Невдовзі представники нового гетьмана стали вимагати у Виговського віддання булави, бунчука та інших клейнодів. Виговський не прагнув кровопролиття і віддав клейноди брату Данилу, щоб той у супроводі польського дипломата Т. Карчевського привіз їх на козацьку раду, яка обрала новим гетьманом Юрія Хмельницького. Тут спочатку було стверджено орієнтацію Гетьманщини на Річ Посполиту і дано згоду на безпечний проїзд Олени Виговської до чоловіка, але це був лише тактичний хід з боку нового гетьмана та його оточення. Відчуваючи нещирість Юрія Хмельницького, Виговський написав на початку жовтня королеві й коронному канцлеру листи, в яких просив допомоги у справі визволення з Чигирина своєї дружини і опіки, у разі потреби, над своїм сином-немовлям Остапом, що перебував у батьків гетьмана. Цікаво, що ці листи Виговський передав Івану Мазепі, який тоді був «покоєвим дворянином» короля Яна Казимира.
Новий гетьман Юрій Хмельницький і його найближче оточення, насамперед його дядько по матері, переяславський полковник Яким Сомко та генеральний осавул Іван Ковалевський прийняли рішення добиватися відновлення російсько-українського договору 1654 р. Але ці сподівання були марними, бо після поразки України у війні з Московщиною довелося підписувати нерівноправний Переяславський договір від 27 жовтня 1659 р., на підставі якого Гетьманщина перетворювалася у автономну одиницю під владою Московської держави. Серед умов нового договору були й такі, що забороняли обирати старшину з прихильників Виговського під загрозою смертної кари, а самих Виговських новий гетьман мусив видати Москві. Спочатку було схоплено Данила Виговського, а потім ще трьох родичів колишнього гетьмана: його троюрідного брата, овруцького полковника Василя, двоюрідного брата Юрія та племінника Іллю, які почали служити Івану Виговському лише після Гадяцького трактату. У кайданах їх вислали з Києва до Москви, а звідти у Тобольськ. Там їх на короткий час було звільнено з кайданів, але за це було бито батогами і знято з посади місцевого жителя, українського шляхтича Г. Костелецького. Потім Юрій та Ілля Виговський були заслані до Якутська, де вони, очевидно, й закінчили своє життя. В ніч на 3 грудня 1659 р. московським військам вдалося захопити Бихів, який боронив Іван Нечай, полковник чауський і старобихівський і одночасно бобруйський староста. Нечай разом зі своєю дружиною Стефанидою Хмельницькою, дочкою Богдана Хмельницького, дітьми й тяжкопораненим братом Юрієм потрапили у полон і були заслані до Сибіру. Звідти їм з дітьми все ж таки вдасться повернутися, і 19.03. 1668 р. Ян Казимир подасть Нечаю замість Бобруйського староства Загальське. Гіршою була доля інших керівників оборони Бихова, в тому числі й Самійла Виговського, котрого московити повісили.
Сам Іван Виговський через Хмільник і Полонне у кінці 1659 р. відступив до Степані й Дубна. Звідти він 15 січня 1660 р. повідомив короля про те, що Богун, Сірко, Зеленський, Гоголь і Багно зі своїми полками напали на Бар, де знаходилася залога прихильника Виговського Проскури. Місто було взято, але замок вистояв, хоч Проскура при цьому загинув. Втративши близько 4 тис. війська, Богун і Сірко відступили. Виговський із вірними йому людьми став на зимові квартири в межиріччі Горині та Случі. Звідси у лютому 1660 р. він спробував взяти реванш й вибити подільського полковника Остапа Гоголя з Могилева-Подільського, але, очевидно, без успіху. У середині березня 1660 р. він написав білоруському мемуаристу Василю Рудовичу про поразку польського війська під Могилевом.