Почалися різанина і погром. Батурин потрапив до сумного переліку варварським чином знищених в європейських війнах міст разом з німецьким Магдебургом, повністю знищеним католицьким військом фельдмаршала Тіллі в ході Тридцятирічної війни (1618—1648). До речі, своє смертельне поранення від випадкового ядра Йоганн Тіллі вважав Божою карою за Магдебург. Цікаво, чи згадував російський «полудержавный властелин» Меншиков, животіючи на засланні в селі Березовому, руїни залитого кров’ю Батурина?
Коли 8 листопада Мазепа й шведи побачили руїни і згарища Батурина, ще «крови людской в месте и на предместью было полно калюжами» (Чернігівський літопис). Орлик писав у своєму листі до Яворського: «Ревно плакал по Батурине Мазепа. Теперь все пойдет иначе: Украина, устрашенная судьбою Батурина, будет бояться держаться с нами за одно».
Залишки мирного населення Батурина врятувалися втечею, а дехто потрапив до російського полону на довгі роки. Сучасні історики говорять про загибель від п’яти до 15 тисяч мешканців міста і переважної частини п’яти-семитисячного гарнізону. Вся потужна генеральна артилерія (до 70 гармат), військові запаси, чималий скарб (державний і гетьманський), державні клейноди (зокрема кілька булав, бунчук і прапори) та архіви дісталися переможцям. Щоправда, чимало клейнодів гетьман Мазепа забрав із собою до табору Карла XII. «Артилерію, сколко могли взять, везем с собою, – писав Меншиков Петру I з Конотопа 3 листопада, – а протчую тяшкую, а имянно несколко самых болших пушек, розорвали».
Трагічною була доля керівників оборони міста та звичайних козаків. Поранений Чечель в останні хвилини перед падінням міста вирвався з частиною гарнізону з палаючої столиці, але був виказаний своїм родичем, козаком Конотопської сотні Яценком, який видав його Меншикову. За кілька днів по тому він разом із Нестеренком та іншими українськими старшинами був колесований у Глухові. Важкопораненому Кеніґсеку, що не встиг розташувати своїх артилеристів у належне бойове шикування, «пощастило» – він помер у дорозі, але кара все одно була виконана вже над його мертвим тілом, а голова з виколотими очима настромлена на палю в Сумах. П’яним переможцям залишилося лише вбивати беззбройних старих і дітей та ґвалтувати жінок.
Цар належним чином оцінив «подвиги» свого «православного Христолюбивого воїнства» – згодом на спеціальному параді з нагоди святкування річниці Полтавської перемоги, організованому за давньоримським зразком, було провезено і статую, що мала зображати Батурин, з наступним латинським написом (переклад мій. – Д. Ж.) «Гніздо бунту Батурин, знищене мечем». Бачимо, що тогочасні російські військові і політики не вважали за потрібне перекручувати правду або виправдовуватися перед будь-ким за знищення української столиці, її гарнізону та мешканців – цю малопочесну функцію взяли на себе їхні сьогоднішні духовні нащадки. За сухуватим свідченням писаря часів Петра I Петра Крекшина, у 1708—1709 роках в Україні було «изменников порублено до 30 тысяч». Цю цифру важко підтвердити чи відкинути, але не слід забувати, що згодом долю Батурина (знищення міста разом із мешканцями) розділили ще кілька українських міст – Нехвороща, Маячка, Переволочна, Старий та Новий Кодаки…
Протягом наступних місяців у Гетьманщині відбувалися численні слідства й жорстокі кари над усіма, хто був причетний або тільки запідозрений у причетності до справи Мазепи. Це мало місце скрізь, де стояли російські гарнізони (зокрема в Києві), але особливо страшну пам’ять, яка була жива ще у добу «Історії Русів» (перша чверть XIX століття), залишила по собі діяльність слідчої канцелярії в Лебедині (на території слобідського Сумського полку, недалеко від границі Гетьманщини). Там досить довго знаходилась царська ставка і було зосереджено більшість слідчих справ, що провадилися з особливою ретельністю й жорстокими тортурами (місцевим краєзнавцям добре відомий так званий «цвинтар мазепинців», де поховано, за різними даними, від кількох десятків до кількох сотень чоловік). За даними С. Павленка, тут гинули десятки людей, причетність котрих до справи повстання Мазепи була справді доведена чи лише гіпотетична. Це були агенти, кур’єри, розвідники, що працювали на користь гетьмана і короля, члени родин відомих мазепинців, їхні знайомі, близькі, на яких було написано донос. Допити, катування і страти провадилися і в інших значних містах Гетьманщини – спійманих мазепинців відвозили до Миргорода, Глухова, Гадяча – всіх міст, де були російські гарнізони. В Україні панував справжнісінький терор, атмосфера зрад, доносів, коли довіряти не можна було навіть родичам і найближчим друзям. Кого тільки не було серед заарештованих – ченці і черниці, старшини, козаки, селяни, міщани, купці…