Репресії проти мазепинців та пошук все нових і нових ворогів тривав і після перемоги під Полтавою, орієнтовно до 1715—1716 років. Але найголовнішим завданням Петра I було провести вибори нового гетьмана. Це питання було не нове: воно цікавило, безперечно, і українські правлячі кола ще за життя Мазепи, і російський уряд, коли прийшли дані про важку хворобу гетьмана. Нам невідомі докладніше думки і плани Мазепи щодо свого наступника. Можна думати, однак, що гетьманові хотілося, щоб його спадкоємцем (не лише його майна, а й гетьманського, а згодом і княжого титулу) був хтось із його небожів – спочатку Іван Обидовський, а потім Андрій Войнаровський, і це не було секретом у батуринських урядових колах. Але водночас Мазепа добре розумів, що Войнаровський ні за віком, ні за заслугами не може бути кандидатом на булаву. Ним міг би бути лише хтось з вищої української старшини, людина з великим «урядовим стажем» та авторитетом, матеріально незалежна. Головне ж – ця кандидатура мала бути прийнятною і для старшини, і для Москви, і для самого Мазепи. На думку О. Оглобліна, таким кандидатом, зокрема в очах Мазепи та Москви, був стародубський полковник Іван Скоропадський. 6 листопада 1708 року Скоропадський був обраний «вольными гласами» (і за присутності російського війська та царського посланця князя Г. Долгорукова) гетьманом України.
Всі вищезгадані заходи російського уряду мали насамперед військово-політичне значення. Але Москва не обмежилася агітацією проти Мазепи як свого політичного ворога. Цар дуже хотів знищити гетьмана як людину, причому це бажання помсти доходило до межі параної. До самої смерті Мазепи Петро І вживав усіх заходів, щоб гетьман таки потрапив живим до рук російських катів (чого варта лише серія пропозицій Карлові XII – вигідна мирна угода в обмін на невеликі територіальні поступки, визнання Августа польським королем і видачу Мазепи, або знамениті 300 тисяч талерів, запропоновані за фактично вже помираючого гетьмана великому візиру Османської імперії).
Неймовірною мстивістю, дешевим пропагандистським ефектом і певними параноїдальними проявами тхне від процедури знаменитого «заочного покарання» Мазепи за детально розробленим церемоніалом. На початку листопада 1708 року в Глухові відбулася низка досить огидних публічних церемоній покарання нещасного солом’яного опудала, що мало, за тогочасним звичаєм, заміняти відсутнього «злочинця». Вони мали певний вплив на звичайних українців. Вінцем цього «уничтожения» Мазепи був наказ царя вищим українським і російським церковним ієрархам гетьмана Мазепу «публично в соборной церкви проклятию предать», тобто проголосити церковну анафему на царського ворога, який «оставя православие, к еретикам Шведам ушел… и, вместо защищения також как великой строитель оных был святым церквам, ныне проклятой гонитель оным учинился, понеже недалеко от Новагородка Шведы в одной церкви лошадей поставили…» (цитата з указу царя митрополитові Рязанському, місцеблюстителю патріаршого престолу Росії, українцеві та старому приятелеві гетьмана Мазепи Стефану Яворському від 31 жовтня 1708 року). Невідомо, чому дивуватись більше – відвертій і навіть дещо наївній демагогії царя, якого більшість власних підданих вважали чи то антихристом, чи то його предтечею, але аж ніяк не ревним захисником православ’я, або його бажанню зайвий раз продемонструвати Російській православній церкві, хто є справжнім володарем у державі. Саме безпрецедентній залежності російської духовної влади від світської в епоху Петра I українці завдячують недопустимою за власне церковними канонами анафемою політикові, який не вчинив жодного церковного злочину, за який передбачалася подібна середньовічна форма покарання. Анафема на гетьмана Мазепу, як і анафема на Григорія Отреп’єва, Степана Разіна та ін., виголошувалася в церквах колишньої Російської імперії зі згадкою конкретних імен – до 1869 року, без такої згадки – до 1917 року, але формально так і не була відмінена Московським патріархатом – при тому, що УПЦ (М) з 1992 року її не виконує, а жодна інша православна церква в світі (наприклад, Константинопольський, Олександрійський чи Антіохійський патріархат) взагалі ніколи не брала участі в анафемуванні Мазепи.