Згідно угоди цар мав надати своєму союзнику військову допомогу в розмірі п’ятнадцяти—двадцяти тисяч війська. Звісно, що цю умову цар збирався виконати за рахунок козаків Мазепи. Через деякий час після укладення угоди гетьман отримав наказ відправити семитисячний корпус у Прибалтику, куди вирушив із військом Михайло Борохович. Ще сімнадцять тисяч вояків Мазепа був змушений передати під командування Шереметьєва.
У цей час додому повертались козаки Обидовського, який помер незадовго до цього (до речі, він доводився найближчим племінником Мазепі і з його смертю ідея передати владу найближчому своєму родичеві теж відійшла у вічність). Вояки скаржились на жахливе поводження з ними з боку московського командування, на образи та надмірне використання у боях. Це змусило гетьмана написати до уряду листа, у якому він скаржився на утиски, що чинились козакам.
Не краще склалась доля корпусу Бороховича, який опинився аж під Ригою і взяв участь в кількох баталіях, де поніс відчутні втрати. І навіть вони не були винагороджені. Після успішного бою з корпусом шведського генерала Шліппенбаха, де козацька кіннота доклала чи не найбільше зусиль для перемоги, було влаштовано церемонію нагородження за бойові заслуги. Борис Шереметьєв (в розпорядженні якого перебували українські козаки Апостола) отримав звання фельдмаршала, нижчі офіцери — цінні нагороди, навіть солдати отримали грошові виплати, а от козакам довелось вдовольнитися контрибуцією з Естляндії та Ліфляндії. Та й цього вони не отримали, оскільки московські вояки почали відбивати те, що по праву мало належати українським. Дійшло до того, що деякі вояки з корпусу переходили на бік ворогів, щоб «підзаробити промислом». Очевидно, що про це стало відомо Мазепі, і він не міг ігнорувати такі факти. Але й вдіяти нічого не міг.
Більше того, після укладення союзу з поляками ті висунули певні територіальні претензії, які стосувалися Правобережжя, а саме Трахтемирова, Стайок, Трипілля та низки сіл Стародубського полку. Петро, як завше, вирішив спитати поради у Мазепи, для чого послав думного дяка Бориса Михайлова. Гетьман із дипломатичною опосередкованістю висловив свою думку стосовно того, що можна було віддати, а що ні, демонструючи свою важливість для зовнішньополітичних справ московської держави.
Та основні рішення все ж диктувала війна. 1702 року козаки отримали наказ виступати в Ліфляндію, а дванадцятитисячний корпус під командуванням Миклашевського мав атакувати литовські землі. Бойові дії тривали кілька років. У ході боїв було взято поселення Тарту. Хоч козаки цього разу отримали достатню винагороду (за цим пильнував сам Шереметьєв), та суперечності з московським військовим керівництвом, яке і далі вдавалось до приниження козаків, давалися взнаки. Подекуди доходило до дрібних сутичок, що показували ступінь напруженості в українських військах, які були незадоволені отриманим в походах, частково відібраним московитами, а відтак незадоволені й гетьманом. Про це все знав Мазепа, він був змушений писати Петру І про небезпеку заворушень в Україні та військах, що були задіяні на фронтах. Додавав хмизу у вогонь і кримський хан, який вів активну діяльність для залучення запорожців до антипетровської коаліції, писав він і Мазепі, та гетьман був вірний своєму сюзеренові, хоч і розумів всю складність становища, в якому опинився.
Знову про себе нагадало Запоріжжя. Спершу, мляво збираючись у похід на заклик царя, запорожці по дорозі до фронту, до якого так і не дістались, пограбували місцеве населення України та Московії. Згодом напали на грецьких купців. Ця обставина неабияк розлютила турецького султана, з яким буквально нещодавно був укладений мир. Він висунув вимогу повернути награбоване. Розуміючи, що новий фронт із Туреччиною стане величезною проблемою для країни, яка не могла подолати Швецію, московський уряд вирішив якомога швидше усунути цю кризу. Для цього цар направив до Січі людину з Посольського приказу для розслідування того, що сталось. Паралельно із цим були надіслані листи до Мазепи з проханням дати пораду, що робити з бунтівними запорожцями. Гетьман розумів всю делікатність ситуації, тому, як завше, «відповів без відповіді», щоб не брати на себе відповідальність за наслідки цього конфлікту.