Французские ВВС, атаковавшие немецкие укрепления в Сен-Назере и Ла-Рошели, использовали Юнкерсы Ju 88А-4, построенные на заводе SNCASE в Тулузе. Всего заводы в Тулузе и Atelie Aeronautique de Boulogne поставили GB 1/31 22 самолета Ju 88A-4. Эти самолеты машины 18 боевых вылетов. Два французских Юнкерса были сбиты немецкой ПВО. После войны Юнкерсы направили в летную школу в Казо.
Ключевую роль в операции «Штейнбок» играли I группа 66-й эскадры, имевшая на вооружении самолеты Ju-88S-L Вариант «S» стал очередной попыткой улучшить летные характеристики 88-го Юнкерса. Отличительной чертой Ju-88S являлся нос фюзеляжа облагороженной аэродинамической формы. На модификации S-I устанавливались двигатели воздушного охлаждения BMW- 801G-2 с системой впрыска в цилиндры закиси азота GM-1. На самолеты модификации S-2 ставились двигатели BMW-801TJ с турбонагнетателем, но без системы GM-1.
Первой частью, получившей разведчики Ju 88D была l.(F)/120, дислоцированная в Ставангере. Шесть машин Ju 88D-0 поступили летом 1940 года. К началу «Битвы за Англию» самолеты Ju 88D-2 уже были в большинстве частей дальней разведки: 1 .(F)/ 120. I.(F)/121, 3.(F)/122 – хотя в некоторых подразделениях продолжали использовать в качестве разведчиков обычные бомбардировщики. В 1941 году Ju 88D попали в разведывательные части, дислоцированные во Франции, на Сицилии и в Норвегии. 22 нюня 1941 года против Советского Союза немцы использовали несколько эскадрилий, оснащенных Ju 88D. В составе 5 Luftfliotte, действовавшею из Норвегии, Ju 88D имелись в l.(F)/120, в состав I Luftflotte входила 5.(F)/122, в состав 2 Luftflotte, действовавшего на центральном участке фронта, входила l.(F)/122. На Украине в составе 4- го Воздушного флота действовали 3.(F)/121. 4.(F)/121 и 4.(F)/122. Самолеты из 3.(F)/123. базировавшейся в Ланнионе в Бретани, совершали полеты над Атлантикой. Небольшое количество Ju 88D было у Венгрии и Румынии (2-й дивизион дальней разведки). В 1944 году самолеты Ju 88D стали заменять более совершенными Ju 88Т. которые развивали максимальную скорость до 660 км/ч. 2.(F)/AGr 11 и 3.(F)/AGr 33 использовали Ju 88Т до конца войны.
Самолеты Ju 88А состояли на вооружении Люфтваффе до капитуляции Германии. 4 марта 1945 года в операции «Gisela» (налет на города на востоке Англии) участвовали 142 самолета Ju 88 разных модификаций. В мае 1945 года в Исландии приземлился Ju 88A-I7 (1H+DF).
Первым получил самолеты Ju 88S I./KG 66, базировавшийся в 1944 году на аэродромах в Шартрезе и Мондидье. Юнкерсы участвовали в операции «Steinbock» (бомбардировки городов в восточной Англии). Ночью 24 августа 1944 года KG 30 во время налета на цели во Франции потеряла три Ju 88S-I (4D+FP.4D+DP.4D+MK). Самолеты Ju 88S-3 были в LG I. Ju 88S из II./KG 200 участвовали в ночных бомбардировках на Восточном фронте.
«Мистель-2» – комбинации истребителя Fw-190A/F и бомбардировщика Ju-88G-I. Эта сцепка принадлежала II./KG-200. Сцепка была захвачена союзниками на аэродроме в Мерсебурге, где немцы готовили операцию «Эйзенхаммер» – налеты на советские промышленные центры.
Весной 1940 года в KG 30 была сформирована эскадрилья тяжелых истребителей (Zerstoererstaffel) – первая часть, оснащенная истребителями Ju 88С-2. В июле Z- Staffel KG 30 была включена в состав П./ NJG I и участвовала в ночных налетах на Великобританию. В сентябре II./NJG 1 переименовали в I./NJG 2. Дивизион сражался над Англией до II октября 1941 года. Главной задачей дивизиона была зашита немецких городов от английских бомбардировщиков. В декабре 1941 I./NJG 2 перевели на Сицилию. Первый налет на Мальту состоялся в ночь с 5 на 6 декабря 1941 года. Через неделю лейтенант Петер Лууфс (Luufs) сбил над Бенгази Wellington (Х9993) из 40-го дивизиона RAF. 17 декабря лейтенант Дитер Склиф (Sclief) сбил «Bienheim» из 107-го дивизиона. Ночью 28 декабря английская зенитная артиллерия уничтожила самолет лейтенанта Вилфреда Бабинка (Babink) (R4+CL). весь экипаж погиб. Первой частью, получившей новые Ju 88С-6, был NJG 2. Истребители Ju 88С-6 служили и в бомбардировочных полках (KG 3, 30, 51, 53, 55, 76 и 77) в отдельных эскадрильях. В V./KG 40 использовали истребители Ju 88С- 6 для охоты за английскими морскими самолетами в акватории Бискайского залива. В качестве любопытного факта можно отмстить, то у многих Ju 88С-6, использовавшихся в качестве дневных истребителей, носовая часть фюзеляжа была замаскирована иод «глаз жука». Дело в том, что английские пилоты предпочитали атаковать немецкие бомбардировщики спереди, поскольку передняя полусфера была слабее защищена. Если же такой прием противник по ошибке пытался применить против Ju 88С. то он попадал иод сильный огонь бортового вооружения, расположенного в передней части фюзеляжа. Самолеты Ju 88С-6 в версии ночного истребителя состояли на вооружении NJG (Nachtjagdgeschwader – полк- ночных истребителей) I, 2, 3, 4, 5, 6, 7 и II, которые дислоцировались в Бельгии, Голландии и Германии (как уже упоминалось I./NJG 2 некоторое время был на Сицилии и в Северной Африке), а также NJG 100 и 200. сражавшихся на Восточном фронте. Подготовка пилотов ночной истребительной авиации шла в NJG Schule 101 и 102 (Nachtjagdgeschwader Schule – школа плилотов ночной авиации). 5 декабря 1942 года Ju 88С-6 из V./KG 40 сбил «Sunderland», 15 мая 1943 года жертвой немецкого истребителя стал очередной «Sunderland», а месяц спустя «Hallifax» Mk.II ASR и, наконец, 14 июня В-17, сбитый около Кап Фииистер. Ju 88С-6 также эскортировали разведчики Ju 290 из FAGr 5. Самолеты из I./NJG 2. перехватывающие английские ночные бомбардировщики сбили много самолетов, в том числе «Bienheim» Mk.IV из 107-го дивизиона RAF и «Hampden» из 49-го дивизиона. Одним из самых больших успехов Ju 88С-6 состоялся в ночь с 30 на 31 марта 1944 года, когда над Нюрнбергом сбили почти половину из 97 английских бомбардировщиков, участвовавших в налете. На Восточном фронте тактика использования Ju 88С-6 была другой. В России немецкие ночные истребители занимались свободным перехватом советских ночных бомбардировщиков (По-2, Як-6, Пе-8, СБ-2) которые часто действовали поодиночке.
9 мая 1943 года на аэродром Дайс около Абердина приземлился самолет Ju 88R-1 из I0./NJG 3 (D5+EV). Одним из членов экипажа был … агентом английской Интеллидженс Сервис. В руки англичан попал комплект современного немецкого радиолокационного оборудования. Вскоре союзники стали глушить радары FuG 202 и 212. В следующий раз англичанам просто повезло, из- за неисправности навигационного оборудования Ju 88G-I из 7./NJG 2 (4R+UR) по ошибке приземлился на базе в Вудбридже. Теперь англичанам достались новые FuG 220 и FuG 227.
Самолеты Ju 88G вели немецкие одномоторные истребители в атаку на союзнические аэродромы (операция «Bodenplatte») в январе 1945 года. 3 декабря 1943 года Ju 88G-6 сбили два «Mosquito». В конце войны Ju 88G использовались в качестве обычных бомбардировщиков на Восточном фронте. Ju 88 участвовали в эвакуации немецких войск из Прибалтики. 4 мая и 8 мая самолеты из 12./NJG 3 совершили налеты на наземные цели около Коттбуса. Последний боевой вылет состоялся 9 мая 1945 года, когда немецкие бомбардировщики атаковали колонну совет ских танков около Дрездена.
Самолеты Ju 88Р-2 и Р-4 использовали для ночных штурмовых атак (Восточный фронт). Ju 88Р-1 состояли на вооружении III./KG I, который базировался в 1942 году на захваченном советском аэродроме Дно.
Дальними разведчиками Ju 88Н-1 (4U+AL, BL, CL, EL и FL) была оснащена 3.(F)/123, дислоцированная в Ренне, Коньяке и Лоране.
«Мистель-1» – комбинации истребителя Bf. 109F и бомбардировщика Ju-88A-4.
Боеготовый «Мистель-1» с установленной на бомбардировщике боевой частью – единственный варианте «Мистепя», использованный в боевых действиях.