559 года с больной женой в ужасную осеннюю распутицу, когда, по выражению официальной летописи, ехать «невозможно было ни верхом, ни в санех». По-видимому, во время столь тяжелого путешествия Сильвестр продолжал наставлять царя в привычной для себя манере и вызвал этим его гнев. Высказывания Ивана IV очень скупы, и мы, вероятно, так и не узнаем, в чем заключалось то «малое слово непотребно», которое стало поводом для окончательного разрыва.
Расставшись с царем, Сильвестр покинул Москву и принял пострижение в Кирилловом монастыре под именем Спиридона. Что касается Алексея Адашева, то в декабре 1559 — январе 1560 года, после приезда царя из Можайска в Москву, он еще принимал сначала литовского гонца, а потом литовского посланника. В мае 1560 года, когда в Ливонию было послано большое войско во главе с князем Иваном Федоровичем Мстиславским, Алексей Адашев вместе с этой армией покинул Москву. В армии ему был доверен достаточно высокий пост третьего воеводы «большого» (главного) полка, соответствовавший его сану. Но если учесть, что в предшествующие годы Адашев постоянно находился при особе царя и не получал военных назначений, эта посылка в Ливонию была первым знаком царской немилости. Скоро последовали и другие. 30 августа 1560 года в Москву пришли донесения от воевод о взятии одной из лучших крепостей в Ливонии — Феллина (современный Вильянди), и царь приказал оставить воеводой в этом городе Алексея Адашева. Тем самым стало очевидно, что царь твердо намерен отстранить своего бывшего друга от управления государством.
Тогда же царь предпринял и другой шаг. По его приказу в сентябре-октябре 1560 года вотчины Алексея Адашева в Костромском и Переяславском уездах были отобраны в казну, а вместо них ему были выделены земли в Бежецкой пятине Новгородской земли. Значение этого шага станет понятно, если учесть особенности структуры дворянского сословия в середине XVI века. Лишь представители дворянства земель Северо-Восточной Руси, входившие в состав «государева двора», могли принимать участие в управлении государством и занимать высокие должности общегосударственного значения. В отличие от них новгородские помещики могли рассчитывать на военно-административные должности лишь на территории Новгородской земли. Превратив Адашева в новгородского землевладельца, царь заранее ограничивал рамки его будущей деятельности границами русского Северо-Запада и сопредельных ливонских земель.