Первыми трехмоторными Ju-52 стали модернизированные самолеты Ju-52ces (Werk. Nr. 4008 и 4009), их переоборудовали на заводе в Дессау в начале 1932 г. Помимо установки трех звездообразных моторов, был внесен ряд других изменений в конструкцию: в средней части фюзеляжа прорезаны по два прямоугольных иллюминатора, в задней части правого борта сделана двустворчатая дверь. После модернизации самолеты получили обозначение Ju-52/3m de, первый из них (Werk. Nr. 4008) впервые поднялся в воздух на трех моторах 7 марта 1932 г. Оба самолета в короткий срок прошли испытания. Уже летом 1932 г. аэропланы отправили заказчику — боливийской авиакомпании Lloyd Aero Boliviano (LAB). Коммерческая эксплуатация самолетов Ju-52/3m de началась в октябре 1932 г.
Вслед за LAB три Ju-52/3m заказали ВВС Колумбии (Fuerza Aerea Colombiana). Эти машины (Werk. Nr. 4010 — 4012) также были переделаны из одномоторных Ju-52. Колумбийские самолеты стали первыми Ju-52/3m, принявшими участие в боевых действиях. 31 августа 1932 г. перуанские войска оккупировали стратегически важный порт Летиция, расположенный в верховьях Амазонки. Этот район Амазонии являлся предметом территориального спора между Перу и Колумбией. В ответ на действия перуанцев президент Колумбии Энрике Олайя Геррера направил к Петиции армейские подразделения при поддержке трех самолетов Ju-52/3m. В июле 1933 г. контроль Колумбии над спорным районом закрепила Лига Наций.
Боливийская авиакомпания LAB получила третий Ju-52/3m de (Werk. Nr. 4018), его эксплуатация началась 17 сентября 1932 г. Самолет получил в Боливии собственное имя «CHOROLOQUE». Самолет имел по семь прямоугольных окон в правом и левом бортах фюзеляжа. В верхней части фюзеляжа, сразу за кабиной летчиков, имелись вентиляционные отверстия, большинство Ju-52 имели вентиляционные отверстия в кормовой части фюзеляжа. «CHOROLOQUE» разбился в результате летного происшествия 17 января 1936 г.
Первый Ju-52/3m, который изначально строился как трехмоторный, стал самолет Ju-52/3m се (Werk Nr. 4013). Машину получила авиакомпания DLH, здесь он получил собственное имя «BOELCKE». Регистрационный номер этого самолета D-2201 вскоре был заменен на D-ADOM в связи с общей сменой системы регистрации воздушных судов Германии (четырехзначные номера заменялись четырехзначными буквенными кодами). На Ju-52/3m се стояли 9-цилиндровые звездообразные моторы воздушного охлаждения BMW «Хорнет-А» мощностью по 525 л.с. Эти двигатели являлись нелицензионными копиями моторов Пратт-энд-Уитни «Хорнет». По бортам фюзеляжа имелось по семь окон, а в задней части по левому борту — небольшая дверь. На этом самолете Flugkapitan Вилли Польте одержал победу на 3-х международных Альпийских авиационных соревнованиях в Цюрихе 28 июня 1932 г.
Самолет Ju-52/3m се (D-2463, Werk Nr. 4019) авиакомпании Дойче Люфтганза — последний прсдсерийный пассажирский самолет, построенный на заводе фирмы Юнкерс в Дессау. На верхней поверхности фюзеляжа хорошо виден воздухозаборник для вентиляции кабины. Самолет имеет цвет неокрашенного металла, только полосы на крыле, носовая часть фюзеляжа и надписи — черные. После смены в 1934 г. системы регистрационных обозначений летательных аппаратов Германии, самолет получил регистрационный номер D-AF1R.
Ju-52/3m de «CHOROLOQUE» (Werk Nr. 4018) авиакомпании Lloyd Aero Boliviano сфотографирован в перерыве между полетами. Кольцо Тауненда на среднем двигателе не установлено. Воздухозаборник вентиляции кабины находится в передней части фюзеляжа, в то время как на большинстве самолетов он находился в задней части фюзеляжа.
Вторым Ju-52/3m авиакомпании Люфтганза стал самолет Werk. Nr. 4015, поставленный 10 сентября 1932 г. Он получил регистрационный номер D-2202 (изменен на D-ADYL в 1934 г.) и собственное имя «RICHTHOFEN». Еще на заводе на крыльевые двигатели были поставлены кольца Тауненда, позже кольцо Тауненда установили и на средний мотор. «Рихтогофен» выполнил первый полет на линии Мюнхен-Милан-Рим 1 ноября 1932 г.
Самолет Ju-52/3m се имел размах крыла 29,3 м, длину 18,9 м и высоту 6,1 м. Масса пустого составляла 535 кг, максимальная взлетная масса — 9200 кг, максимальная скорость — 290 км/ч, крейсерская скорость 250 км/ч. Дальность полета — 910 км. Экипаж машины — два пилота и радист. Самолет мог перевозить 17 пассажиров.
Ju-52/3m ce (Werk Nr. 4017) с поплавковым шасси купила шведская авиакомпания АВ Aerotransport. Сборка машины, из узлов, изготовленных на заводе в Десау, осуществлялась фирмой АВ Flygindustri в Лимхамме, Швеция. Этот Ju-52/3m се получил регистрационный номер «SE-ADR», первый полет машина совершила 1 июля 1932 г., но в этом же полете была разбита при вынужденной посадке.