При Иване Васильевиче углубился процесс закрепощения крестьян: введённые после опричнины заповедные лета запрещали переход крестьян от одного владельца к другому. Заповедные лета рассматривались в качестве временной меры преодоления хозяйственного кризиса, который также стал одним из итогов правления Ивана Грозного. При Иване IV было создано первое в истории России регулярное войско — стрельцы, которые участвовали во всех крупных военных походах, а также несли постоянную службу в Москве и занимались охраной правителя.
Важнейшим итогом правления первого русского царя стало завершение централизации государства. Опричнина со всеми её жестокостями и карательными походами положила конец сепаратизму отдельных земель и независимости боярских родов. В ходе опричнины был ликвидирован последний удел — Старицкий, принадлежавший двоюродному брату царя Ивана IV. Теперь все земли подчинялись лично царю, которому, в свою очередь, подчинялись бояре и все прочие жители государства.
Царь Московии Симеон Бекбулатович умер в 1584 году. За три года до этого погиб сын царя — Иван Иванович. У царя осталось два потенциальных наследника, один из которых, Дмитрий, был слишком мал, а второй, Фёдор, отличался тихим и набожным характером. Именно ему и предстояло стать новым царём. Иван на Руси было не просто имя, но и титул. Потому у царя Симеона Бекбулатовича все сыновья были Ивановичами.
Фёдор Иванович (1557–1598) почти не интересовался государственными делами. Основной задачей Фёдора Ивановича было наведение порядка в стране после опричнины и преодоление экономического кризиса. Главной проблемой были заброшенные поля и сёла: в годы опричнины и после неё крестьяне массово бежали на юг. Для решения этой проблемы ещё Иван IV издал указ о заповедных летах — периоде, когда переход крестьянина от одного владельца к другому был запрещён. При Фёдоре Ивановиче этот указ из временного стал постоянным. К нему добавился указ об урочных летах — периоде сыска беглых крестьян. С 1597 г. любой крестьянин, сбежавший от своего хозяина, должен был быть обнаружен в течение пяти лет и возвращён хозяину. Если в течение этого периода его так и не удавалось найти, крестьянин признавался свободным. Данные меры способствовали укреплению поместного и вотчинного хозяйства, а также усилению контроля за крестьянами.
Важные изменения произошли в церковной жизни. В 1589 г. в Московии было учреждено патриаршество. Теперь глава церкви, митрополит Иов, стал патриархом. Учреждение патриаршества подняло авторитет русской православной церкви и внутри страны, и за её пределами. Урочные лета — период государственного сыска крестьян, бежавших от землевладельцев, на которых они работали. Внешняя политика периода правления Фёдора Иоанновича также была удачной.
В 1590–1595 гг. Московия вновь вступила в войну со Швецией. Главной целью был возврат утерянных по Столбовскому миру крепостей на северо-западе. Война завершилась Тявзинским миром, по которому Ям, Копорье, Корела и Ивангород возвращались Московии. Кроме того, в конце XVI в. Россия расширяет торговые связи как с Западом, так и с Востоком. Основным пунктом торговли с Европой по-прежнему был Архангельск. Восточная торговля шла по реке Волге и через Каспийское море. Укреплялось влияние России на юге: царь Кахетии (Восточная Грузия) в 1587 г. заявил о желании перейти под покровительство Московии.
Одним из самых ярких событий, связанных с периодом правления Фёдора Ивановича, стало так называемое «угличское дело». У Фёдора был младший брат — царевич Дмитрий. После своего венчания на царство Фёдор отправил Дмитрия с матерью, Марией Нагой, в город Углич, подальше от царского двора. В 1591 г. стало известно, что царевич Дмитрий скончался при странных обстоятельствах. Мария Нагая настаивала на том, что Дмитрий был убит. Для расследования обстоятельств этого дела была созвана и отправлена в Углич специальная комиссия. После расследования комиссия постановила, что царевич умер в результате несчастного случая. Мальчик играл с другими детьми в «ножички». Во время игры у ребёнка случился приступ «падучей болезни» — эпилепсии, в припадке которой он случайно сам заколол себя ножом.