Необходимо отметить, что многие именитые бояре не понимали и не поддерживали идею этой войны. Аристократическая верхушка была заинтересована в оборонительных войнах, в отстаивании южных рубежей от набегов татар. Напротив, низшая часть дворянства — выступала за продолжение наступательной войны с западными соседями. Это и понятно: по сравнению с землевладельцами-аристократами дворяне значительно хуже были обеспечены землей. Эта война представляла собой желанный источник обогащения: за счет военной добычи и, возможно, за счет получения новых земельных участков в присоединенных областях.
Стремление дворянства совпадали с крупными завоевательными планами двора и поддерживались церковью, но они противоречили чаяниям боярства, не видевшим смысла в завоеваниях, посадского населения, недовольного усилением налогов и повинностей. Пока в войне царским войскам сопутствовал успех, это противоречие не было столь очевидным, но как только начались серьезные неудачи, Захарьевы-Юрьевы перешли к политике репрессий, стремясь любой ценой сломить сопротивление верхушки служилого класса, сделать из нее послушное, безгласное орудие, это противоречие стало решающим. Захарьевы-Юрьевы были прозападного толка, а потому и не хотели воевать против Запада.
Феодальная знать больше беспокоилась о судьбе собственных вотчин и меньше всего думала о балтийских берегах. О бесперспективности войны в случае участия в ней на стороне Ордена Польши и Литвы говорили и Сильвестр, и Алексей Адашев, и другие видные члены Избранной рады. Под влиянием антивоенных настроений А. Адашев заколебался и допустил серьезный политический промах — в разгар военных успехов в Прибалтике он дал согласие на перемирие с Ливонией в течение лета 1559 года. Успехи Московии в Ливонской войне, разумеется, встревожили соседние государства. Поэтому, когда Готтард Кетлер, получивший власть над Орденом из рук Вильгельма фон Фюрстенберга, обратился за помощью к соседям, Польша активно вступилась за Ливонию.
Но русские воеводы продолжали опустошительные военные действия, и Кетлер, поняв бесполезность дальнейшей борьбы, в 1561 году добровольно уступил юго-восточную часть Ливонии Польше. Северная Эстония с Ревелем перешла под власть Швеции, остров Эзель оккупировала Дания. Самому Кетлеру остались Курляндия и Семигалия с титулом герцога-вассала Польши. Орден, таким образом, прекратил свое существование, и теперь Московии вместо одного слабого противника противостояли Польша, Литва, Швеция и Дания. В этой сложной обстановке в Московии уже пришли к власти путем мятежа Захарьевы-Юрьевы, которые допустил вторую серьезную политическую ошибку — они не стали искать почетного мира и решили продолжать войну. Война затянулась на 25 лет.
В 1563 году русские войска нанесли удар по Литве — был взят важный в торговом отношении город Полоцк. Но дальше пошли неудачи и огорчения. В январе 1564 года у Полоцка русская армия была разбита войсками литовского гетмана Радзивилла Рыжего. В апреле в Литву на заранее согласованных условиях перебежал один из ближайших советников и военачальников, член Избранной рады и герой битвы за Казань Курбский Андрей Михайлович. В дополнение ко всему летом русские потерпели поражение под Оршей. Война принимала затяжной и изнурительный характер. 30 мая 1566 года в Москву прибыли послы Сигизмунда II Августа для переговоров о мире, но, поскольку его условия оказались для обеих сторон неприемлемыми, было решено ограничиться перемирием.
В 1566 году вынесли вопросы войны и мира на обсуждение второго Земского собора в Москве. На нем были представлены бояре, дворяне, торговые люди, московские и смоленские гости. Собор принял единодушное решение продолжать войну, хотя земские послы ограничили свои изречения простой подачей голоса, оставляя последнее слово за властью («как его, государя, Бог вразумит»). В 1572 году умер польский король Сигизмунд II Август, последний из династии Ягеллонов. Он не оставил после себя наследника, поэтому на польский престол был избран и 1 мая 1576 года коронован князь Трансильвании Стефан Баторий. Стефан был видным полководцем, имел неплохое наемное войско из венгров и немцев и завоевал популярность у воинственно настроенной польской шляхты.