Нам мало що відомо про подальшу долю Мотрі Кочубеївни. Є непевні дані про плани її одруження в 1707 році із сином генерального судді Василя Чуйкевича Семеном і гостро негативну (що й не дивно) реакцію на це гетьмана. Є також згадки і про смерть Мотрі у відносно молодому віці.
Вся ця історія свідчить про те, що Іван Степанович був особою багатогранною, неординарною, справжнім сином своєї блискучої доби – часу, коли навіть наймудріші та найобережніші чоловіки могли ризикнути всім заради справжнього почуття…
Показово, що, хоча вищезгадана історія і сприяла погіршенню відносин між гетьманом та генеральним суддею, спілкування між ними, зокрема стосовно досить делікатних справ, тривало. Але десь у глибині, в інтимному оточенні Кочубея, зростала ворожнеча і ненависть до гетьмана, нагромаджувалися різноманітні матеріали, чутки, плітки, переказувалися необачні слова гетьмана, який інколи міг сказати дещо зайве в присутності Кочубея або його людей, хоча і не підпускав до своїх найпотаємніших планів нікого зі старшини (навіть вірному Орликові Мазепа розповів про свої переговори з Карлом XII під величезним секретом, змусивши поцілувати хрест), тим більше свого ненадійного «приятеля». А той наприкінці серпня 1707 року разом із своїм свояком, полтавським полковником Іваном Іскрою (онуком гетьмана Якова Остряниці, дуже впливовим і амбітним політиком), вирішив, що настав час діяти. Результат добре відомий – провал доносу і страта обох головних змовників…
«Справа Кочубея» змусила гетьмана відкрити деякі свої карти вищій старшині (і то лише найвужчому колу осіб, яким Іван Степанович міг довіряти, – генеральному обозному Ломиковському, полковникам Горленкові, Апостолу і Зеленському). Старшина гаряче підтримала ідею контактів зі шведськими та польськими колами.
На початку 1708 року складний механізм таємних дипломатичних зносин Української козацької держави, Швеції та тієї частини польської політичної еліти, що підтримувала короля Станіслава Лещинського, було нарешті відлагоджено і запущено в дію.
Цілком може бути, що «справа Кочубея» мала ще один наслідок для володаря України – вона розхитала його нерви, дещо підірвавши впевненість у собі, своїй політичній майстерності. Здоров’я гетьмана вже кілька років підточували різні хвороби, серед яких ми точно знаємо про подагру та артрит. Коли у вирішальний момент гетьман писав листи до царя та Меншикова про свій важкий стан здоров’я, це не була лише хитрість досвідченого політика – лише потужним зусиллям волі Мазепа подолав на якийсь час свої недуги і «зірвався як вихор» назустріч шведському війську.
Тим часом становище шведів у Білорусії ставало все важчим – зруйновані дороги, спалені села без запасів провіанту та фуражу, партизанські напади. У непереможній шведській армії поширювалися епідемії, військо страждало від нестачі продовольства. Карл XII чекав приходу з Ліфляндії допоміжного корпусу генерала Адама Левенхаупта, з яким ішов величезний (7 тисяч возів) обоз, навантажений порохом, боєприпасами та провіантом, але той запізнювався. 30 серпня росіянам вдалося розбити шведський загін під селом Добрим. Не маючи змоги пробиватися далі Смоленською дорогою, Карл вирішив наступати на Москву через Брянськ або навіть ще південнішим маршрутом, через Сіверщину. 21 вересня 1708 року шведи перетнули кордон Української козацької держави – були змушені це зробити, хоча це ламало увесь узгоджений попередньо з Мазепою план дій.
У світлі подальших подій шведські історики XIX століття робили однозначний висновок: Карл повернув на Україну тому, що його запросив туди потенційний союзник – Іван Мазепа, отже, провина за кінцеву поразку лежить не на великому шведському полководцеві, а на «хитрому і підступному козакові, який не надав обіцяної допомоги». Насправді ж ми знаємо, як бурхливо відреагував Мазепа на поворот шведів на південь. Він аж ніяк не «запрошував» шведів на свою територію – вони були змушені звернути з прямого Смоленського шляху, сподіваючись пробитися на Москву південнішим маршрутом. До речі, шведські історики так званої «молодої школи» (межі XIX—XX століть) і сучасні скандинавські автори здебільшого твердять, що поворот шведів на південь і їхня кінцева поразка – наслідок багатьох об’єктивних причин і деяких прорахунків Карла XII та його генералів. Останні не слід перебільшувати – у російського та радянського читача нерідко складалося уявлення про шведського короля як про гарного тактика, відчайдушного бійця і дуже поганого стратега. Чому от тільки Наполеон закликав військових читати і перечитувати описи кампаній Цезаря, Ганнібала, Фрідріха Великого, Тюренна та Карла XII? Судити полководця лише за кінцевими результатами його діяльності – небезпечно і несправедливо, адже не все в ході війни залежить від його волі та здібностей.