Все это дает достаточные основания для того, чтобы считать новгородский заговор вымыслом. Исследователи (в особенности Р. Г. Скрынников) затратили много сил и изобретательности, чтобы выяснить, как и при каких обстоятельствах появился этот вымысел и кто был заинтересован в его распространении, однако до сих пор никакого определенного ответа на эти вопросы мы не имеем.
Вероятно, в иной ситуации царь и его советники не придали бы слуху о подобном заговоре никакого значения. Но в той обстановке психологического напряжения, которая сложилась в условиях постоянной борьбы с «изменой», к этим сообщениям относились со всей серьезностью.
Вероятно, уже в этих слухах называлось имя Владимира Андреевича как будущего царя, так как первой реакцией монарха на полученные сведения стало убийство двоюродного брата.
После участия в Ливонском походе осенью 1567 года Владимир Андреевич жил в своем уделе, не принимая какого-либо участия в государственных делах. Лишь летом 1569 года, когда под Астраханью появились османские войска, царь послал его в Нижний Новгород. В случае если бы появление османов под Астраханью привело к осложнению обстановки в Поволжье, присутствие представителя царского дома могло сыграть важную роль. Очевидно, во время пребывания князя в Нижнем Иван Грозный получил доносы, которые решили судьбу его двоюродного брата. Царь послал Владимиру Андреевичу приказ прибыть вместе с семьей к нему в Слободу. О том, что последовало дальше, сохранился подробный рассказ в «Послании» Таубе и Крузе, который в своих основных моментах подтверждается свидетельствами русских источников (в частности, «Пискаревского летописца»). До Слободы удельный князь так и не доехал. На ямской станции Богане его встретило вооруженное опричное войско. Опричные дворяне Малюта Скуратов и Василий Грязной объявили князю Владимиру, что «царь считает его не братом, но врагом, ибо может доказать, что он покушался не только на его жизнь, но и на правление». Соображения престижа, почти сакральный ореол, окружавший членов царского дома, не давали возможности ни устроить суд, ни тем более казнить двоюродного брата царя. Поэтому по приказу Ивана Владимир Андреевич, его жена и девятилетняя дочь 9 октября 1569 года были отравлены.
Тогда же царь приказал вызвать к себе и мать Владимира Евфросинью (в монашестве — Евдокию), которая после пострижения в 1563 году жила одиноко в Воскресенском монастыре на Горах, лишь изредка наведываясь в лежащий неподалеку Кириллов. Княгиню-монахиню также нельзя было судить и казнить, поэтому царь приказал ее «уморити в судне в ызбе в дыму» (княгиню, очевидно, везли в Слободу по какой-то реке). Вместе с ней, как видно из записи в Синодике, погибли 12 сопровождавших ее «стариц» и несколько слуг. Если, убивая двоюродного брата, царь избавлялся от неугодного человека, который мог бы стать знаменем для недовольных, то смерть старой одинокой женщины, не представлявшей никакой опасности после смерти сына, можно объяснить лишь желанием царя отомстить за неприятности, причиненные ему княгиней в прошлом, в частности в дни его болезни в 1553 году.
В истории русской культуры XVI века княгиня Евфросинья оставила заметный след, создав при своем дворе мастерскую, из которой вышли лучшие памятники русского лицевого шитья того времени: плащаницы с изображением оплакивания Христа, вложенные княгиней в Успенский собор Московского Кремля, Троице-Сергиев и Иосифо-Волоколамский монастыри. На одном из последних произведений мастерской, плащанице, данной вкладом в 1565 году в Кирилло-Белозерский монастырь, Мария Магдалина у гроба Христа, в отличие от других более ранних произведений мастерской, изображена как пожилая женщина, с резкими характерными чертами лица. Возможно, перед нами своеобразный портрет старой княгини. Как видно из записей во вкладных книгах Кириллова монастыря, инокиня Евдокия при посещении обители неоднократно дарила ей шитые покровы. Очевидно, мастерицы княгини последовали за своей госпожой в ссылку и вместе с ней погибли, задушенные дымом.
Царь оставил в живых старших детей удельного князя: сына Василия и дочерей Евфимию и Марию. Василия он через несколько лет пожаловал отцовским уделом, а с девушками, видимо, уже тогда связывал определенные внешнеполитические планы.
Уничтожив двоюродного брата, царь, как ему казалось, предотвратил угрозу близкого государственного переворота. Теперь на повестку дня вставала другая, не менее важная в его представлении задача — помешать заговорщикам оторвать Псков и Новгород от Русского государства.
Собрав опричное войско, по первому зимнему пути царь выступил в поход на Новгород. Иван постарался, чтобы цель похода, известная лишь узкому кругу его ближайших сподвижников, сохранялась в тайне. По свидетельству Шлихтинга, царь принял меры к тому, чтобы была перекрыта дорога, ведущая из Москвы в Новгород. В походе разосланные отряды также задерживали всех людей, идущих в Новгород. Сам маршрут движения войска был окружен тайной. Василий Зюзин, командовавший передовым отрядом опричного войска, «ежедневно поутру получал из рук самого тирана записку с указанием места, где тот должен был переночевать». Штаден также пишет, что «все города, большие дороги, монастыри от Слободы до Лифляндии были заняты опричными заставами, как будто бы из-за чумы, так что один город или монастырь ничего не знал о другом». В результате всех принятых мер «ни в городе Москве, ни в Новгороде, ни в другом месте не знали, где именно находится и что делает князь Московский». Новгородцы узнали о походе, когда отряды опричного войска уже подходили к городу.
Избранный царем способ действий не вызывает удивления. По его сведениям, заговор был весьма масштабным, в нем участвовали все духовные и светские власти Новгорода, а значит, узнав о карательном походе опричного войска, они могли попытаться организовать сопротивление. Поэтому царь принимал все возможные меры, чтобы застать заговорщиков врасплох. Действия царя были хорошо продуманы, но предпосылка, лежавшая в их основе, была абсурдна.
Двигаясь к Новгороду, опричное войско искореняло измену в городах и селах, лежавших на его пути. В селе Медне под Тверью и в Торжке было перебито несколько сотен семей недавно переселенных туда псковичей. Их считали изменниками, как и всех жителей Пскова. В Твери и Торжке были казнены находившиеся в тюрьмах литовские пленные — царь, вероятно, считал и их участниками заговора.