Иван III шел к цели, не стесняясь в средствах. Безнаказанные попытки скомпрометировать монарха в момент его наивысших успехов свидетельствовали как о неавторитетности главы государства, так и о кризисе власти. Одним из источников кризиса был раздор между великим князем и церковным руководством. Иван III не пользовался уважением духовенства, доказательством чему были конфликт с митрополитом Геронтием и нападки Иосифа Волоцкого. Геронтий дважды покидал митрополичий двор в Кремле, чтобы заставить монарха подчиниться своей воле. В первый раз Ивану III пришлось признать свою неправоту и принять условия владыки. Во второй раз монарх предпринял попытку низложить строптивого иерарха, но ничего не достиг.
Волоцкий князь Борис умер своей смертью и тем самым избежал участи брата, князя Андрея. Игумен Иосиф Санин (Волоцкий), чья обитель располагалась во владениях Бориса, оплакал кончину удельных братьев и обрушился на Ивана III с упреками. Игумен уподобил самодержца Каину. Князь, писал Иосиф, обновил «древнее каиново зло»: по его вине древний род государев «яко лист уже увяде, яко цвет отпаде, яко свет златого светильника угасе и остави дом пуст». Неправедному царю, утверждал игумен в одном из своих сочинений, не следует повиноваться, ибо «таковый царь не Божий слуга, но диавол и не царь есть, но мучитель».
После смерти Геронтия в Москве был созван священный собор. Государь навязал собору кандидатуру симоновского архимандрита Зосимы Брадатого. Он рассчитывал упрочить свою власть, посадив на митрополию послушного иерарха. Но его надежды не оправдались. Очень скоро владыка подвергся самым резким нападкам за терпимое отношение к еретикам-вольнодумцам. Санин, не стесняясь, чернил главу церкви. Ныне, писал он, на московском святом престоле сидит «злобесный волк», «первый отступник в светителях в нашей земли», «иже сына Божия попра и пречистую Богородицю похули…». Обличения Зосимы неизбежно бросали тень на его покровителя Ивана III. Обвинение в пособничестве еретикам грозило государю изрядными неприятностями. Инок Савва в «Послании на жидов и еретиков» писал: «Аще бо царь или князь… не поклоняется Богу нашему Спасу Господу Иисусу Христу, …той воистину раб есть и проклят!»
Несмотря на покровительство государя, Зосима недолго сидел на митрополичьем престоле. Духовенство не желало подчиняться еретику, и великому князю пришлось пожертвовать своим ставленником. В 1494 г. Зосима сложил сан «не по своей воле». Предлогом для низложения послужило излишнее пристрастие владыки к вину. Отставка Зосимы была воспринята как признак слабости власти.
Война с Ордой
В то время как Русь шаг за шагом преодолевала раздробленность, Орда переживала распад и хаос. На ее территории возникли Ногайская, Крымская, Казанская, Астраханская и Сибирская Орды. Древний трон находился в руках Ахмат-хана из Большой Орды. Его владения простирались от Волги до Днепра. Лишь после кровавой борьбы со своей знатью Ахмату удалось возродить сильную ханскую власть. На короткое время Большая Орда подчинила себе Крым. В 1472 г. хан сжег Алексин. Москва перестала платить дань татарам, и в 1480 г. Ахмат стал готовить новое наступление, чтобы сокрушить Русь. Обстановка, казалось бы, благоприятствовала осуществлению его планов. Против России ополчились все ее соседи. Король Казимир грозил нанести удар с запада. Войска Ливонского ордена напали на Псков. В довершение бед в стране началась смута. Удельные князья Андрей Большой и Борис подняли мятеж против брата Ивана III и через Новгород ушли к литовской границе. Король Казимир обещал им покровительство, и мятежники отослали свои семьи в королевский замок Витебск.