И несмотря ни на что, опасения Ушакова начинали оправдываться. Никитины продолжали находиться под неусыпным наблюдением Тайной канцелярии, формально все сведения о сосланных по ее приговорам отправлялись непосредственно в Петербург — причина, по которой поиски исследователей в сибирских архивах были заранее обречены на неудачу, — приговор о вечном поселении вступал в силу и не мог быть нарушен, но, и это «но» оказывалось куда каким существенным. Выполнение приговора так или иначе переходило в руки местных властей, чиновников так называемого Сибирского приказа и предусмотреть все нежелательные уклонения от буквы постановления тайный сыск попросту не был в состоянии. Конечно, Тобольск — Сибирь, но в XVIII веке — это столица Сибири. И то, что решением местных властей Иван Никитин был оставлен именно в Тобольске, означало для художника достаточно сносные условия существования и даже возможность работать. Решающее слово здесь принадлежало тобольскому архиепископу, близкому другу и единомышленнику Феофилакта Лопатинского. Ему же Иван обязан большим заказом, единственным, о котором сохранилось упоминание в рукописных заметках Якова Штелина. Историк указывает, что Иван Никитин «по кончине государя (Петра I) в нещадную послан с братом в ссылку, где написал церковный иконостас в Тобольске». И это художник, осужденный за отступление от догматов истинного православия.
Жизнь Тобольска отличали и другие особенности. Множество ссыльных, главным образом политических, опальных государственных сановников создавали здесь обстановку постоянной и напряженной оппозиции к правительству, в которую оказывались вовлеченными и чиновники и местные жители.
Каковы бы ни были ускользнувшие от нас подробности тобольского житья Никитина, можно с уверенностью сказать — легким оно не оказалось. А ведь художник далеко не молод. В материалах дела проскальзывает указание, что он всего годом или двумя моложе Родиона. По возвращении из Италии ему около сорока, в Сибири под шестьдесят. Тем самым и год рождения художника не 1690-й, как утверждает большинство биографов, а 1680-й. Но как и в застенках Тайной канцелярии, Никитин сохраняет удивительное присутствие духа, не жалуется, не просит о снисхождении. Стена неприятия прочно отгораживает его от всего того, что предпринимала императрица. Мнимая безучастность художника представлялась тайному сыску более опасной, чем резкие выпады, вспышки ненависти и отчаяния. Никитин будто ждет, твердо уверенный в исходе своих ожиданий, и перелом действительно наступает: 28 апреля 1740 года Анна Иоанновна отдает распоряжение вернуть всех трех братьев Никитиных из ссылки. Так непохожий на царицу приступ человеколюбия объяснялся просто. Она давно недомогала и прощением наиболее злых своих врагов надеялась по христианскому обычаю вернуть милость божию, а вместе с ней здоровье. Когда эта первая жертва, касавшаяся одних Никитиных не помогла, 10 мая была провозглашена общая амнистия — «отпущение вины духовным и штатским лицам».
Тайная канцелярия тщательно фиксирует всех освобожденных, приводит их прощенные вины, места заключения, сроки, но Никитиных среди них нет. Вещь неслыханная и немыслимая — царский именной указ, отметка о его получении Тайной канцелярией и никаких указаний на исполнение, будто сыск мог забыть или пренебречь императорской волей. И тем не менее это так. Ушаков выжидал. Если бы Анна Иоанновна выздоровела, ее нетрудно было убедить в нецелесообразности освобождения Никитиных, если бы ее болезнь приняла серьезный оборот, тем более не следовало спешить — кто знает, кому бы досталась власть.
17 октября 1740 года Анна Иоанновна умерла. Новым правителем России при малолетнем императоре Иоанне Антоновиче, сыне Анны Леопольдовны, становится по завещанию покойной Бирон, покровитель и единомышленник Ушакова. Но уже спустя два месяца правлению Бирона приходит конец, он оказывается под следствием, а ставшая правительницей Анна Леопольдовна отдает распоряжение об освобождении Никитина и его братьев. Ушаков ограничивается одним Родионом. Спустя полгода правительница повторяет указ, но и на этот раз безо всякого результата. Начальник Тайной канцелярии чувствовал себя слишком сильным, тогда как положение в придворных кругах, связанное с открытой враждой Анны Леопольдовны и ее мужа, взаимными интригами министров, отличалось редкой сложностью и напряженностью.