В налетах на Мальту участвовали еще две части морской авиации, Kuestenfliegergruppe KueFlGr 806 и 506, оснащенные самолетами Ju 88А.
Бомбардировщики и разведчики Ju 88 использовались во время балканской кампании против Югославии и Греции. К началу боевых действий на юге Европы Ju 88 состояли на вооружении следующих частей: Luftflotte 4 – Stab. I./KG 51 и II./KG. базирующиеся в Винер-Нойщтадте (Австрия): III. KG5I в Вене-Швехат; 4.(F)/121 в Сайринге (Австрия); I./LG I в Крумово (Болгария). Кроме того, в балканской кампании, по-видимому участвовали II./LG 1 и III./LG 1.
Утром 6 апреля 1941 года Ju 88 и Ju 87 атаковали аэродромы Велес, Скопье и Стип. Бомбардировщики из KG 51 участвовали в налетах на Белград. Три Ju 88 были повреждены югославскими истребителями. На следующий день Ju 88 из KG 51 продолжили налеты на Белград, на этот раз потери были высоки. Три бомбардировщика (9L-GL. 9L+MK и 9К+КН) из I./KG 51 были сбиты югославскими истребителями, а два самолета, получивших повреждения, разбились, совершая вынужденную посадку на аэродромы Арад и Речита в Румынии. 12 апреля «Hurrikane» из 4-го югославского авиационного полка сбил в районе Баня-Луки Ju 88А из II./KG 51 (9K+LP, пилот оберлейтенант X.Вестей (Westen)). Над аэродромом Мостар югославский «Hurrikane» атаковал самолет сержанта Гюгельса (Guegels) из II./KG 51, однако немецкий стрелок оказался искуснее. 13 апреля Юнкерсы Ju 88 из KG 51 бомбардировали курорт Илиджа – место дислокации эвакуационного правительства Королевства Сербов, Хорватов и Словенцев (так в то время официально называлась Югославия).
FuG-220/228 «Лихтенштейн» SN-2/SN-3. РЛС FuG-220 являлась продуктом фирмы Телефункен, по была снабжена четырьмя антеннами Hirschgeweih, которые с различных формах широко применялись на самолетах Ju-88G. Первые РЛС «Лихтенштейн» SN-2h дополнялись радиолокаторами FuG-212, которые «закрывали» мертвую зону РЛС SN-2 на ближних дистанциях. В этом случае на самолете ставились еще и антенны Matratzen (как на снимке вверху), или же, чаще, одна широкоугольная антенна Weitwinkel. Улучшенный радиолокатор FuG-220 позволил отказаться от использования РЛС FuG-212 в случае монтажа РЛС SN-2c. Следом появилась РЛС SN-2d с диполями, расположенными под углом 45 градусов (внизу). По крайне мере, один Ju-88 был оборудован РЛС SN-2 с диполями, установленными над и под фюзеляжем. В РЛС SM-3 использовались ножевидные антенны, было изготовлено только десять комплектов таких радиолокаторов.
FuG-218 «Нептун» VR/GR. РЛС «Нептун» VR была разработана фирмами Флюгфунк Фаршунгзашшайт и Сименс. РЛС объединила в одну систему поисковый радиолокатор и радиолокатор защиты хвоста. Антенны устанавливались в носовой и хвостовой частях фюзеляжа. Носовая антенна представляла собой четыре диполя, установленной на одной центральной штанге. Эти антенны получили название Morgenstern, они ставились как открыто (на снимке слева, Ju-88G-6 из Stab II./XJG-5), так и под радиопрозрачным обтекателем (на снимке справа). РЛС «Нептун» GR отличалось повышенной мощностью излучения и могла работать на одной из шести выбираемых частот.
FuG-240/l «Берлин» N-la. РЛС «Берлин» разработана фирмой Телефункен на основе трофейного британского радиолокатора H2S. РЛС сантиметрового диапазона «Берлин» до конца войны успели установить всего на десяти самолетах Ju-88, включая один Ju-88G-7 из NJG-4 (на снимке). РЛС работала в диапазоне длин волн 9 – 9,3 см на чистоте примерно 3 ГГц. В то время не существовало помех для работы такой РЛС. Параболическая антенна РЛС монтировалось под примитивным деревянным обтекателем.
Немецкие самолеты действовали не только против Югославии, но также и на итальянско-греческом фронте. Ju 88А из III./ KG 30 вместе с Не 111Н из 2./KG 4 совершили налет на порт Пирей. Юнкерсы прошлись на бреющем полете, а Хейнкели поставили мины на рейде порта. В 20:35 порт атаковали самолеты из 7./KG 30, которыми командовал капитан Хайо Херрманн (Herrmann). Ju 88А забросали бомбами суда, стоявшие в порту. Три бомбы угодили в судно «Клан Фразер» («Clan Fraser»), груженное 250 тоннами тротила. Взрыв уничтожил практически весь порт и вызвал детонацию боеприпасов на судне «Сити-оф-Рубе» («City of Roubaix»), предназначенные для Турции. Всего на дно пошло 11 судов, несколько было повреждено. Повреждения получили и несколько английских военных кораблей: легкие крейсера «Перт» («Perth»), «Аякс» («Ajax»), и крейсер ПВО «Калькутта» («Calkutta»). Порт был полностью разрушен и начал принимать ограниченное число судов лишь десять дней спустя. Самолет капитана Херрманна был поврежден огнем зенитной артиллерии и совершил вынужденную посадку на итальянской базе на острове Родос. Ночью 10 апреля 1941 года Bristol «Bienheim» Mk.IF из 30 дивизиона RAF сбил над Афинами Ju 88А. В тот же день английский ас-истребитель майор М.Т.Дж.Паггл (Pattle) (46 воздушных побед) сбил два Ju 88А: 4D+JR из 7./KG 30 и 4D+FS из 8./KG 30. 15 апреля Юнкерсы из I./LG 1 и KG 51 атаковали Афины. Самолет лейтенанта Заттера (Satter) (L1+JK) отправил на дно ремонтировавшееся в Пирее торговое судно «Клан Камминг» («Clan Cumming») водоизмещением 18000 тонн. На следующий день Ju 88 совершили налет на порт Халкис. 19 апреля майор Паттл, о котором мы уже упоминали, сбил самолет командира I./KG 51 капитана Хейнца Хана (Hahn). В тот же день добычей немцев стало судно «Пеннланд» («Pennland»). В следующие дни фашистские бомбардировщики охотились за эвакуационными конвоями, шедшими из Греции и с Крита. 29 апреля одиночный Ju 88 сбил над заливом Суда английский Fairey «Seagull» с крейсера «Перт». В апреле 1941 года Люфтваффе потеряло в Югославии и в Греции 32 самолета Ju 88А и D. 2 мая в полдень 24 Ju 88 атаковали Суду. Английские истребители «Hurrikane» сбили два немецких бомбовоза из 1./KG 51 (9K+GH и 9K+LH). 11 мая две группы немецких бомбардировщиков совершили налет на английские суда, вышедшие из Александрии. Кроме того, фашисты атаковали большой конвой («Tiger Convoy»), везущий снаряжение для союзнических войск в Северной Африке. Ju 88 участвовали в операции по захвату Крита (операция «Меркурий»). Поддержку с воздуха осуществляли I./LG 1 и II./LG 1, базировавшиеся на аэродроме Злеусис. 21 мая Юнкерсы несильно повредили легкий крейсер «Аякс». Во время налета фашисты применили бомбы PC 1400 массой 1400 кг. Другой английский легкий крейсер «Фиджи» («Fiji») немецким летчикам удалось потопить при помощи бомб SC 1000 массой 1000 кг. 29 мая морские истребители Fairey «Fulmar» Mk.I. базировавшиеся на авианосце «Формидебл» («Formidable») сбили два Ju 88 из LG I. Экипаж одного из этих двух самолетов выловил английский эскадренный миноносец «Хирворд» («Hereward»). Прикрывая отступающие с Крита английские войска, истребители «Bienheim» Mk.IVF из 45-го дивизиона RAF сбили Ju 88А (LI+BT) из II./LG I. Над Критом немцы потеряли 23 Юнкерса Ju 88А.
FiuG-350 «Наксос» Z/ZR. РЛС FuG-350 «Наксос» разработана фирмой Телефункен как средство обнаружения излучения британского радиолокатора H2S и других РЛС союзников, работавших в сантиметровом диапазоне. Фактически, «Наксос» являлся не РЛС, а системой предупреждения об электромагнитном облучении. Устройство «Наксос» выпускалось в различных конфигурациях, самым распространенным из которых являлся «Наксос» Z. Антенна системы «Наксос» Z монтировалась к обтекателе на фонаре кабины (снимок вверху, Ju-88G из NJG-I02). Некоторые самолеты Ju-88 комплектовались системами «Наксос» ZR (на снимке внизу), в этом случае получалась классическая «система зашиты хвоста».
Второй целью фашистов на юге Европы продолжала оставаться Мальта. В апреле 1941 года в налетах на Мальту участвовал LG 1. 29 апреля английские истребители сбили Ju 88 из 9./LG I (L1+BT). 8 мая Люфтваффе потеряло в небе Мальты еще один Ju 88А из 8./KG 30 (4D-^FS), пилотированный взводным командиром Вернером Герхардтом (Gerhardt). На следующий день Bristol «Beaufighter» Mk. IC из 252-го дивизиона RAF. пилотируемый первым лейтенантом Доналдсоном (Donaldson), сбил разведчик Ju 88D из 2,(F)/I23. Другой разведчик Ju 88D из I.(F)/121 стал жертвой «Fulmar’a» из 806-го дивизиона FAA. базировавшегося на авианосце «Формидебл». Англичане также понесли потери – стрелок Ju 88D нз 2.( F)/123 сбил «Beaufighter'a» из 252-го дивизиона. Всего потери немцев на Мальте с 8 по 10 июня 1941 года составили 16 самолетов Ju 88.