Відповідні повідомлення були надіслані й до поодиноких міст Гетьманщини (до нашого часу дійшов лист Петра I до міста Почепа). Усі ці маніфести й накази царя були початком широкої пропагандистської кампанії (український історик Борис Крупницький влучно назвав її «війною маніфестів»), що розгорнулася наприкінці 1708 року між Петром І і новим гетьманом І. Скоропадським, з одного боку, й Карлом XII і гетьманом І. Мазепою – з другого боку, й мала на меті вплинути на розум і серце українців.
Чудово розумів цар і військове значення українських міст, зокрема гетьманської столиці з її запасами пороху та боєприпасів, складами провіанту, генеральною скарбницею та архівами українського уряду. Батурин мав і військове, і політичне значення – його взяття мало стати прикладом царського покарання для всіх, хто насмілиться повстати проти Росії. Тому абсолютно незрозуміло, чому деякі сучасні російські та українські історики вважають перебільшенням, а то й вигадкою майже одноголосні твердження російських, українських та шведських джерел про варварське знищення гетьманської столиці Мазепи разом із її гарнізоном та мешканцями.
Від’їжджаючи з Батурина до шведського короля, Мазепа доручив оборону своєї резиденції сердюцькому полковникові Дмитрові Чечелю, осавулові генеральної артилерії Фрідріхові Кеніґсеку і батуринському сотникові Дмитру Нестеренкові. У Батурині стояли чотири сердюцькі полки (Чечеля, Покотила і невідомих нам на прізвище Дениса і Максима), а також частини козацьких полків Лубенського, Миргородського та Прилуцького – усього, за різними підрахунками, від трьох до семи тисяч чоловік (середня цифра – п’ять тисяч, ми її приймаємо). Гарнізону було наказано боронити фортецю і триматися до повернення гетьмана зі шведським військом.
Жоден з цих трьох не зрадив довіри, яку висловив їм Іван Мазепа. Меншиков писав цареві, що «ни малой склонности к добру в них [батуринців. – Д. Ж.] не является, и так говорят, что хотят до последнего человека держатца» (31.Х.1708 року).
1 листопада вранці розпочалися воєнні дії. Росіяни пішли на штурм, який був відбитий. Далекобійні гармати гетьманської столиці сіяли смерть у лавах російських військ, підпаливши тимчасову ставку Меншикова. На нову пропозицію здатися батуринці відповіли Меншикову: «Мы де все здесь помрем, а президиума [російського гарнізону] в город не пустим» (лист Меншикова до царя від 1 листопада 1708 року). Уночі проти 2 листопада спішені російські драгуни пішли у наступ і після двогодинного бою, завдяки допомозі деяких зрадників (зокрема старого прилуцького полкового обозного і наказного полковника Івана Носа, що закликав своїх людей не чинити росіянам опору, за що згодом став прилуцьким полковником з волі Петра I), оволоділи Батурином. 2 листопада «о 2 часу пополуночи» Меншиков сповіщав царя, «что мы сего числа здешнюю фартецию з двух сторон штурмовали и… по двучасном огню, оную взяли». Народна традиція зберегла в пам’яті переказ про підземний хід («тайник»), через який ворог вдерся до міста завдяки зраді Носа та кількох його прибічників, – це цілком можливе пояснення взяття добре укріпленої фортеці з потужною артилерією та підготованим до бою гарнізоном.