Невдовзі Виговський розпочав штурм Полтави, про що він писав царському послу Апухтіну 6.06.1658 р.: «Мушу (це робити), опір їх видячи». Пушкар, який боронився зі своїм 20-тисячним гарнізоном, врешті запросив пощади. Коли ж Виговський для проведення особистих переговорів послав Самійла Зарудного та Михайла Зеленського, то Пушкар під тиском «черні» наказав їх заарештувати, а сам на світанку напав на табір Виговського, завдавши відчутних ударів. Оговтавшись, Виговський перейшов у контратаку і, зламавши з допомогою орди опір Пушкаря, винищив більшу частину його війська: 15 тис. з 20. Пушкар бився до останнього подиху, але врешті був вбитий козаком, котрий і приніс відрубану голову Виговському. Барабаш втік з поля бою під захист московських військ. Він потрапить в полон до гетьманців у серпні того ж року і буде страчений з наказу Виговського. Взявши Полтаву, Виговський жорстоко спустошив місто. Між 11-м та 14 червня гетьман вирушив до Чигирина, 25-го повернувся, а 30 серпня дав аудієнцію російському послу Апухтіну, на якій домовився про посилку своїх представників (Тетеря і Жданович) на черговий тур переговорів у Вільно. Тоді ж він засвідчив свій намір йти війною проти Речі Посполитої і здобути Варшаву. Гетьман заспокоїв посла щодо орди, сказавши про відхід Карач-бея, котрий з основними силами пішов до Перекопу, залишивши невеликий загін Маметші, що стояв коло Чигирина. Було написано листа Ромодановському про перемогу над Пушкарем, у зв’язку з чим, писав Виговський, немає потреби царським військам йти від Прилук вглиб України. Одночасно було споряджене велике посольство (близько 300 осіб) до Польщі, на чолі якого стояв Тетеря. Велика увага приділялася реалізації балканських планів Б. Хмельницького, особливо з огляду на те, що молдавський і валаський господарі були українці за походженням: Диван (Іван) Бит та Юрій Дика. В Чигирині з’явилися представники останнього, котрі запропонували поновити українсько-молдавський союз, як це було в часи Б. Хмельницького та В. Лупу.
Розгром Пушкаря не означав, однак, повного розгрому опозиції. Невдовзі у тій же Полтаві син Пушкаря Кирик Пушкаренко проголосив себе полковником і знов почав збирати війська проти гетьмана. У першій половині червня сотник Зеленський вдарив на Глухів, але був відбитий гетьманцями. Майже одночасно якийсь Лукаш Клименко на чолі двохтисячного загону став у с. Підгайцях під Ромнами, наміряючись взяти місто. Дії опозиції знаходили підтримку царського уряду. Той же Клименко писав у своїх відозвах, що вони йдуть на Виговського «по приказу царському». Роздмухуючи усобиці, надаючи все більшу підтримку опозиції, Москва прагнула послабити Українську державу, щоб прискорити її поглинання. Виговський був поставлений перед тяжкою дилемою: або змиритися з поступовим перетворенням України з рівноправного союзника Росії у провінцію імперії, або ж боронити суверенітет України. Виговський вибрав останнє… Але в тогочасних умовах це означало перегляд відносин з Кримським ханством і особливо з Річчю Посполитою. Хоч український уряд на чолі з Виговським усвідомлював це, однак не врахував всіх факторів.