Наступний місяць пройшов не лише у підготовці до війни з Річчю Посполитою, а й спорядженні українського посольства до Москви. Це відоме посольство очолювали генеральний суддя С. Зарудний і переяславський полковник П. Тетеря. Дещо пізніше було відправлено ще одне посольство, котре очолював полковник Филон Гаркуша. Є всі підстави вважати, що Виговський брав активну участь у розробці пакету пропозицій українського уряду щодо союзу з Росією. Переговори представників міщанства й козаків відбулися у березні-квітні 1654 р., а православного духовенства – у вересні 1654 р.
Договір 1654 р., на основі якого відбулося об’єднання України і Росії у своєрідну конфедерацію, був в цілому рівноправним, взаємовигідним і відкривав (за умови дотримання!) важливі перспективи для розвитку обох країн, але водночас був незавершеним, недосконалим і короткотривалим (де-факто він був грубо порушений Москвою підписанням Віленського перемир’я з Річчю Посполитою восени 1656 р., формально був денонсований українським урядом підписанням Гадяцького договору у вересні 1658 р., а після підписання Юрієм Хмельницьким Переяславського договору 1659 р. московський уряд видає саме останній документ за нібито оригінал договору 1654 р.).
1654 р. пройшов під знаком надзвичайно інтенсивних російсько-українських зв’язків, в ході яких поступово викристалізувались форми конфедерації. Активну роль у цьому, а також у заходах по створенню потужної коаліції проти Речі Посполитої бере Іван Виговський. Так, вже у березні 1654 р. під час переговорів з царським послом Ф. Полтєвим він наголосив на можливості заміни Яна Казимира його молодшим братом Каролем Фердинандом або трансильванським князем Д’єрдєм ІІ Ракоці і запропонував зіграти на цьому, щоб послабити супротивника. Після військової кампанії 1654 р. почався потужний наступ російсько-українських військ у Білорусі та в Україні, зокрема в Україні діяла українська армія Богдана Хмельницького та російський корпус на чолі з Андрієм Бутурліним та Василем Шереметєвим. Звичайно, у цьому взяв участь і Виговський. Завершувалася підготовка до спільного виступу проти Речі Посполитої. Головну роль відігравали тоді переговори Хмельницького та Виговського (за участі Григорія Лісницького, Данила Виговського, Самійла Зарудного та ін.) в Чигирині з російськими послами Полтєвим (4—7 березня 1654 р.), Т. Перфільєвим (15—17 червня), П. Протасьєвим (5 серпня), а в Межерічах під Росавою з Г. Старковим (20—21 червня), а також інтенсивне листування між Чигирином та Москвою.
Певне загострення у переговори внесло укладення нового реєстру Війська Запорізького. Посол П. Протасьєв наполягав на якомога швидшому укладенні реєстру в 60 тисяч. Але Хмельницький та Виговський, чудово розуміючи, який суспільний вибух це викличе, адже кількість повстанського війська сягала 200 тис., відмовлялися це зробити. Коли ж Зарудний спробував піти на поступки і для початку прийняти гроші для реєстровців із царського скарбу, тоді Лісницький з гнівом заперечив: «Ви хочете того, щоб нас, полковників, козаки повбивали? Ти ж знаєш, які у нас люди свавільні, подумають, що ми взяли гроші собі».
У 1654 р. саме на український уряд прийшовся весь тягар тиску Кримського ханства, яке відверто вороже зустріло звістку про рішення Переяславської ради. До Чигирина прибув ханський посол Алкас Кегіто, який скаржився на те, що козакам «золото і срібло очі заліпило», і вони уклали союз з Московською державою, погрожував війною і т. п. Хмельницький і Виговський відкинули ультимативні вимоги Криму і в свою чергу запропонували ханству приєднатися до російсько-українського союзу проти Речі Посполитої. За це вони обіцяли стримувати запорожців, підтримати хана у його війні на Північному Кавказі, дозволити ордам кочувати у Південній Україні. Якщо ж ні, сказали Хмельницький і Виговський, то «не будете ходити в добрих сукнах, а будете ходити в кожухах по-старому». Гетьман і генеральний писар не забули нагадати послу про славетного Михайла Дорошенка, який з 40 тис. козаків у 1628 р. «весь Крим виходив і ви нічого не могли йому заподіяти», виразно натякаючи на можливість нового спустошливого походу на Крим. Переговори з Алкас Кегіто, посольство Семена Савича, а потім Михайла Богаченка та Лукаша Пухальського до Бахчисараю, хоч і не змогли примусити кримського хана пристати на бік союзників, зате дозволили виграти час.