А третя версія, яку з особливою прискіпливістю розглядали в Малоросійському приказі, приписувала місію Соломона самому Мазепі. Підстави для цього були. Між ченцем і гетьманом існували довгі прямі відносини, ще з часів Дорошенка, у якого обидвоє служили. Цілком імовірно, що посольство ченця Соломона було дійсно зроблене якщо не за прямої вказівки, то з відома гетьмана. По-перше, надто вже поляки намагались приховати мету візиту ченця, вигадуючи різні байки; по-друге, як колишній дорошенківець Соломон мав безпосередній доступ до персони гетьмана і, скоріш за все, був його довіреною особою; по-третє, у зв’язках Батурина і Варшави була своя логіка: реалії московських репресій проти людей, які привели Мазепу до влади, а також пропозиції де ла Невілля стосовно підданства Польщі були надто спокусливі, щоб ними не скористатись. Хоча задля справедливості варто сказати, що навряд чи Мазепа, який не мав ще повноти влади на Україні, міг погодитись на таку авантюру. Скоріш за все, це була звична для будь-якого політикуму гра на два фронти. Але ця гра могла йому дуже дорого коштувати, адже будь-який натяк на те, що це Мазепа підіслав ченця, міг коштувати йому булави в такий непевний час, навіть після того, як він отримав запевнення в лояльності до нього царя.
Однак згодом зникла сама можливість змінити протектора. Річ Посполита, яка виявилась не готовою до можливої боротьби за Україну, скерувала свої зусилля на боротьбу з Туреччиною. Тому Мазепа був змушений зупинити будь-які перемовини стосовно можливості змінити приналежність країни, та й позиція Петра його цілком задовольняла. Отримавши можливість відчути себе повноправним господарем в своїй країні та зрозумівши, що репресій з боку нової влади не буде, Мазепа вирішив сконцентруватись на внутрішніх завданнях. А їх було багато. Основною проблемою гетьмана були запорожці та їхні союзники кримські татари. Щодо татар було все очевидно. Мазепа в листах до Петра висловив ідеї і план походу на Крим і боротьби з нападами кримчаків. У 1690 році козаки Лівобережжя спільно з козаками Правобережжя напали на околиці Очакова. У 1692—96 роках у зв’язку з повстанням Петрика військова ситуація мала мінливий успіх: то татари нападали на українські міста, то козаки палили передмістя Очакова й Казикермена. Та ці бої були лише прелюдією до більшої військової офензиви, яка увійшла в історію під назвою «Азовський похід».
Перед тим треба було заспокоїти запорізьких козаків і заручитись їхньою підтримкою. Запорожці, як вже згадувалось вище, уклали мирну угоду з татарами, та ще й напряму вели переговори з Варшавою, які могли призвести до поганих наслідків. Мазепа це розумів, тому відправив на Січ своїх посланців із царськими та особистими грамотами, у яких навіть обіцяв платити козакам зі своєї скарбниці. Усе це мало на меті змусити запорожців розірвати союз із Кримом та уберегти їх від небажаних зв’язків із поляками. Однак козаки відмовились виконувати волю гетьмана й відрядили своїх посланців до Москви зі скаргами на нього. Але Петро підтримав у цьому конфлікті саме Мазепу. Недовіра уряду до Запоріжжя посилилась, коли Мазепа сповістив уряд про таємні перемовини з королем стосовно можливої зміни підданства. Ця інформація вкотре підтвердила реноме гетьмана як знавця зовнішньополітичних справ, а відтак і незамінного порадника в політиці. Продовжуючи розвивати свою агентурну мережу, Мазепа подав царю відомості про його союзників по Священній лізі, які вирішили домовитись про мир із Портою за спиною царя. Це все підвищувало значимість гетьмана, який став незамінною персоною для Петра у проведенні зовнішньої політики. Користаючись цим, наш герой повів політику на урегулювання всіх суспільних відносин, які могли викликати заворушення всередині країни. Зокрема, йому вдалось досягти того, що не вдалось навіть Богдану Хмельницькому — він ліквідував стихійне «покозачення». Провів активну ротацію на військово-адміністративних посадах: генеральним хорунжим, а згодом і другим генеральним осавулом став Іван Ломиковський, генеральним бунчужним — Юхим Лизогуб, рід Гамалій теж отримав ряд важливих посад. Кадрові зміни зачепили й військову сферу. Наприклад, у Прилуках аж до 1709 року сотникував Яків Золотаренко, у Пирятині — Андрій Гладкий, у Сорочинцях — Іван Мартиненко, окрім того, практично у всіх інших полках були поставлені «свої люди». Це дозволило проводити активну внутрішню політику, спрямовану на укріплення стабільності держави у всіх ланках.