По традиции утвержденную грамоту должны были подписать члены Боярской думы. Присяга на верность новому царю всегда принималась в зале заседаний Боярской думы. При этом церемонией руководили старшие бояре. Дума всему этому противилась. Поэтому церемония была перенесена в церковь. Был составлен текст присяги. В нем содержался перечень обязанностей подданных по отношению к царю. Церемония венчания на царство Бориса Годунова проходила в сентябре в Успенском соборе в Кремле. Бояре вели себя двулично. Так, боярин Мстиславский осыпал Годунова золотыми монетами в дверях собора. Годунов обратился к присутствующим с краткой эмоциональной речью. Он сказал: «Отец мой, великий патриарх! Бог тому свидетель, не будет отныне в моем царстве нищих и бедных». Борис Годунов пообещал поделиться со всеми последней сорочкой. Он был искренен.
Царский пир на всю Москву продолжался двенадцать дней. За праздничным столом кормили всех. Для народа были выставлены большие чаны со сладким медом и пивом. По всей стране служивые люди получили вновь денежное жалованье. Борис Годунов пожаловал многим знатным дворянам высшие боярские и думные чины. Особых милостей удостоились Романовы и Бельский. Борис Годунов пообещал, что больше казней не будет, дал обет не проливать крови в течение пяти лет. Новый царь освободил столичных купцов на два года от торговых пошлин. Народ был освобожден от годовой подати. Сиротам и вдовам раздавали милостыню, платье и разные припасы.
Чем больше добрых дел делал Борис Годунов, тем больше раздражались бояре. Они стремились разными способами дискредитировать нового царя. Так, бояре постарались, чтобы за границей думали, что царь Борис уже убит своими подданными. Через полгода после коронации в Москве был созван новый Земский собор. Сейчас на соборе присутствовали все члены Боярской думы, дворянство, многие дьяки и приказные люди, стрелецкие головы, богатые столичные купцы, посадские старосты. Были представлены на соборе и представители провинции. Все челны собора подписали документ, по которому на царский трон восходил Борис Годунов.
Борис Годунов старался делать всё, что от него зависело, для того чтобы положение народа улучшалось. Однако годы его царствования совпали с общенациональной бедой. В 1601–1603 годах всю страну охватил страшный голод. Дожди и ранние морозы в течение двух лет подряд полностью истребляли все крестьянские посевы. Хлеб у крестьян быстро кончился. Голодающие ели лебеду и липовую кору. Очень многие в эти годы умерли. В летописи сказано, что за три года «вымерла треть царства Московского». По стране бродили шайки разбойников, которые грабили и убивали. Голодающие устремились в Москву. Царь Борис Годунов открыл царские житницы.
Голодающим раздавали хлеб. Однако запасы хлеба в Москве через какое-то время кончились. Годунов распорядился покупать хлеб и везти его в Москву. Но обозы с хлебом грабили выросшие как грибы шайки разбойников. Справиться с ними властям не удавалось. Считают, что в Москве от голода погибло не менее 120 тысяч человек. Именно разбойники обрекли на голодную смерть многие тысячи людей. В голодные годы (1601 и 1602) царь Борис Годунов издавал указы, по которым крестьянам разрешалось менять своего хозяина-феодала. Правда, эти указы не распространялись на владения церкви и бояр и на столичный уезд. Но указом остались недовольны те землевладельцы, которые подпадали под указ. Они просто-напросто не выполняли царского предписания.
Бояре ни на минуту не прекращали борьбу с Борисом Годуновым. Вели они эту борьбу самыми нечестными способами. В. Шуйский публично распространял клевету о Борисе Годунове. Вести борьбу с Годуновым в открытую было трудно. Он был избран на царство легитимным путем. Поэтому Годунова пытались опорочить и дискредитировать. Бояре продолжали распространять слухи о том, что царевич Дмитрий был убит по указанию Бориса Годунова. Но при теперешнем весьма устойчивом положении Бориса Годунова это не давало желаемых результатов. Борис Годунов показал себя хорошим царем. Он старался помочь страдающим от голода, расходуя при этом свои личные средства (Борис Годунов был очень богатым человеком).