Церковный собор осудил Сильвестра на заточение в Соловки, он там и умер. Алексей Федорович Адашев тоже не избежал печальной участи, его вначале не пустили в Москву из-за границы, где он был, а потом и умертвили. За этим последовали массовые казни. Сторонники Сильвестра и Адашева, все близкие и дальние родственники Алексея Федоровича, многие знатные бояре и князья, их семьи, включая детей — подростков, были либо физически уничтожены, либо отправлены в заточение, несмотря на их заслуги в прошлом. Власть бояр из рода Захарьевых-Юрьевых особенно выделяла боярина Алексей Данилович Басманова, его сына Федора Басманова, князя Афанасия Иванович Вяземского.
С 1563 года в Московии стал править незаконно рожденный сын Анастасии — Иван. В то время ему было 9 лет, а потому был создан Захарьевыми-Юрьевыми попечительский совет над малолетним. Реально же правили бояре из рода Захарьевых-Юрьевых. Иван родился более через год после смерти Ивана IV, а потому не мог быть его сыном, но Захарьевы-Юрьевы заявили что он второй сын Ивана IV и Анастасии, а потому имеет право на престол. Именно в период правления Ивана Ивановича была создана опричнина. А посему указом царя была проведена реформа. Царская реформа включала три группы мероприятий:
1. В системе централизованного государства царь выделил «опричь» всей земли значительные территории на западе, севере и юге страны, которые и составили его особое личное владение — государев узел или опричнину. Верховное управление и суд в государевом уделе осуществляла опричная Боярская дума. В опричнину вошли города Можайск, Вязьма, Козельск, Перемышль, Суздаль, Шуя, Галич, Юрьевец, Вологда, Устюг, Старая Русса и ряд высокодоходных волостей. К опричнине отошли важные торговые пути на север и восток, основные центры соледобычи и стратегически важные форпосты на западных и юго-западных границах. Из всех городов, уездов, волостей и с улиц, перешедших в государственный удел, надлежало насильственно выселить всех князей, бояр, дворян и приказных людей, если они добровольно не записывались опричниками.
2. Для своей охраны царь создал из князей, бояр, дворян и детей боярских гвардию телохранителей. Первоначально опричный корпус не превышал 1000 человек, но вскоре особое войско было доведено до 5000 человек. Отбор опричников производили бояре из рода Захарьевых-Юрьевых в торжественной обстановке в Большой палате Кремлевского дворца. Каждый опричник отрекался от своих родных и обязывался служить только царю. За все это царь жаловал всех отобранных имениями и землей в тех городах и волостях, откуда выселялись князья, бояре, дворяне и приказные люди, не пожелавшие вступить в опричнину. Опричники носили черную одежду.
Были знаки их должности, состоявшей в том, чтобы выслеживать, вынюхивать и выметать измену и грызть государевых злодеев — крамольников. Князь Курбский в своей Истории царя Ивана пишет, что царь со всей Руси собрал себе «человеков скверных и всякими злостью исполненных» и обязал их страшными клятвами не знаться не только с друзьями и братьями, но и с родителями, а служить единственно ему и на этом заставлял их целовать крест. Однако, так пишут лже историки, все что приписано Курбскому вымышлено в XIX веке, в то время Ивана IV не было уже в живых более десяти лет, и друг детства Курбский не мог не знать об этом. Вся его переписка с царем выдумана.
3. Та часть государства, которая осталась за пределами государева удела-опричнины, стала именоваться земщиной. Текущими государственными делами здесь по-прежнему занималась земская Боярская дума и приказы, но часть дьяков царь взял в опричнину. Высшей инстанцией и в судебных делах, и в области международных отношений, как и прежде, был царь.
4 февраля 1565 г., т. е. на второй день после учреждения опричнины, началась новая полоса жестоких расправ за «великие изменные дела» с теми, кто до сих пор исправно служил прежнему государю. Одних бояр и князей казнили, других постригли в монахи и сослали в отдаленные монастыри и т. д. Имущество всех опальных было конфисковано. Опричники громили боярские дома, растаскивали имущество, угоняли крестьян. Есть все основания думать, что опричники расправлялись с неугодными царю лицами! Очевидно, что Захарьевы-Юрьевы видели в двоюродном брате Ивана IV Владимире Старицком главного противника на трон. В 1556 г. они отобрали у него значительную часть его удела.