Зростання підданських повинностей наприкінці XVII століття викликало велике незадоволення селян, яке нерідко переходило у відкриті виступи проти панського та державного визиску. Уряд Мазепи в інтересах держави та громадського ладу мав втручатися в цю справу і обмежувати надужиття державців та експлуатацію посполитих. Політику стримування апетитів державців Мазепа застосовував і пізніше, розуміючи, що різке посилення експлуатації селян старшиною неминуче призведе до зростання соціальної напруги, загрози вибуху, хаосу та зруйнування держави.
Наприкінці XVII століття на Лівобережній Україні найбільш розповсюджений розмір панщини підвищився до двох днів на тиждень. Відомий український історик XIX століття О. Лазаревський, який вперше опублікував цей універсал, зауважив, що фактично до епохи Мазепи «розмір панщини залежав лише від сваволі державців». Цей документ фіксував звичайний тоді в Гетьманщині мінімальний розмір панщини. Але значення універсалу було, без сумніву, ширше. Схоже, він вперше законодавчо регулював певну норму панщини, що визнавалася українським урядом і пізніше, у XVIII столітті. Захищаючи селян від старшинської сваволі, гетьман, з другого боку, дбав про те, щоб посполиті не виходили з «підданства» та виконували свої обов’язки щодо державців.
Розвиток торгівлі та промислів за часів Мазепи сприяв зростанню міст, збільшенню купецької верстви. У зв’язку з цим відбувалися чималі зміни в соціально-економічному житті міст Гетьманщини.
Слід зазначити, що уряд Івана Мазепи, як і його попередників, регулярно підтверджував права та привілеї великих міст Гетьманщини, зокрема знамените магдебурзьке право. Так, було підтверджено магдебурзьке право Києву, Стародубу, Чернігову (17 вересня 1687 року), Ніжину (2 вересня 1687 року і 11 січня 1698 року) тощо. Так само Мазепа дбав і про те, щоб права магістрату не були порушені місцевим козацтвом.
Загалом можна погодитися з істориками-державниками, які твердили, що політика Мазепи щодо міст та міщанства визначалася насамперед загальнодержавними інтересами (за деякими винятками, коли гетьман був змушений іти на помітні поступки впливовій старшині і фактично закривати очі на порушення прав міст).
Ще однією, як згодом виявилось, фатальною, слабкістю Української козацької держави була надто швидко зростаюча і помітна майнова диференціація серед її населення, яка закономірно переростала у фактичну та юридичну нерівність. Економічне зубожіння широких мас населення Гетьманщини наприкінці XVII – на початку XVIII століття, внаслідок безперервних воєн, а також зростаючого визиску з боку чиновників-державців, викликало все більший соціальний протест, що виявлявся в різноманітних формах, починаючи від індивідуального опору і закінчуючи масовими повстаннями.
Постійним головним болем гетьмана була й наявність потужної «старшинської опозиції». Її формуванню наприкінці XVII століття сприяли як зовнішньополітичні, так і внутрішні чинники. Так, зовнішня політика урядів Самойловича та Мазепи, особливо війна проти Криму та Туреччини в союзі з Росією та Річчю Посполитою, була непопулярна в колах української старшини південних полків, на Запорозькій Січі та серед деяких представників генеральної старшини. Крім того, в нормальних відносинах із Кримом було зацікавлене купецтво південної Гетьманщини. На такому тлі будь-які невдачі союзників по антитурецькій коаліції неминуче мали призвести до пожвавлення опозиційних настроїв у середовищі української козацької старшини. Саме це й сталося в ході невдалих для Росії та України Кримських походів, завдяки чому було скинуто непопулярного (наприкінці свого надміру авторитарного правління) гетьмана Самойловича. Мазепа протягом усього гетьманування чудово пам’ятав, до чого може призвести виступ старшинської опозиції в комбінації із російським втручанням. Таке втручання завжди висіло дамокловим мечем над головами лівобережних гетьманів – двоє з них (Многогрішний і Самойлович) втратили булаву внаслідок доносів до Москви і активних дій опозиційної старшини. Саме цим пояснюється атмосфера таємниці, якою гетьман оточував свої зовнішньополітичні дії навіть за часів союзу з Росією.
Спираючись на підтримку царського уряду, гетьман вміло вносив розкол у лави опозиції, яку реально об’єднували достатньо скороминущі матеріальні інтереси. Щедрі пожалування і поступове усування від реальної політичної влади – ця гетьманська тактика виявилася досить ефективною. Поступово небезпечні для гетьмана діячі випадали зі сфери великої політики. Їхні місця займали люди, особисто віддані гетьманові, пов’язані родинними та дружніми зв’язками вже з новим кланом, безперечним лідером котрого був Іван Мазепа. Обидовський, Войнаровський, Мокієвський, Трощинський, Зеленський, Горленко, Орлик, Герцики, Мировичі – всі вони були представниками нового покоління української правлячої еліти, яких висунули на перший план їхня спорідненість із володарем України, їхні особисті якості та відданість гетьманові. Така кадрова політика допомогла гетьманові не просто пережити скрутні часи перших років гетьманування, але й понад двадцять років зберігати в своїх руках усю повноту влади, керуючи українською зовнішньою та внутрішньою політикою значною мірою на свій розсуд.