Защита диссертации прошла блестяще — Вальтеру Гюнше была присвоена ученая степень доктора антропологии.
В дальнейшем молодой профессор успешно сотрудничал в отделе планирования рейхскомиссариата по консолидации германского народа под руководством обергруппенфюрера СС Ульриха Грейфельда. Одновременно он продолжал свою научную деятельность в Берлинском университете и принял непосредственное участие в разработке документов, которые были положены в основу «Генерального плана ОСТ». В годы военных испытаний, как истинный немецкий патриот, доктор Вальтер Гюнше добровольно сменил университетскую кафедру и профессорскую мантию на военный мундир, благо его гражданская, теоретическая специальность приобретала в это время все больший практический спрос. В завершение своих научных изысканий Гюнше предложил в качестве офицера личные услуги одной из вновь создаваемых на Восточном фронте эйнзатцгрупп. (Такие группы были образованы при штабе каждой полевой армии на русском театре военных действий. Задачей их было обеспечение безопасности на оккупированных территориях и практическая реализация «Генерального плана ОСТ».)
Предложение Гюнше было принято, и он, руководствуясь давними идеями своей «геополитической» диссертации, заручившись поддержкой Грейфельда и Хетлинга, а также действуя в прямом контакте с начальником эйнзатцгруппы «Д» Отто Олендорфом, приступил к формированию личного состава своей специальной зондеркоманды.
У доктора антропологии был богатый выбор — в эйнзатцгруппе «Д» насчитывалось около тысячи бывших рядовых и офицеров гестапо, СД, уголовной полиции, СС и так называемой полиции порядка. Попасть в отряд Отто Олендорфа стремились также многие военнослужащие из полевых частей вермахта — подразделения эйнзатцгруппы были расположены в тылу, за много километров от линии фронта. Но Гюнше был прежде всего ученый, у него существовала своя, индивидуальная точка зрения на принципы подбора личного состава зондеркоманды. Кроме того, за ним наблюдали из Берлина, и поэтому руководство группы «Д» предоставило Гюнше полную свободу действий в комплектовании его специальной команды.
И Гюнше формировал свою зондеркоманду только из русских, добровольно перешедших на немецкую сторону. Он разъезжал по лагерям военнопленных, где полицейскую службу несли русские, и тщательно знакомился с личными делами полицаев и предателей, интересуясь самыми жестокими, самыми беспощадными к своим соотечественникам.
Наконец все было готово — люди, оружие, транспорт. Двадцать крытых, мощных грузовиков и два легковых «опеля» — так выглядело детище Вальтера Гюнше в походном порядке.