Реформой необходимо было управлять, именно с этой целью была создана Государственная комиссия Совета Министров СССР по экономической реформе. Комиссия должна была разрабатывать научные основы и принципы управления экономикой в условиях радикальной реформы, осуществлять подготовку предложений по совершенствованию различных элементов хозяйственного механизма, организацию изучения зарубежного опыта. Она должна была также осуществлять координацию деятельности центральных экономических органов по подготовке методических и нормативных актов, необходимых для осуществления экономической реформы. В составе комиссии были достаточно квалифицированные и известные экономисты того времени, среди них академики А. Аганбегян и С. Шаталин, член-корреспондент АН СССР В. Мартынов, крупные специалисты по проблемам управления – профессора Р. Евстигнеев, Г. Егиазарян, Б. Мильнер. Целью функционирования комиссии была разработка концепции радикальной экономической реформы.
Концепция была разработана. Это был теоретический прорыв, поскольку в ней были заложены все основные идеи, подходы и принципы, которые в последующем легли в основу принимаемых законов и практических шагов правительства. Новая хозяйственная система стала включать в себя следующие элементы: многообразие форм собственности, их равноправие и соревнование; зарабатываемость доходов, их распределение в соответствии с вкладом в конечный результат; превращение рынка (в сочетании с государственным регулированием) в главный инструмент координации деятельности участников общественного производства; государственное регулирование экономики на основе гибкого экономического и социального планирования; обеспечение социальной защищенности граждан, как важнейшая задача государства. Значительной работой стало проведение сравнительного анализа возможных вариантов или альтернатив перехода к рыночной экономике. Наиболее приемлемым вариантом в концепции был назван радикально-умеренный, именно такой вариант поддерживал Абалкин и его команда, которой за время работы удалось все-таки, создать правовой каркас реформы, принять ряд основополагающих законодательных актов – о собственности и земле, об аренде и акционерных обществах, о Госбанке СССР и банковской системе, о подоходном налоге и налоге на прибыль, о демонополизации экономики и ее разгосударствлении, о малых предприятиях и предпринимательской деятельности. Именно благодаря деятельности комиссии и самого Абалкина в стране реально начали развиваться процессы создания смешанной экономики, представленной предприятиями различных форм собственности, возникли первые акционерные общества, арендные предприятия и кооперативы, фермерские хозяйства. В это время создаются в огромном количестве коммерческие и кооперативные банки. Возникали товарные и фондовые биржи.
Но, пожалуй, самым важнейшим результатом работы комиссии и событий начала девяностых годов стал радикальный сдвиг в мировоззрении большинства людей.
Возможно, дальнейшие согласованные действия комиссии, претворение наметившихся планов и соблюдение разработанных законов могли помочь избежать дальнейших кризисов в стране, но в стране до крайности обострилась политическая ситуация. Произошла отставка правительства.
Сейчас, по прошествии более чем десяти лет, становится ясно, что концепция экономических реформ, разработанная под руководством Л.И. Абалкина, не только не устарела, но, наоборот, является все еще актуальной, разумеется, с учетом современных реалий. По мнению многих отечественных и зарубежных экономистов, она все еще остается самой серьезной, глубоко просчитанной и теоретически обоснованной программой действий.
Абалкин являлся советником первого Президента СССР с мая по декабрь 1991 года. После распада СССР не ушел с политической арены. Участвовал в руководстве разработки альтернативной экономической программы в начале 1994 года. По его мнению, России нужна не западная либеральная разновидность рынка, а социально ориентированная модель экономики, напоминающая китайскую. В 2000 году он выступал с критикой программы Германа Грефа на заседании Госдумы выступил с критикой программы Германа Грефа. Он обвинял его в слепом переписывании либеральных догм и переносе их в российскую среду, при этом не учитывая российских традиций и исторических условий.