Повышение статуса не принесло Фрэнсису ожидаемого удовлетворения. Об этом свидетельствует запись, сделанная в июле следующего года в его дневнике, не предназначенном для чужих глаз — этот дневник был обнаружен лишь в 1848 году, — где он коротко рассказывает о своем настроении после получения поста генерального стряпчего: «Теперь, когда фортуна повернулась ко мне лицом, я стал еще более склонен к меланхолии и хандре, особенно во время долгих каникул, когда не с кем разделить общество и нет общих дел, ибо, получив место генерального стряпчего, я стал ощущать, что самочувствие мое ухудшается и усиливается тревога…»
Он перечисляет симптомы, которые «наблюдал у себя много лет назад, словно проснулся с похмелья: отвращение к мясу, разбитость, головокружение и пр.». Склонность к ипохондрии, от которой страдал брат Энтони, начала овладевать и им, и в дневнике часто встречаются рецепты от несварения, расстройств желудка и «дурных туморов» — словом, чуть ли не от всех болезней, которые влияют на состояние нашего внутреннего «я».
Одной из привычек, которую он никак не мог побороть, был послеполуденный сон или же сон сразу после обеда, который «вызывает вялость, тошноту, озноб». Он просыпался от болей в боку или в животе ниже пупка, избавиться от них можно было или приняв касторового масла, или переменив положение. Присутствие молодой жены в такие минуты явно не улучшало его состояние, а лишь еще больше раздражало. К счастью, к тому времени сестра Элис Дороти, которая была моложе ее на год, тоже нашла себе мужа, некоего Джона Констебла, молодого адвоката из Грейз инна, которого хорошо знал Фрэнсис. Они поженились в 1607 году, и его величество, явно по просьбе своего нового генерального стряпчего, в октябре возвел молодого мужа в рыцарское достоинство. За какие заслуги Джону Констеблу была оказана такая честь, мы не знаем, однако поскольку сестры и зятья были дружны, Фрэнсиса больше не мучили угрызения совести в отношении его собственной жены. Когда Элис хотелось развлекаться, а он был не в духе, Констеблы брали ее с собой.
К его заботам и тревогам прибавилась еще одна: его молодой друг Тоби Мэтью, принявший в Италии католичество, что до сих пор сохранялось в глубокой тайне, в августе 1607 года вернулся в Англию. Поскольку он был сыном нынешнего архиепископа Йоркского, эту тайну вряд ли удалось бы долго сохранить; и как ни мучительно это было генеральному стряпчему, его долгом было сообщить архиепископу Кентерберийскому доктору Банкрофту, что молодой человек не только находится сейчас в Лондоне, но и твердо намерен оставаться в католическом вероисповедании. Тоби, красивый, остроумный, до нынешнего возвращения не слишком глубоких познаний, уехал против воли родителей в Европу путешествовать, жил во Флоренции, в Сиене, в Риме и теперь прекрасно говорил по-итальянски. Во время своих странствий и, возможно, под влиянием иезуитов Тоби повзрослел, и хотя Фрэнсис не мог простить ему его католического отступничества, это был именно тот интеллект, в котором он так нуждался, чтобы помочь ему выйти из очередного приступа меланхолии и начать обсуждать «Cogitata et Visade Interpretatione Naturae» («Мысли и заключения относительно истолкования природы», латинского трактата, над которым Фрэнсис сейчас трудился), а также поддержать его замысел другого большого сочинения, которое он замыслил и которое пока предпочитал называть «Instauratio Magna» («Великое восстановление наук»).
К сожалению, все попытки ученых богословов, включая и архиепископа Кентерберийского, убедить Тоби отречься от нового вероисповедания оказались тщетными, и Тоби заключили в тюрьму Флит. Однако Фрэнсис, как обнаружили досужие хроникеры-любители, продолжал с ним видеться. «Тоби позволено посещать сэра Фрэнсиса Бэкона в сопровождении своего тюремщика в любое время, когда бы он того ни пожелал, так что у него есть надежда на дальнейшие послабления». Так писал Дадли Карлтон своему корреспонденту Джону Чемберлену. 3 октября 1607 года Тоби исполнилось тридцать лет, а поскольку через месяц, 5 ноября, наступала вторая годовщина Порохового заговора, Фрэнсис хорошо понимал, что близость этих дат может навредить его молодому другу в глазах властей. В письме к Тоби, написанном, вероятно, в это время, но без указания даты, Фрэнсис говорит: «Не думайте, что я забыл Вас или что мое отношение к Вам изменилось. Но для того, чтобы помочь Вам, я должен обладать большим влиянием, чем я имею сейчас. То, о чем мне рассказывают, глубоко меня огорчает: по слухам, Вы становитесь все более резким и нетерпимым, что вызывает у меня величайший страх за исход дела, которое вообще не должно было возникать. Лично у меня нет сомнений, что Вы оказались злосчастной жертвой людей, которые ввели Вас в искушение; но то, что вызывает у меня сострадание, другие склонны сурово осудить… И я всем сердцем прошу Вас: задумывайтесь иногда о том, какую страшную роль в пресловутом Пороховом заговоре сыграла ересь; ведь если до конца это осознать, то иначе как адом на земле задуманное заговорщиками злодейство не назовешь; и потому мы справедливо осуждаем язычников, ибо ересь хуже, чем безбожие; не иметь Бога вообще гораздо меньшее зло, чем не почитать его божественное величие и благо. Дорогой мистер Мэтью, сойдите с пути, ведущего к гибели».