Фашисты применили Ju 88 и в Северной Африке. Разведчики Ju 88D фотографировали Тобрук, Триполи, Александрию. Бомбардировщики из LG 1 поддерживали сухопутные немецко-итальянские войска.
Ju 88А, помимо Не 111Н, составляли костяк бомбардировочной авиации Германии, предназначенной для нападения на Советский Союз. 22 июня 1941 года следующие части и соединения Люфтваффе были оснащены Ju 88А:
– 1-й Воздушный флот (Luftflotte 1) – в II./KG и III./KG 1 было 59 самолетов (56 боеспособных), в KG 76 – 90 самолетов (69 боеспособных), в KG 77 – 91 самолет (67 боеспособных);
– 2-й Воздушный флот, действовал на центральном участке Восточного фронта, – в I./KG 3 и II./KG 3 было 82 самолета Ju 88 (68 исправных);
– 4-й Воздушный флот, действовал на Украине, в KG 51 было 92 самолета Ju 88 (81 исправный), в I./KG 54 и II./KG 54-71 самолет (65 исправных) – итого 163 машины;
– 5-й Воздушный флот, дислоцированный в Норвегии, – в 6./KG 30 было всего лишь 8 самолетов Ju 88 (6 боеспособных).
Кроме того самолеты Ju 88D состояли на вооружении частей дальней разведки и KueFlGr 806, которая подчинялась начальнику бассейна Балтийского моря. Самолеты из KueFlGr 806 были приспособлены для поражения кораблей и судов противника. Первой целью Ju 88 стали аэродромы противника – бомбардировщики из KG 51 уничтожили на земле около 100 советских самолетов. Стрелки бомбардировщиков сбивали истребители противника И-15бис и И-153. Часто Ju 88А выступали в роли пикирующих бомбардировщиков, так как устаревшие Ju 87 B-R «Stuka» становились легкой добычей немногочисленных советских истребителей, в том числе и старых И-15 и И-15бис. 22 июля 1941 года самолеты из KG 3 и KG 54 участвовали в массовом налете на Москву. Ju 88А из KueFlGr 806 атаковали корабли Балтийского Флота идущие из Талина в Кронштадт. Ju 88А бомбардировали города; Ленинград, Минск, Одессу, Киев. 22 июля свыше 130 немецких самолетов совершили налет на Москву. Ju 88А из 1-го и 5-го Воздушных флотов топили советские транспорты на Беломоро-Балтийском канале и охотились за железнодорожными составами, шедшими в Мурманск. Особенно эффективно показали себя самолеты Ju 88А-4 и Ju 88А-14, вооруженные пушками калибра 20 мм, которыми очень легко можно было вывести из строя паровоз. Самолеты KG 30 атаковали союзнические конвои, шедшие в Мурманск. Многократно Юнкерсы Ju 88А оказывали поддержку сухопутных войск, нанося бомбовые удары как с горизонтального полета, так и с пикирования.
Ju-88A-4 из KG-76 в полете над Альпами, начало 1944 г. Самолет направляется во Францию, где концентрируется авиация люфтваффе, чтобы принять участие в своей последней крупной бомбардировочной операции – «Штейнбок».
«Негры», черные люди – так называли в люфтваффе техников – подвешивает массивный контейнер АВ-1000 на Ju-88 из KG-76 в преддверии налета на Британию в рамках операции «Штейнбок». Контейнер АВ-1000 содержал 620 зажигательных бомб массой 1 кг каждая. Бомбы высыпались из контейнера через короткие интервалы. «Черными» называли техников не только в люфтваффе. Техсостав ВВС многих стран носил и носит рабочую одежду черного цвета, в то время как летный состав щеголяет синей или голубой формой. «А черные летчики пьют больше, чем синие», – метко заметила бабушка из белорусской деревни, расположенной рядом с аэродром Дальней Авиации. Бабушка славилась самобытными напитками удивительной крепости!
Весной 1941 года главной целью бомбардировочных частей на Западном фронте было проведение ночных налетов на цели, расположенные на территории Великобритании, а также налетов на морские цели – конвои в Атлантике и Ла-Манше. Два Юнкерса Ju 88А-8 были сбиты 9 и 24 июня 1941 года около Бродфилд Даун в графстве Кент. Оба сбитых самолета были оснащены устройствами для перерезки тросов аэростатов.
Самолеты Ju 88 из LG 1, использованные в Африке бомбардировали Мерса-Матрух, Александрию и Тобрук. Разведчики Ju 88D, вылетавшие с Крита, совершали разведывательные полеты над Бейрутом, Хайфой и Александрией.
Кроме службы в боевых частях Ju 88 использовали и для подготовки летчиков в летных школах (в Падерборне, Праге-Кбелы, Барте и т.д.). З./KueFlGr 126 (3-я эскадрилья 126-го дивизиона морской авиации) использовала торпедоносную модификацию Ju 88 – Ju 88А-4Тогр. Подготовка пилотов торпедоносцев шла в KG 102 в Гроссето (Италия). Весной 1942 года торпедоносцами были оснащены еще несколько частей: 1II./KG 26 и I11./KG 30, а также KG 77 – эта часть получила Ju 88А-17. Во время налета на конвой PQ 16 (25 мая – 1 июня 1942 года) KG 30 потерял шесть машин, сбитых огнем зенитной артиллерии и истребителем Hawker «Hurrikane», базировавшимся на так называемом САМ – пароходе «Эмпайр Лоренс» («Empire Lawrance»). Немцы выместили потери на следующем конвое – PQ 17. Действуя вместе с Не 111С из I./KueFIGr 906, Юнкерсы отправили на дно 9 транспортов и 2 военных корабля. Всего же злополучный PQ 17 потерял 23 корабля.
Во время летней кампании 1942 года Ju 88 использовали на Украине, в Крыму и под Сталинградом. По ночам, Юнкерсы совершали налеты на города, в том числе на Ленинград.
Юнкерсы Ju 88 состояли на вооружение не только Люфтваффе. Regia Aeronautica заказала в середине 1940 года 200 самолетов Ju 88, которые должны были поступить на вооружение итальянских бомбардировочных частей, поскольку у Италии не было своего современного бомбардировщика. Немцы не спешили с поставками – только в 1943 году прошли испытания двух машин: Ju 88А-4 и Ju 88А-7. Первыми немецкие самолеты получили 9,10,30 и 35 Stromo В,Т. (полки сухопутной бомбардировочной авиации). Подготовка итальянских пилотов проводили в LG I (Элеусис, Греция) и KG 30 (Родос, Греция). Пилоты 9 Stromo В.Т. проходили обучение на аэродроме Монпелье, где базировался учебный VI./KG 77. Пилоты из 10 Stromo В.Т. стажировались в VI./ KG 30 (аэродром Аальборг, Дания) и в Винер Нойштадте. 10 апреля 1943 года итальянцы получили четыре Ju 88А-7 (W.Nr. 55078. 55079. 55082 и 55086). а также двенадцать новеньких Ju 88А-4 (W.Nr. 1211, 1212, 1213, 1214. 1215. 1216. 1217. 1218. 1219. 1223. 1246 и 1247). К моменту капитуляции Италии ни одна из переоснащенных частей не успела достичь боеготовности. Всего итальянские ВВС получили шесть Ju 88А-7 и двадцать пять Ju 88А-4 (из этих самолетов 25 бывших в употреблении).
Другой страной, имевшей Ju 88 была Румыния. В 1943 году румынские ВВС получили несколько Ju 88D-I, которые использовались в разведывательных частях. Летом того же года Ju 88А-4 попали в 75-й, 76-й и 77-й дивизионы бомбардировщиков 1-го летного корпуса (I Corpul Aerian). После того, как Румыния перешла на сторону Советского Союза (23 августа 1944 года), Ju 88 были использованы против немцев на территории Семиградья (Клюй), в Венгрии и Словакии. В Румынии самолеты Ju 88 использовали в учебных целях до 1949 года. В начале пятидесятых годов последние машины этого типа были сняты с вооружения.
Следующей по счету страной, получившей Ju 88 была Венгрия. Magyar Kiralyi Legero использовало Ju 88А-4 в дивизионе скоростных бомбардировщиков 102/2. Для обороны своей территории Венгрия также получила несколько истребителей Ju 88С-6. Таким образом, Венгрия стала единственной страной, которая получила Юнкерс в модификации истребителя. В марте 1943 года Финляндия получила 24 списанных самолета Ju 88А-4. После капитального ремонта они были направлены в PLeLv 44. Как и румынские машины, Юнкерсы, доставшиеся Финляндии были использованы против Германии во время так называемой лаппонской войны в конце 1944 – начале 1945 годов.