10 января 1631 года Падилью перевели из замка Пиццигеттоне, куда он был брошен, в Милан и поместили в тюрьму капитана справедливости. Его допросили в тот же день, и если бы потребовалось доказательство того, что те же судьи могли вести дело без обмана, мошенничества и насилия, не искать несообразностей там, где их не было, довольствоваться разумными ответами, признавать даже в таком деле, где речь шла о болезнетворных мазях, что обвиняемый может быть прав, говоря «нет», достаточно было бы обратиться к этому допросу и к двум другим, учиненным Падилье.
Два единственных свидетеля, заявивших о сговоре с ним, — Мора и Баруэлло, — указали также, первый приблизительно, второй — точнее, время, когда это произошло. Судьи спросили Падилью, когда он уехал в лагерь. Тот назвал определенную дату. Откуда он выехал, направляясь туда? Из Милана. Возвращался ли за это время обратно? Один-единственный раз и задержался в Милане всего на один день, который он точно назвал и который никак не совпадал ни с одной из дат, выдуманных обоими беднягами. Тогда без всяких угроз, по-хорошему его просят «припомнить», не находился ли он в Милане тогда-то и тогда-то. И в том и в другом случаях ответ был отрицательным в полном соответствии с первоначальным ответом. Тогда его стали расспрашивать о людях и о местах, связанных с преступлением. Знает ли он некоего Фонтану, бомбардира? Это был зять Ведано, и Баруэлло назвал его в числе тех, кто присутствовал якобы при первом свидании. Падилья ответил утвердительно. Знает ли он Ведано? Да, конечно. Известно ли ему, где находится улица Ветра де Читтадини и таверна Шести Висельников, куда, как говорил Мора, приходил Падилья в сопровождении дона Пьетро ди Сарагоса якобы для того, чтобы сделать ему предложение о заражении чумой всего Милана. Падилья ответил, что он и слыхом не слыхал ни о такой улице, ни о такой таверне. Его спросили о доне Пьетро ди Сарагоса. Такого Падилья не только не знал, но и вряд ли мог себе представить. На вопрос о двух неизвестных, одетых на французский манер, и о каком-то еще третьем человеке, одетом как священник, которые, по словам Баруэлло, являлись на свидание на замковую площадь, Падилья ответил, что не понимает, о ком идет речь.
На втором допросе, состоявшемся в конце января, его стали расспрашивать о Мора, Мильявакке, Баруэлло, о свиданиях с ними, о переданных им деньгах, о данных им обещаниях, не упоминая, однако, об истории, с которой все это было связано. Падилья отвечал, что никаких дел с этими людьми не имел, никогда о них не слыхал и вообще его не было в это время в Милане.
По прошествии более чем трех месяцев, потраченных на доследование, которое, как можно было ожидать, не принесло ничего существенного, сенат постановил считать Падилью виновным на основании установленных ранее фактов, ознакомить подсудимого с обвинением и дать ему срок для защиты. Во исполнение этого постановления подсудимый был вызван на новый, последний допрос 22 мая. На заданные ему вопросы по всем пунктам обвинения Падилья сухо и неизменно отвечал отрицательно, тогда судьи перешли к сути дела, то есть выложили ему без стеснения ту немыслимую, вернее, две немыслимых истории, о которых мы знаем. Первая состояла в том, что он, обвиняемый, просил брадобрея Мора «возле так называемой таверны Шести Висельников изготовить особую мазь… которую тому надлежало держать у себя и время от времени заражать (мазать) ею стены города». В награду за это цирюльнику было выдано много дублонов. Кроме того, дон Пьетро ди Сарагоса, по распоряжению Падильи, направлял означенного цирюльника к таким-то и таким-то ростовщикам за получением еще одной суммы денег. Но эта история не годилась и в подметки другой, в которой утверждалось, будто он, господин обвиняемый, вызвал Стефано Баруэлло на площадь к замку и сказал ему: «Добрый день, господин Баруэлло, давненько мне хотелось поговорить с вами». Наговорив ему кучу любезностей, Падилья дал ему якобы двадцать пять дукатов и горшок с мазью, присовокупив, что она изготовлена в Милане, но сделана не совсем правильно и что поэтому надо «наловить жерлянок и гадов (жаб и ящериц), залить их белым вином, поместить в кастрюлю и потушить на медленном огне (потихоньку, не спеша) с тем, чтобы эти гады могли пустить яд». При этом священник, «названный Баруэлло французом» и пришедший вместе с обвиняемым, явил на свет некое существо «в человеческом обличье и в одежде Панталоне». Обвиняемый якобы представил его Баруэлло как своего господина, а когда тот исчез, то на вопрос Баруэлло ответил, что это был сам дьявол. В другой раз обвиняемый снова якобы дал деньги Баруэлло и обещал сделать его лейтенантом в своем отряде, если тот сослужит ему хорошую службу.