Маслосистема – отдельная для каждого двигателя, состояла из двух главных самогерметизирующихся маслобаков емкостью 136 литров каждый (заливали только 125 литров), расположенных в крыльях между 1-й и 2-й нервюрами и одного вспомогательного маслобака емкостью 106 литров, общего для обоих двигателей, размещенного в левом крыле между 4-й и 5-й нервюрами. Принудительная циркуляция масла осуществлялась зубчатыми насосами. Перекачку масла из вспомогательного маслобака производили вручную при помощи маслонасоса, расположенного в кабине в районе шпангоутов № 8 и № 8а.
Для охлаждения масла предназначались верхние сегменты комбинированных радиаторов, а поступление масла в радиатор регулировалось термостатом Roe 16. Все элементы маслосистемы были соединены маслопроводами е фильтрами и кранами. Пуск двигателя в зимних условиях облегчался заполнением маслосистемы двигателя прогретой до +90(С порцией масла, содержащего 7.5% бензина при температуре окружающего воздуха до +5( или 15% бензина при более низких температурах.
Использовали три сорта масла: Аего- Schell-mittel, Mobiloel-Rotring и Stanavo 100.
Гидравлика – состояла из контуров, обеспечивающих работу автомата вывода из пикирования, а также управление горизонтальным стабилизатором, выпуском шасси, закрылков и воздушного тормоза.
Циркуляцию жидкости осуществляли зубчатые насосы, отбиравшие мощность у двигателей самолета. Уравнительный резервуар емкостью 10.8 литров (заливали только 8.5 литров) располагался в фюзеляже между шпангоутами № 8Ь и № 9, дополнительный резервуар емкостью 5.1 литров находился в кабине под креслом стрелка-радиста.
Гидравлический привод был и у тормозов главного шасси, однако тормозная система не была связана с остальной гидравликой самолета.
Электрооборудование – экранированное, напряжением 24 В. В качестве источников тока выступали два генератора Bosch мощностью 2000 Вт, приводимые в действие моторами самолета, а также свинцовый аккумулятор, установленный в хвостовой части фюзеляжа между шпангоутами № 23 и № 24. Доступ к аккумулятору обеспечивался изнутри фюзеляжа, через дверь, расположенную в районе шпангоута №15, и снаружи, через лючок в левом борту.
Все цепи имели автоматические предохранители, большинство из них было сгруппировано на правой стене кабины. Разъем подключения внешнего источника тока располагался в правой части фюзеляжа внизу в районе шпангоута № 8а.
Кислородное оборудование – состояло из 16 циллиндрических кислородных баллонов емкостью 2 литра каждый, расположенных внутри фюзеляжа в районе шпангоута № 23. Посредством системы редукторов, вентилей и шлангов кислород поступал в кислородные маски экипажа (4 шт.). Процентное содержание кислорода в воздухе, поступавшем в маски зависело от высоты полета. Манометры дыхательных масок пилота и бомбардира располагались у правой стенке кабины, а манометры масок стрелка-радиста и стрелка – непосредственно на дыхательных аппаратах. Заправку системы кислородом осуществляли через общий вентиль, расположенный снаружи в правой стороне фюзеляжа в районе шпангоута №21. Давление в полностью заправленных баллонах составляло 150 атмосфер (15.0 МПа).
Для сверхдальних полетов предусматривалась возможность установки дополнительных 8 или 16 кислородных баллонов в правом крыле в районе нервюры № 5.
Радиооборудование – состояло из приемопередающей радиостанции FuG 10, состоявшей из передатчиков S 10K и S 10L, а также приемников Е 10K и Е-10L, работавших в диапазонах 300-600 кГц и 3000-6000 кГц. Антенна растягивалась между мачтой на фонаре кабины и килем. Кроме того использовалась выпускаемая антенна длиной до 70 метров, в убранном положении хранящаяся в районе шпангоута № 15. Для питания радиооборудования использовали преобразователи U 10/S и U 10/Е. Размещались приборы перед шпангоутом № 8Ь. Связь между членами экипажа обеспечивал интерфон EiV, подключенный к радиостанции FuG 10.
Для приземления в условиях нулевой видимости использовали навигационное оборудование FuBl 1 или FuBl 2, использующее двухдипольную антенну, расположенную под фюзеляжем.
Оборудование – состояло из полного комплекта навигационных приспособлений и контрольных приборов, большинство из которых было сгруппировано на главном приборном щигке. Вдоль левого борта кабины, рядом с креслом пилота располагалась панель с рычагами, рукоятками тяг и другими устройствами управления узлами самолета. У правого борта располагались остальные контрольные приборы. Все самолеты Ju 88 оснащались автопилотом Siemens К 4ue.
Спереди у места бомбардира устанавливался спуск сигнального пистолета (ракетницы) Walther, обеспечивающей пуск ракет изнутри кабины. Запас ракет хранил'- ся в двух кассетах на полу кабины, около правого борта. Некоторые самолеты были оборудованы четырьмя коробками с противогазами для членов экипажа.
В комплект спасательного оборудования входила надувная резиновая лодка, расположенная в контейнере в верхней хвостовой части корпуса между шпангоутами № 23 и № 23а. Там же хранился контейнер с неприкосновенным запасом пищи и воды, парус, весла и аварийный передатчик. Контейнер закрывала крышка, открываемая из кабины самолета. При снятой крышке происходило автоматическое наполнение лодки сжатым воздухом. Ниже, в левом борту, в районе шпангоута № 24 находилась аптечка первой помощи. Зимой аварийное оснащение дополнялось нартами и дополнительным пайком.
Кроме того Ju 88 оснащались оборудованием, позволявшим эксплуатировать самолет в тропических условиях. Это оборудование состояло из технических приспособлений (воздушные противопылевые фильтры, герметизирующие прокладки и т.д.), а также большой запас питьевой воды и охотничье оружие. Оснащенные таким образом самолеты обозначались как Ju 88А-10.
Стрелковое вооружение – самолета Ju 88А-5 состояло обычно из 4 пулеметов Rheinmetall-Borzig MG 15 калибра 7.92 мм, боезапас 29 двойных дисков по 75 патронов в каждом, распределенных между тремя установками. Установка А – спереди справа от пилота обслуживалась бомбардиром, установка В – в задней части кабины состояла из двух пулеметов, расположенных на бронелафетах LLKP 2 обслуживалась стрелком радистом и, наконец, установка С – в подфюзеляжной гондоле, оснащенная бронелафетом Bola 39С или Bola 39D YE и служащая одновременно входным и аварийным люком для экипажа.
Самолеты Ju 88А-5 последних выпусков вооружались пулеметами Mauser MG 811 и MG 81Z (спаренный, устанавливался в гондоле). Для этих пулеметов применяли соответствующие лафеты LLK 81VE (установка В) и Bola 81Z (установка С). Пулеметы MG 81 имели ленточное питание, ленты хранились в металлических ящиках.
Кроме того, большинство самолетов дополнительно оснащалось пулеметами, установленными спереди, около места бомбардира и по бортам кабины. Часто эти пулеметы устанавливали уже в боевых частях. Некоторые машины получили пушки MG FF калибра 20 мм, установленные в передней части гондолы или в передней установке.
Бомбовое вооружение – размещалось на внутренней и внешней подвеске. В обоих бомбоотсеках размещалось по четыре вертикальных бомбодержателя ЕТС 50/Х. позволяющих подвесить 32 бомбы массой 50 кг, например SC 50.
Под каждым крылом находились три узла (два между фюзеляжем и мотогондолой и один на консоли крыла) крепления для бомбодержателей ETC 500/IXb под бомбы массой 250 и 500 кг, или для комплексного бомбодержателя Sch. 500/1000, при этом допускалось использование только одного, левого, бомбодержателя. С октября 1940 появилась возможность подвешивать тяжеловесные грузы и под правым крылом. Комплексные бомбодержатели использовали для подвешивания бомб массой 1000 кг или морских мин LMA и LMB (Luftmine А и B).
Сбрасывание бомб по одной или пакетом осуществлялось автоматом RAB 14с или 14d (Reihen-Abwurf-Bediengeraet). Был возможен аварийный сброс всех бомб, который осуществлялся перемещением особого рычага.