В центральной части фюзеляжа находились два бомбоотсека: в районе 9-12-го шпангоутов – передний бомбоотсек, в районе 12-15-го шпангоутов – задний. В нижней части каждого бомбоотсека был четырехстворчатый люк, открываемый при помощи электродвигателей. В оба бомбоотсека вместо бомб можно было установить дополнительные топливные баки. В этом случае створки люка заменяли одностворчатой крышкой. В верхней части отсеков проходили две несущие балки, предназначенные для подвески бомб или топливных баков. На 9-м и 12-м шпангоутах устанавливали поперечные кронштейны крепления лонжеронов крыла.
У шпангоута № 15 находился небольшой люк, ведущий в заднюю часть фюзеляжа, где находились некоторые детали оснащения самолета. Между шпангоутами № 20 и № 23 вверху находился контейнер с надувной резиновой четырехместной лодкой, которую можно было извлечь, сняв одностворчатую крышку. Для облегчения консервации приборов и предотвращения повреждений обшивки фюзеляжа от 15-го до 25-го шпангоутов тянулся мосток, прикрепленный к краю шпангоутов. В конце фюзеляжа внизу был установлен аварийный полоз, который одновременно служил горловиной системы аварийного слива топлива.
Крыло – двухлонжеронное, трапецивидное с закругленными концами, состоящие из центроплана и консоли. Продольную жесткость крылу придавали два главных лонжерона, один распорочный вспомогательный лонжерон, проходящий по передней кромке крыла и один задний лонжерон, проходящий по задней кромке. Поперечную жесткость крылу придавали 8 нервюр (7 полных и одна с вырезом для бензобака), соединенных стрингерами, имевшими форму ребер. Стрингеры наглухо прикреплялись к несущей обшивке крыла, изготовленной из дюралюминиевых листов.
Усиленные нервюры № 1 и № 2 одновременно служили опорой для шасси, а в их передней части находились узлы крепления моторамы. Все крыло покрывалось сверху дюралевым листом, а снизу находилась мотогондола, отделенная противопожарной перегородкой от колесной ниши. Передняя кромка крыла, до переднего лонжерона, имела двухслойное покрытие, в зазор между слоями направляли горячие выхлопные газы, предотвращая обледенение. К заднему вспомогательному лонжерону крепились элементы задней кромки крыла.
На нижней поверхности крыла прикреплялся гидравлический привод воздушных тормозов, приводившийся в действие автоматом выхода из пикирования.
Закрылки – щелевые, цельнометаллические, покрытые гладким дюралевым листом. Закрылки имели гидравлический привод, который действовал через толкатели. Система выпуска закрылков приводилась в действие от двигателя, установленного в фюзеляже в районе шпангоута № 12. Максимальный угол отклонения закрылков – 50(. В целях снижения аэродинамического сопротивления, между крылом и закрылком располагались подвижные планки, состоящие из трех частей. Планки закрывали или открывали щель, в зависимости от положения закрылков. У мотогондолы к закрылкам приклепывался обтекатель, сделанный из дюралевого листа.
Элероны – щелевые, металлические с тканевой обшивкой, которую, в дальнейшем, заменили металлической. Оба элерона были сбалансированы, левый элерон имел триммер. В движение элероны приводились системой толкателей. При выпущенных закрылках, оба элерона приобретали отрицательный угол наклона (-15 гр), при этом элероны сохраняли свою функцию.
Оперение – цельнометаллическая конструкция с металлической несущей обшивкой.
Горизонтальное оперение – двухлонжеронное свободнонесущее симметричного профиля трапециевидное в плане с закругленными краями. Переднюю кромку покрывал резиновый антиобледенитель, в который нагнетался горячий воздух. Горизонтальное оперение синхронизировалось при помощи гидравлической системы с закрылками (приобретали угол -5гр, по сравнению с рабочим положением -1гр.
Рули высоты, которые были сбалансированы, крепили на трех петлях. Оба руля имели триммеры. Управление рулями высоты осуществлялось при помощи системы тяг и качалок. Автомат вывода из пикирования имел отдельный гидравлический привод.
Горизонтальное оперение – однокилевое двухлонжеронное трапециевидное с закругленными краями симметричного профиля. Руль направления эллиптической формы навешивался на трех петлях. Он был сбалансирован и оснащен триммером. Управление рулем направления осуществлялось при помощи системы тяг и качалок.
Шасси – классическое с задним опорным колесом. Главное шасси одностоечное с пружинной амортизацией фирмы Kronprinz (KPZ). Стойка присоединялась к кронштейнам, расположенным в мотогондоле. В дальнейшем (начиная с Ju 88А-4) стали использовать стойки шасси VDM с гидропневматической амортизацией. Шасси убирались в мотогондолы при помощи гидравлической системы, при этом осуществлялся поворот стоек шасси на 90(, что позволяло более компактно расположить колесо внутри мотогондолы. Задняя часть колесной ниши была закрыта двумя створками, которые открывались только в момент выпуска или уборки шасси, а в остальное время были закрыты. Еще две створки располагались в передней части колесной ниши. Эти створки закрывали стойку шасси. При выпущенном шасси створки оставались открытыми. Ободы колес VDM или Elektron (ЕС) с широким профилем углубления, снабженные двойными гидравлическими дисковыми тормозами. Шины размером 1140x410 мм. Колея – 5770 мм хвостовое колесо KPZ или ЕС размером 560x200 мм. Давление в колесах главного шасси – 4.2 атм (0.42 МПа), в хвостовом колесе – 3.75 атм (0.375 МПа).
Двигатели – два двенадцатицилиндровых жидкостного охлаждения рядных двигателя (перевернутая «V») типа Юнкерс Jumo 211G-1 мощностью 883 кВт/1200 л.с. приспособленные для работы на бензине В4 (этилированный авиационный бензин А2) с октановым числом 87. Двигатели вращали трехлопастные металлические винты VDM переменного шага, оснащенные разбрызгивателем антиобледенителя. Резервуары с антиобледенителем емкостью 9 литров находились в крыле около лонжерона № 1 над мотогондолами. В качестве антиобледенителя использовали жидкость LEF 25А.
Охлаждение – осуществлялось жидкостью (смесь воды с этиленгликолем в пропорции 1:1 с добавлением 1.5% антикоррозивного средства Schutzoel 39). Уравнительный резервуар, закрытый обтекателем, находился над мотором и соединялся с блоком циллиндров и пятисегментным радиатором. Один из пяти сегментов играл роль маслорадиатора. Принудительная циркуляция жидкости в системе охлаждения осуществлялась при помощи двух насосов. Объем системы охлаждения – 75 литров для каждого двигателя.
Топливная система – была очень обширной. В ее состав входили два бензобака емкостью 415 литров каждый, размещенные в крыльях между коренной нервюрой и нервюрой № 1. Еще два топливных бака емкостью по 425 литров располагались в консолях крыльев между 2-й и 4-й нервюрами. Кроме того, в обоих фюзеляжных бомбоотсеках можно было установить дополнительные топливные баки (в передний бомбоотсек устанавливали бак емкостью 1220 литров, а в задний – 680 литров), которые в целях безопасности оборудовали системой аварийного слива топлива конструкции Ф.Прешона (Preschon). Все баки были самогерметизирующиеся, а их общая емкость могла достигать 3580 литров. Чтобы еще увеличить дальность полета, предусматривалось использование двух подвесных сбрасываемых топливных баков емкостью по 900 литров каждый. Сбрасываемые баки изготавливали из пропитанной фанеры и крепились на бомбодержателях.
Для запуска холодных двигателей существовала система впрыска топливной смеси, содержащей большую фракцию неэтилированного летучего бензина с добавлением 5% масла. Бачок с этой смесью емкостью 1.5 литра располагался в фюзеляже между 7-м и 8-м шпангоутами. Для впрыска смеси служил ручной насос SUM, расположенный слева от кресла пилота. Запуск двигателей в полярных условиях (при температуре окружающего воздуха ниже -ЗОгр осуществлялся при помощи нагнетания в двигатель ацетилена.
Топливо подавалось к двигателям посредством сети бензопроводов, ведущих от главных баков, расположенных в крыльях. По мере расхода бензина осуществлялась его подкачка из дополнительных баков. В мотогондоле, за противопожарной перегородкой, находился топливный фильтр и аварийный кран, перекрывавший при необходимости поступление топлива к двигателям. Подачу бензина осуществляли бензонасосы, расположенные около двигателей. Кроме того, каждый внутренний топливный бак оснащался собственным бензонасосом КВР 16С фирмы DBU. Из навесных баков топливо подавалось пневматически. В случае аварии была предусмотрена возможность перекачки топлива ручным насосом, расположенным в кабине около шпангоута № 8а.