Гетьман обох берегів
Мрії здійснились. У неповних п’ятдесят років Мазепа став гетьманом. Правда, як видно зі статей, що їх він підписав, ця посада була явно непростою. Окрім того, старшина, для якої його обрання було несподіванкою, мала всі причини його ненавидіти і чекати на можливість скинути так само, як скинули Самойловича. А можливості для цього були, ще й юридично закріплені в Коломацьких статтях. Розумів своє хитке становище й Мазепа, тому пішов шляхом задобрення старшини і не тільки. Козакам теж перепала винагорода у вигляді чотирьох злотих на особу та різних потрібних речей: тканин тощо. Таким чином Мазепа намагався убезпечити себе від долі попередника, який подекуди відкрито ворогував з козацькою елітою. Таке ставлення новообраного гетьмана було своєрідним компромісом: задоволення станових потреб в обмін на лояльність.
Однак початок правління все одно виявився дуже складним. Частина полків виказали своє незадоволення новим керманичем, воно вилилось у збройні виступи, які були своєрідним відголоском хвилі терору проти прихильників попереднього гетьмана. Небезпека для життя була настільки високою, що новий гетьман був змушений просити у Голіцина кількатисячне військо, яке стояло в його столиці для охорони.
Нову проблему створив син Івана Самойловича — Григорій, котрий звернувся по допомогу до Криму та підняв низку заворушень у полках. Ситуація настільки вийшла з-під контролю, що Мазепа був змушений просити допомоги у воєводи Леонтія Неплюєва. Неплюєв з військом оточив бунтівників та примусив здатись. Григорій Самойлович підкорився і просив помилування, та марно, його було страчено «за измену». Це досить показовий випадок, оскільки страта відбулась без відома гетьмана, який був противником жорстких заходів. Також він часто щедро роздавав кошти на різні потреби. Основою казкових скарбів Мазепи стали гроші Самойловича. І новий гетьман це пам’ятав, тому, коли заміж виходили дочка та внучка його попередника, він дав за ними досить значний посаг. Великодушний вчинок стосовно родичів опального керманича.
Непросто складались відносини з Запорізькою Січчю. Спершу відносини були теплими. Січовики вислали значне посольство до гетьмана, вітаючи його на посаді як людину «розумну та кмітливу», просили вибачення за те, що йому довелось пережити на Січі, коли він був їхнім полоненим, та нагадували, щоб той не припустився помилок Самойловича. Мазепа з властивою йому щедрістю віддячив за такий прийом. Та скоро через дрібниці відносини почали псуватись. Зокрема, у 1688 р. запорожці просили військ для спільного походу на Крим, Мазепа дав згоду, та допомога так і не з’явилась. У відповідь запорожці прийшли зимувати кошами в міста, чим викликали незадоволення Батурина. Розпочалась низка звинувачень в офіційних листах. Та згодом тональність повідомлень пом’якшилась і запорожці почали просити фінансової підтримки для своєї діяльності.
На цьому непевність відносин із Січчю не зникла, однак на перший план вийшла кримська загроза. З надійних джерел Батурин отримав інформацію про намір татар здійснити похід на козацькі землі. Ця інформація змусила гетьмана звернутись до московського уряду з питанням організації відсічі та можливого превентивного удару. У ході перемовин одним з важливих пунктів, які розглядались, був похід на Казикермен. Однак стосовно цього згоди не дійшли. Натомість вирішили розпочати будівництво оборонних фортець на шляху до Криму, які стали б опорними пунктами для оборони та базами для майбутніх походів. Першою мала постати фортеця над річкою Самара. Це неабияк схвилювало запорожців, котрі майже миттєво відправили лист-ультиматум, в якому кошовий отаман Григорій Сагайдачний повідомляв гетьмана, що докладе максимум зусиль, «аби там жадных городов… не будовано». Запорожці вислали посольство до Москви і отримали через нього грамоту від царів, в якій ті повідомляли, що фортеця будується для оборони від татарських нападів та як база для майбутніх нападів на Крим. Згодом відповідного листа написав і Мазепа і підкріпив його потрібними для Січі речами: гарматами, тканинами тощо.
Окрім занять військовою політикою Мазепа почав активну культурницьку діяльність. Під безпосереднім впливом матері, яка на той час вже була ігуменею монастиря, гетьман роздавав великі пожертви церковним інституціям, зокрема монастирям. Про розміри пожертв, які дав гетьман в різні роки свого правління, можна судити за списком, укладеним по його смерті: