Надо сказать, что эта особенность исследований М. Д. Шаргородского не осталась незамеченной, и когда спустя некоторое время в стране началась «борьба с космополитизмом» и «низкопоклонничеством перед Западом», в приказе Министерства высшего образования СССР от 26 мая 1949 г. отмечалось, что в монографии «Преступления против жизни и здоровья» имеет место «…объективизм, преклонение перед иностранщиной», а в служебной характеристике (апрель 1949 г.) указывалось, что «в работах проф. Шаргородского М. Д. (“Преступления против жизни и здоровья”) без нужды чрезмерно использована буржуазная юридическая литература, с которой местами солидаризируется автор».
В 1948 г. выходит еще одна крупная работа ученого – «Уголовный закон» (22 п. л.), являвшаяся первым монографическим исследованием проблем уголовного закона в советском уголовном праве. Источники уголовного права, система и структура уголовного закона, техника уголовного законодательства, толкование уголовного закона, аналогия в уголовном праве, действие закона во времени и в пространстве, международное уголовное право, выдача преступников и право убежища – это неполный перечень проблем, рассмотренных как в историческом аспекте, так и с позиции современного отечественного и зарубежного уголовного права. Монография «Уголовный закон» и в наше время заслуженно привлекает внимание специалистов, изучающих историю и теорию уголовного закона.
В 50-е годы особое внимание в своих исследованиях М. Д. Шаргородский уделяет проблемам наказания. Последние к тому времени крупные работы по теории уголовного наказания были написаны еще в первой половине 20-х годов учеными старой школы С. В. Познышевым и А. А. Жижиленко. М. Д. Шаргородский готовит к изданию и публикует две монографии: «Наказание по уголовному праву эксплуататорского общества» (1957 г.) и «Наказание по советскому уголовному праву» (1958 г.). Как и в предыдущих работах, в основу этих книг был положен огромный исторический и законодательный материал, осмысление опыта предыдущих исследований. Рассуждая о содержании наказания и его целях, автор пришел к выводу, что в современном праве кара, страдания являются неизбежными свойствами, содержанием наказания, но не его целями, каковыми должно признаваться лишь предупреждение совершения преступлений как самим преступником, так и другими лицами. «Свойство оказывать предупредительное воздействие на преступника и окружающих есть объективное свойство самого наказания, – писал автор, – оно было имманентно наказанию даже тогда, когда законодатель еще не отдавал себе отчета в этом его свойстве. С этой точки зрения спор классического и социологического направлений в буржуазном уголовном праве не имел большого практического значения, ибо и наказание у классиков, и меры социальной защиты у социологов объективно способны привести к разрешению и общих, и специальных превентивных целей. Однако тогда, когда эти свойства наказания осознаны и становятся целью его применения, на первое место может выдвигаться и выдвигается одно из этих свойств в качестве основной цели, а это уже влияет на систему и характер наказаний» (Наказание по советскому уголовному праву. М., 1958. С. 16).
Исследование уголовного наказания, проведенное М. Д. Шаргородским, как бы дало мощный толчок, и вслед за ним многие ученые – Н. А. Беляев, И. И. Карпец, И. М. Гальперин, А. Л. Ременсон, И. С. Ной, Н. А. Стручков и др. – стали основательно изучать широкий спектр проблем, связанных с наказанием. Сам же ученый также не утратил интереса к этой проблематике. Незадолго до смерти в 1973 г. была издана последняя его книга «Наказание, его цели и эффективность», где особое внимание уделялось понятию и критериям эффективности наказания и условиям, обеспечивающим ее достижение.
В 1957 г. создается общесоюзный журнал «Правоведение», и М. Д. Шаргородский назначается его главным редактором. Уже первые номера журнала показали высокий уровень публикаций, и в скором времени «Правоведение» заслуженно приобрело известность ведущего научно-теоретического периодического издания в СССР в области юридических наук.
Научные интересы М. Д. Шаргородского не ограничивались кругом уголовно-правовых проблем. В 1961 г. в соавторстве с другим выдающимся ученым Ленинградского государственного университета профессором-цивилистом Олимпиадом Соломоновичем Иоффе он пишет книгу «Вопросы теории права», где рассматриваются такие вопросы, как сущность права, норма права, правоотношение, законность и правопорядок, понятие и основание юридической ответственности, система права и систематика юридических норм. Глубина изложения теоретических вопросов права, оригинальность авторских суждений по многим из них делают эту монографию актуальной и по настоящее время.