Виговський вів широке дипломатичне листування, не втрачав контактів з козаками, які все більше нарікали на московське панування, і сподівався на повернення собі гетьманської булави. Ян Казимир, цінуючи Виговського як впливову на Україні особу та ініціатора Гадяцького трактату, надав йому почесну посаду київського воєводи, і вже як воєвода він бере участь у військовій нараді у Львові (початок серпня 1660 р.), в якій взяли участь король Ян Казимир, обидва канцлери, польний коронний гетьман Єжі Любомирський, сандомирський воєвода Ян Замойський та ін. Посада київського воєводи була у той час ефемерною, однак автоматично давала високе звання сенатора Речі Посполитої з усіма правами й привілеями.
17 серпня 1660 р. (очевидно, за новим стилем) Виговський написав зі Львова листа до князя Богуслава Радзивила і переслав його зі своїм представником Томашем Гаршоном, «капітаном його королівської мості», зміцнюючи старі зв’язки. Тут повідомлялося, що «на Гончарисі під Острополем ми збираємося із військами і нурадин-солтан з нами». Ці заходи були невипадковими, бо Москва розгорнула підготовку до потужного наступу проти Речі Посполитої, війська під командуванням боярина Василя Шереметєва (Шеремета) просувалися до Любара (з ними був і корпус козаків під командуванням заклятого ворога Виговського Тиміша Цицюри), а з південного сходу до них йшли на зближення українські сили гетьмана Юрія Хмельницького. Військове командування Речі Посполитої разом з ханом діяли рішуче і під Любаром зупинили Шеремета, який з боями став пробиватися на Чуднів. У боях під Любаром відзначився Виговський, який командував окремим козацьким загоном. Коли Шеремета взяли в міцне кільце, частину військ було перекинуто під Слободища, куди наближався Юрій Хмельницький. Саме кіннота Виговського і ординці зупинили рух нового гетьмана, а присутність самого Виговського у війську Речі Посполитої стала важливим деморалізуючим чинником для військ Хмельницького. Дещо пізніше під Слободищами почалася жорстока битва. Хоча вона закінчилася безрезультатно, але потягла за собою значні жертви. В таборі Юрія Хмельницького посилилися суперечності: чимало козаків не хотіло воювати далі задля порятунку ненависного Шеремета, котрий перед походом навіть погрожував Богу («не буду Тебе мати за Бога й Спасителя, якщо Ти не подаси мені до моїх рук Королівства ляського і короля, щоб я видав їх великому государю!»). Почалися переговори, які завершилися підписанням Слободищенського договору 27 жовтня 1660 р. Він нагадував Гадяцький договір, але був тяжчий для України. Вже не згадувалося про «Велике князівство руське», а Гетьманщина опинялася під владою Речі Посполитої як автономна одиниця. Було прийнято капітуляцію Шереметєва, котрий від імені царського уряду відмовлявся від претензій Москви на Україну і обіцяв вивести всі московські гарнізони з українських міст (ці пункти цар Олексій відмовився виконувати).
Але гетьманом залишився Юрій Хмельницький. Дипломатія Речі Посполитої робила все можливе, щоб на цій посаді не було такого сильного політика, яким був Виговський; вони віддали перевагу слабкому Хмельниченку, у якого булава вивалювалася з рук. На лівому ж боці Дніпра де-факто влада була в руках його рідного дядька по матері Якима Сомка, що дотримувався промосковської орієнтації.
Як влучно відзначив сучасний польський дослідник П. Кроль, «Виговський відійшов, але не думав відходити в тінь. Він був найважливішим світським сенатором у Руському князівстві, мав певні впливи серед старшини і був досвідченим політичним гравцем». Колишній гетьман осів у подільському місті Бар, яке йому належало, як і Любомль (король надав йому і Барське староство), але не відмовився від намірів повернення на Гетьманщину. 18 лютого 1661 р. він написав листа з Любомля до князя Богуслава Радзивила, що свідчить про контакти обох з Кримом через шляхтичів Яцевича та Гноінського. 10 червня того ж року Виговський знову звернувся з Любомля до того ж князя в сеймових справах. Ставши барським старостою, Виговський зблизився з подільським земським писарем Криштофом Кавецьким та його дружиною Анною Віжеховською. Колишній гетьман уклав угоду з цим подружжям, передавши їм війтівство у містечку Ялтушков під гарантію у 20 тис. зл.
Навесні 1662 р. Виговський проводив якісь секретні переговори з Ю.Хмельницьким, можливо, саме з приводу свого повернення на Гетьманщину. У 1662 р. Виговський знову побував у Львові разом з Єжі Любомирським, коронним гетьманом, переможцем Шеремета. Про цю подію свідчить львівський мемуарист Марцін Голинський, який навів також стислий опис зовнішності колишнього гетьмана у той період. «Людина висока, ніс великий, борода жовта». З інших джерел відомо, що Виговський вписався того ж року до Львівського православного братства. Він проводить активне дипломатичне листування з Кримським ханством та Османською імперією. Він був дуже невдоволений обмеженням прав «Великого князівства Руського» на сеймі 1659 р. і його повною ліквідацією Слободищенським трактатом 1660 р.