Все это, однако, не означает, что для мер, предпринятых царем, не было никаких оснований. Власти действительно могла угрожать со стороны княжеских родов серьезная опасность. Чтобы выяснить, в чем могла заключаться эта опасность, следует установить, какие особенности отличали князей-владельцев родовых вотчин от других слоев и групп в составе русского дворянства.
Разнообразные исследования показывают, что землевладение бояр московских великих князей (как, вероятно, и бояр других княжений, на которые делилась средневековая Русь в эпоху феодальной раздробленности) сформировалось сравнительно поздно — уже в XIV—XV веках, главным образом за счет княжеских пожалований. Владения не только членов виднейших боярских родов, но и князей Гедиминовичей, выехавших на русскую службу и породнившихся с великокняжеской семьей, были разбросаны по многим уездам, не образуя никакого компактного единства. Так, земли, отобранные у Федора Свибла, боярина Дмитрия Донского, состояли из 15 владений, расположенных в семи уездах. Владения князя Ивана Юрьевича Патрикеева, потомка Гедимина и двоюродного брата Ивана III, складывались из 50 владений, расположенных в 14 уездах. При этом владения членов одних и тех же родов могли располагаться в совершенно разных уездах. Совсем иной характер имело родовое землевладение княжат. Это были земли, унаследованные ими от предков — бывших удельных государей. Поэтому, в отличие от владений московского боярства, родовые вотчины князей располагались компактно на территории того княжества, которым некогда владел их предок. Нормы права, установившиеся, по-видимому, еще в правление Ивана III, способствовали сохранению этих вотчин в руках княжат, запрещая продавать их родовые земли «мимо вотчич» (то есть за пределы круга родственников). Наличие в руках княжеских родов компактно расположенного значительного родового землевладения делало их влиятельной силой на территориях их бывших княжеств, центром притяжения для местных землевладельцев. Так, в тверских податных описаниях середины XVI века сохранились многочисленные сведения о местных детях боярских, служивших князьям Микулинским — членам тверского княжеского рода, вымершего еще до начала опричнины.
Другим источником силы и влияния представителей княжеских родов было то положение, которое они занимали на лестнице сословной иерархии. В обществе, где военные и административные назначения производились в соответствии с «породой» — благородством происхождения, принадлежность княжат Северо-Восточной Руси, как и самого царского рода, к потомкам Рюрика давала им целый ряд важных преимуществ в борьбе за участие во власти. Показательна в этой связи структура списка членов «государева двора» 50-х годов XVI века — так называемой «Дворовой тетради». При оценке данных этого источника следует иметь в виду, что порядок перечисления в документах такого рода не был чем-то нейтральным, безразличным для русского дворянства XVI—XVII веков. В XVII веке известны местнические споры между отдельными «городами» — уездными дворянскими корпорациями из-за порядка перечисления «городов» в тексте оглашавшихся перед дворянским ополчением царских указов. В «Дворовой тетради» списки князей-владельцев родовых вотчин предшествуют перечислению уездных дворянских корпораций, который открывается Москвой. Так сам порядок перечисления показывает особое, исключительное место княжеских родов в структуре дворянского сословия. Особое место на лестнице сословной иерархии и наличие компактно расположенного родового землевладения — все это давало княжеским родам гораздо больше возможностей занимать самостоятельную позицию по отношению к государственной власти, выдвигать по отношению к ней какие-то требования.
Следует отметить и еще один фактор, определявший особое положение княжеских родов, — фактор психологический. К середине XVI века князья — потомки Рюрика ощущали себя жителями единого Русского государства, «слугами» его единственного главы — великого князя Московского, затем — царя. Однако в их среде сохранялась память о том, что создание этого государства происходило с ущемлением интересов их предков; здесь сохранялось критическое отношение к действиям государей, неоднократно в своих политических интересах нарушавших установленные нормы. Бесспорные свидетельства существования такой традиции дает «История о великом князе Московском». Разумеется, далеко не все оценки и сообщения, содержащиеся в этом сочинении, можно использовать как доказательство существования подобной традиции. Что касается оценок, то следует учитывать возможную радикализацию взглядов Курбского в условиях эмиграции и жизни в среде литовской знати, давно и традиционно считавшей русских правителей «тиранами». Что касается фактов, то, например, часть неблагоприятных для Василия III сообщений Курбский мог заимствовать из известной ему книги австрийского дипломата Сигизмунда Герберштейна «Записки о Московии» (впрочем, сам Герберштейн, возможно, почерпнул какие-то из этих сведений из бесед с дедом Андрея Курбского). Однако за вычетом того, что могло быть заимствовано у Герберштейна, в «Истории» остается много сообщений, восходящих, судя по всему, к неписаной, критической по отношению к московским государям традиции, существовавшей в той среде знати, из которой происходил Курбский. Примером может служить рассказ «Истории» о событиях, связанных с арестом новгород-северского князя Василия Шемячича. Этот наиболее крупный из «служилых» князей Юго-Западной России, близкий родственник царской семьи, в начале 20-х годов был приглашен в Москву и, хотя сам митрополит гарантировал ему безопасность, арестован и брошен в тюрьму. Рассказ об аресте Шемячича Курбский мог прочитать в книге Герберштейна, но продолжение рассказа уже не находит никакого соответствия в сочинении ученого австрийца. Когда после ареста и заточения Шемячича Василий III посетил Троице-Сергиев монастырь, игумен монастыря Порфирий стал добиваться от него освобождения арестованного: «Аще... приехал еси ко храму безначалные Троицы оттрисиянного Божества милости грехов просити, сам буди милосерд над гонимыми от тебя бес правды». Разгневанный великий князь приказал выгнать игумена из монастыря, а Шемячича «повелел... удавити вскоре».
В среде князей — потомков Рюрика, хорошо знавших, что они принадлежат к тому же роду, что и правитель, власть и личность монарха не были окружены таким ореолом, как в глазах других слоев дворянства.
Выше мы уже пришли к выводу о том, что к началу 60-х годов XVI века Россия оказалась на историческом перекрестке, когда развитие могло пойти либо по пути дальнейшего формирования сословного общества, по пути превращения сословий в сложные самоуправляющиеся структуры, в руки которых перешел бы ряд важных функций, принадлежавших традиционно государственному аппарату, либо по пути дальнейшего укрепления государства и подчинения его власти формирующихся сословных структур. В силу описанных выше особенностей своего положения и сознания слой княжеской аристократии, владеющей родовыми вотчинами, как раз и мог стать ядром консолидации формирующегося дворянского сословия в борьбе за расширение своих сословных прав. Меры, принятые царем, решительно отодвигали эту часть дворянства на периферию жизни русского общества и, следовательно, исключали перспективу такого пути развития страны.