Господство на Балтике – также условие для испытаний и боевой подготовки подводных лодок нового типа, так как балтийские порты – очень важные базы для учебного флота. Это были подводные лодки новейших типов XXI и XXIII, представлявшие собой технический прорыв. Гитлер желал использовать их для перехвата инициативы на море и ликвидации коммуникаций между США и Великобританией (5, s. 624–625).
Генералы тоже соглашались на эвакуацию с тяжелым сердцем. Психологический фактор был не менее важным, так как население Прибалтики в большинстве своем опасалось прихода советских властей. Ранее оно уже было покинуто Германией в результате пакта Риббентропа – Молотова в 1939 году. В ходе советизации Прибалтики часть населения подверглась репрессиям. Как результат, некоторое количество населения вступило в подразделения СС после нападения Германии на СССР.
С военной точки зрения, немецкое военное командование понимало, что имеющимися в наличии силами удержание Северной Прибалтики – невыполнимая задача. Поэтому генералитет требовал немедленной эвакуации. В противном случае были бы потеряны не только базы и материалы для промышленности, но и все размещенные в регионе военные силы. Более того, всей ГА «Север» угрожало уничтожение. Дивизии, высвобожденные отходом за реку Двину, должны были поддержать ГА «Центр» ударом с севера во фланг наступающих советских войск. Это главное решение оставалось единственным путем для спасения обеих групп армий. Командующий люфтваффе рейхсмаршал Геринг поддерживал мнение сухопутных генералов и умолял Гитлера об отходе за Двину.
Удивительно, но морские соображения Гитлера встретили скептическое отношение со стороны командования флота. В рапорте капитана Асмана, главы морского отдела оперативного штаба вермахта, аргументы Гитлера были трезво проанализированы и в конце концов опровергнуты. Он счел, что негативные последствия эвакуации Эстонии преувеличены Гитлером. Кроме того, капитан оценил угрозу действий советского флота как незначительную. Также Асман поддержал точку зрения Хойзингера, начальника оперативного отдела Генерального штаба сухопутных сил, что Восточная Пруссия не может быть защищена без войск ГА «Север», и охарактеризовал отход за Двину как меньшее зло. Он добавил, что если ГА «Север» будет окружена, то едва ли ее можно будет снабжать длительное время. Заключение рапорта Асмана было следующим: удержание Данцигской бухты более важно, чем утрата контроля над побережьем Прибалтики.
Авторы труда «Германия во ВМВ» критикуют точку зрения, что командующий кригсмарине адмирал Дениц просил Гитлера удержать «Балтийскую крепость» любой ценой. 9 июля в штаб-квартире Гитлера состоялась конференция, имевшая важнейшее значение для дальнейшей судьбы советско-германского фронта, в которой приняли участие также командующие ГА «Север» и «Центр». Дениц сообщил, что, с точки зрения флота, утеря Прибалтики окажет сильное негативное влияние. Поэтому Гитлер склонился к точке зрения флота, приказав ГА «Север» оставаться в Эстонии. Важно отметить, что в ходе конференции было вновь запрошено мнение Деница, в этот момент оно стало противоположным. Он теперь склонился к мнению сухопутных командующих, считавших, что удержание Эстонии не будет иметь ценности в случае прорыва советских войск южнее к Литве или побережью Восточной Пруссии. Установив здесь авиационные базы, советская авиация сможет контролировать Балтийское море отсюда. Дениц заключил, что всем требованиям, включая оставление Эстонии, нужно подчиниться в целях избежания русского прорыва к Балтийскому морю. Таким образом, адмирал последовал настойчивым советам офицеров своего штаба, которые с конца июня выступали за отход ГА «Север» из Прибалтики. По их мнению, группа армий «должна уйти из клещей, прежде чем они сомкнутся» или ее ждет судьба ГА «Центр». Тем не менее в ходе дальнейших событий войны Дениц временно сблизился с точкой зрения Гитлера (5, s. 626).
Проблемой ГА «Север» был Полоцк. Обозначенный Гитлером как крепость, он был краеугольным камнем ГА «Север» на стыке с ГА «Центр». Когда советские войска 23 июня начали операцию «Багратион», Витебск был в течение нескольких дней окружен и 3-я танковая армия была разгромлена. Ее остатки были отброшены на запад, оставив южный фланг ГА «Север» у Полоцка висящим в воздухе у Полоцка. 6-я гвардейская армия и танковые соединения 1-го Прибалтийского фронта немедленно ворвались в разрыв, названный «Балтийская дыра». К концу июня брешь достигла ширины 40 км.
Исходя из общей благоприятной обстановки, сложившейся в результате разгрома ГА «Центр», Ставка ВГК приняла решение уничтожить выдвигавшиеся резервы врага и выйти к западным границам СССР. Для этого планировалось силами 1-го Прибалтийского и 3-го Белорусского фронтов нанести удар в Прибалтике с целью освобождения Латвии, Литвы и отсечения группы армий «Север» от остальных группировок вермахта.